Rêzkirina circRNA-Illumina
Avantajên Service
● CircRNA bi birêkûpêkkirina îfadeya mRNA re pir têkildar e
● Di pergala birêkûpêk a circRNA - miRNA - mRNA de beşdar bû
● Nasname û statîstîkên li ser circRNA û pêşbîniya nû ya circRNA
● Radestkirina encam-based BMKCloud: Daneyên xwerû li ser platformê peyda dibe.
● Karûbarên piştî-firotanê piştî qedandina projeyê 3 mehan derbasdar in
Sample Requirements û Delivery
| Pirtûkxane | Rawesta axaftevan | Daneyên pêşniyar kirin | Daneyên QC |
| kêmbûna rRNA | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85% |
Nukleotîd:
| Pevçûn (ng/μl) | Mîqdar (μg) | Paqijiyê | Linavketinî |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Li ser gêlê bi proteîn an ADN-ê bi sînorkirî an tune. | Ji bo nebatan: RIN≥6.5; Ji bo heywanan: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; bilindbûna bingehîn ya sînorkirî an tune |
Pêdiviyên Nimûne:
Pîvan: Giranî(hişk): ≥1 g
*Ji bo tevna ji 5 mg piçûktir, em pêşniyar dikin ku nimûneya tevnê ya cemidî (di nîtrojena şil) de bişînin.
Rawestandina şaneyê: Hejmara şaneyan = 3×107
*Em pêşniyar dikin ku lîza hucreya cemidî bişînin.Di rewşê de ku ew şaneyek ji 5×10 piçûktir tê hejmartin5, di nîtrojena şil de qeşagirtî tê pêşniyar kirin.
Nimûneyên xwînê:
PA×geneBloodRNATube;
6 mlTRIzol û 2 ml xwînê (TRIzol:Xwîn=3:1)
Pêşniyara Sample Delivery
Konteyner: 2 ml lûleya santrîfujê (Peldanka tin nayê pêşniyar kirin)
Etîketkirina nimûneyê: Kom+kobar, mînak A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Barkirin:
Qeşaya hişk: Pêdivî ye ku nimûne di torbeyan de bêne pak kirin û di qeşa hişk de bêne veşartin.
Tîpên RNAstable: Nimûneyên RNA dikarin di lûleya stabilîzasyona RNA de bêne hişk kirin (mînak RNAstable®) û di germahiya odeyê de bêne şandin.
Xizmeta Kar Herikîna
Design Experiment
Sample delivery
Derxistina RNA
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Xizmetên piştî firotanê
Bioinformatics
1.CircRNA Hosts
Hat ragihandin ku pirraniya circRNA-yan ji eksone ne ji întron an deverên navjenîk têne çêkirin.Wekî din, belavkirina circRNA di nav kromozoman de pir cûda dibe.Ji ber vê yekê, nirxandina dabeşên cihêreng ên mazûvanên circRNA di navbera nimûneyên cihêreng de, tevî belavkirina wê li herêmên genê yên cihêreng û li ser kromozomên cihê, nirxek mezin e.
Belavbûna mêvandarê circRNA
2.Clustering Analysis li ser DE-circRNA
Kombûna hiyerarşîk a circRNAyên ku bi rengek cûda têne diyar kirin
3.GO Annotation li ser Genên Hostê DE-circRNA
Dabeşkirina GO ya genên mêvandarê DE-circRNA
BMK Case
CPSF4 di kansera hepatocellular de avakirina circRNA û bêdengkirina genê bi navbeynkariya mîkroRNA rê dide.
Weşandin: Oncogene,2021
Encamên sereke
1.Daxuyaniya CPSF4 di HCC de bi rêkûpêk e û ew vegotina bilind a CPSF4 di nexweşên HCC de bi pêşbîniya xirab re têkildar e.
2. CPSF4 astên circRNAs kêm dike, yên ku xwedan rêzek sînyala poladenylasyonê ne û ev kêmbûna circRNAs berhevkirina miRNA kêm dike û bêdengkirina genê bi navbeynkariya miRNA-yê di HCC de xera dike.
3. Ceribandinên di çanda hucreyê û modelên mişkên xenograftê de destnîşan kirin ku CPSF4 berbelavbûna hucreyên HCC pêşve dike û tîmorjeniyê zêde dike.Digel vê yekê, CPSF4 li HCC-ê li dijî bandora tepisandina tumorê ya circRNAya xweya jêrîn dijberî dike.
 asta miRNA û asta proteîn |
Wang X, Dong J, Li X, et al.CPSF4 avakirina circRNA û bêdengkirina genê bi navbeynkariya microRNA di kansera hepatocellular [J] de rê dide.Oncogene.DOI: 10.1038/s41388-021-01867-6
