-
Komkirina Genoma T2T | Rêzkirina Ultra Dirêj
Genoma T2T (Telomere-to-Telomere) standarda zêrîn e ji bo civandina genoma bi kalîte bilind, ku behsa ji nû ve avakirina genoma bê valahî an bê valahî, li ser asta kromozomekê dike ku ji telomerekê berbi telomereke din ve diçe, û sînorên parçebûnê yên civandina genoma kevneşopî dişkîne.
Çareseriya Genoma BMKGENE T2T, ku bi rêzkirina xwendina ultra-dirêj a bingehîn a ONT-ê ve tê hêzdar kirin û bi rêzkirina kûr a pir-platformî û boriyên biyoenformatîkê yên çêtirkirî re tê entegre kirin, "herêmên tarî" yên genomîk ên herî dijwar hedef digire - telomer (kompleksên nukleoproteînên taybetî li dawiya kromozomên eukaryotîk), sentromerên organîzmayên bilindtir (rêzên dubarekirina tandem ên girseyî), û herêmên din ên dubarekirina tevlihev û haplotîpa heterozîgot, ku demek dirêj e ji bo rêzkirina xwendina dirêj a standard nayên çareser kirin. Berevajî xwendinên dirêj ên kevneşopî ku nikarin van herêman derbas bikin û dibin sedema hilweşîna rêzê an jî kontîgên kîmerîk, xwendinên ultra-dirêj ên ONT dikarin valahiyên nekombînasyonkirî û herêmên tevlihev bigirin. BMKGene pabend e ku genomên T2T yên bê valahî an bê valahî, bi kalîte bilind ji bo cureyên cihêreng radest bike.
Avakirina genoma T2T herêmên genomîk ên tevlihev ên ku berê negihîştî bûn vedike, valahiyên lêkolînê yên krîtîk tijî dike, û daneyên bingehîn ên zexm û rastbûna bilind ji bo lêkolînên kûr peyda dike, di nav de pêşveçûna cureyan, kolandina genên fonksiyonel, çandina molekulî, dermanê rastîn û lêkolînên zanistî yên pêşkeftî.
-
Proteomîk
Proteomîk li ser proteînan disekine - cîbicîkarên çalakiyên jiyanê ku di rêkxistina transkrîpsiyona organîzmayan de roleke girîng dilîzin. Ew pêkhate, astên îfadeyê, û rewşên guhertinê yên hemî proteînên ku bi dînamîkî diguherin di tevn an hucreyan de analîz dike, û bandora girîng a dînamîkên pirbûna proteomê li ser pêvajoyên cûda yên jiyanê çareser dike. Bi berfirehî di bijîşkî, çandinî û xwedîkirina heywanan de tê sepandin. Proteomîkên Kalîteyî teknolojiya nasnameya proteîna HPLC-MS/MS bikar tîne da ku nimûneyan, di nav de şerîtên jel, IP, û nimûneyên CO-IP/Pull down, nas bike. Proteomîkên Kwantîteyî pîvandina rast û naskirina hemî proteînên ku ji hêla genomek an di pergalek tevlihev a tevlihev de têne îfade kirin bi dest dixe. Teknolojiyên proteomîkên hejmarî yên heyî bi giranî di nêzîkatiyên nîşankirî (TMT) û bê nîşankirî (Label Free, DIA, PRM) de têne dabeş kirin. BMKGENE çareseriyên proteomîk ên pir-platform û pir-teknolojîk peyda dike.
-
Metabolomîk
Metabolomîk, dîsîplînek jêrîn a genomîkê ye, bi giranî madeyên molekulên piçûk ên ku giraniya molekulî ji 1500 Da kêmtir e hedef digire. Ew dihêle ku metabolîtan bertekên organîzmayan li hember teşwîqên derveyî û guhertinên fîzyolojîk/patolojîk bi hestiyartir nîşan bidin. Guhertinên asta metabolîtan ên ji ber guherînên genetîkî jî di çarçoveya lêkolîna wê de ne, ku perspektîfek lêkolînê ya nû peyda dike.
BMKGENE rêzek berfireh ji xizmetên metabolomîkê pêşkêş dike, di nav de metabolomîkên ne-armanckirî, metabolomîkên berfireh-armanckirî, û metabolomîkên hedefkirî. Bi karanîna kromatografiya şile-spektrometriya girseyî (LC-MS) an kromatografiya gaz-spektrometriya girseyî (GC-MS), guhertinên dînamîk di piraniya metabolîtên molekul-biçûk ên di organîzmayan de berî û piştî teşwîqkirina derveyî dikarin werin tespît kirin. Bingeha van xizmetan di destnîşankirina metabolîtên bi cûdahiyên girîng di navbera komên ceribandinî û kontrolê de û lêkolîna bêtir a têkiliya wan bi guhertinên fîzyolojîk/patolojîk û mekanîzmayên bingehîn de ye.
-
Rêzkirina mRNA/LncRNA/CircRNA ya Eksozomal-Illumina
Eksozom vezîkulên piçûk in ku ji hêla şaneyan ve têne derxistin, bi gelemperî di navbera 30 û 100 nanometreyan de diguherin. Ev vezîkul RNA-yên cûrbecûr dihewînin. Bawer dibe ku eksozom di ragihandina nav-şaneyî, bersivên parastinê û pêşveçûna nexweşiyan de rolên girîng dilîzin, û dikarin bi rêya şilavên laş ên wekî plazma, tifik û mîzê li beşên din ên laş belav bibin. Ew biyomolekulên taybetî hildigirin da ku fonksiyonên şaneyên wergir rêk bixin, bandorê li rewşên fîzyolojîk ên şaneyan bikin. Her weha tê hesibandin ku eksozom di pêşveçûna nexweşiyan de, di nav de penceşêr, nexweşiyên dejenerasyona neuro û rewşên iltîhabî, rolên sereke dilîzin. Lêkolîna li ser eksozoman têgihîştin û rêbazên nû ji bo teşhîs, dermankirin û pêşîlêgirtina nexweşiyan pêşkêş dike.
-
Rêzkirina RNA-ya Biçûk a Eksozomal-Illumina
Ekzozom vezîkulên piçûk in ku ji hêla şaneyan ve têne derxistin, bi gelemperî di navbera 30 û 100 nanometreyan de ne. Ev vezîkul RNA-yên cûrbecûr dihewînin. Di nav celebên RNA-yê yên di eksozoman de, ya herî gelemperî û berfireh lêkolînkirî mîkroRNA (miRNA) ye. miRNA çînek ji RNA-yên piçûk ên ne-kodker e ku bi qasî 18-25 nukleotîd dirêj in. Ew bi girêdana bi herêma 3'-newergêrkirî (3' UTR) ya mRNA-yên hedef bêdengkirina genê ya piştî-transkrîpsiyonê navbeynkariyê dikin, bi vî rengî îfadeya genê rêk dixin. Mînakî, ekzozomên ku ji hêla hin şaneyên tumorê ve têne derxistin miRNA-yên taybetî, wekî miR-126 û miR-92a, dihewînin. Ev miRNA dikarin bandorê li îfadeya genê di şaneyên wergir de bikin û anjîyogeneza tumorê pêşve bibin (Tomohiro Umezu, et al., Oncogene, 2012).
-
BMKMANU S3000_Transkriptoma Fezayî
Transkrîptomîkên fezayî teknîkek e ku dihêle em îfadeya genan di nav tevnvîsan de bigirin û dîtbarî bikin. Ev dikare ji bo fêmkirina ka hucre çawa bi hev re têkilî datînin girîng be.
Ji bo vê rêbazê platformên cûda hene. Di vê mijarê de, BMKGene Çîpa transkrîptomê ya Spatial BMKManu 3000 pêşxistiye, platformek e ku performansa teknîkê zêde dike, digihîje çareseriya binhucreyî û mîhenga çareseriya pir-astî çalak dike.
Ev çîp 4.2 milyon xalan bi karanîna teknolojiyeke patentkirî ya mîkroçalan dorpêç dike ku bi morîkên ku bi probên barkodkirî yên cîhî barkirî ne, hatine qatkirin. Bi vê rêbazê, piştî girtin û zêdekirinê, em pirtûkxaneyek cDNA-yê bi nimûneyên barkodkirî dewlemend dikin ku bi Illumina-yê re hevaheng e û bi dest dixin.
Li ser daneyan, têkelbûna barkodên fezayî û UMIyan rastbûn û taybetmendiya daneyên çêkirî misoger dike. Bi hevgirtina hemû jorîn, BMKManu mîhengek daneyan a piralî peyda dike.
-
Pirtûkxaneyên pêş-çêkirî yên DNBSEQ
DNBSEQ, ku ji hêla MGI ve hatî pêşve xistin, teknolojiyek nûjen a NGS ye ku kariye lêçûnên rêzkirinê bêtir kêm bike û hilberînê zêde bike. Amadekirina pirtûkxaneyên DNBSEQ parçekirina DNA, amadekirina ssDNA, û amplîfîkasyona çembera gerok vedihewîne da ku nanoballên DNA (DNB) werin bidestxistin. Dûv re ev li ser rûyek hişk têne barkirin û dûv re bi Senteza Probe-Anchor a kombînatorîk (cPAS) têne rêzkirin. Teknolojiya DNBSEQ avantajên rêjeya xeletiya amplîfîkasyonê ya nizm bi karanîna şablonên xeletiya densiteya bilind bi nanoballan re dike yek, di encamê de rêzkirin bi hilberîn û rastbûnek bilindtir çêdibe.
Xizmeta me ya rêzkirina pirtûkxaneyên pêşwext çêkirî dihêle ku xerîdar pirtûkxaneyên rêzkirina Illumina ji çavkaniyên cihêreng (mRNA, tevahiya genomê, amplîkon, pirtûkxaneyên 10x, û yên din) amade bikin, ku di laboratuarên me de vediguherin pirtûkxaneyên MGI da ku di DNBSEQ-T7 de werin rêzkirina, ku dihêle ku mîqdarên daneyên bilind bi lêçûnên kêmtir werin bidestxistin.
-
Têkiliya Kromatînê ya li ser bingeha Hi-C
Hi-C rêbazek e ku ji bo girtina mîhengkirina genomîk bi hevberkirina têkiliyên li ser bingeha nêzîkbûnê û rêzkirina rêjeya bilind hatiye çêkirin. Ev rêbaz li ser girêdana kromatîn bi formaldehîdê re ye, dû re jî bihelandin û ji nû ve girêdan bi awayekî ku tenê perçeyên ku bi kovalentî ve girêdayî ne berhemên girêdanê çêdikin. Bi rêzkirina van berhemên girêdanê, gengaz e ku rêxistina 3D ya genomê were lêkolîn kirin. Hi-C belavkirina beşên genomê yên ku bi sivikî pakkirî ne (beşên A, eukromatîn) û îhtîmala ku ji hêla transkrîpsiyonê ve çalak bin, û herêmên ku bi zexmî pakkirîtir in (beşên B, Heterokromatîn) lêkolîn dike. Hi-C di heman demê de dikare were bikar anîn da ku Domainên Topolojîkî yên Bi Hev Ve Girêdayî (TAD), herêmên genomê yên ku avahiyên wan qatkirî ne û îhtîmal e ku şêwazên îfadeyê yên wekhev hebin, destnîşan bike û ji bo destnîşankirina lûpên kromatîn, herêmên DNA yên ku ji hêla proteînan ve bi hev ve girêdayî ne û ku pir caran bi hêmanên rêkûpêk dewlemend in, were destnîşankirin. Xizmeta rêzkirina Hi-C ya BMKGene lêkolîneran hêzdar dike ku aliyên fezayî yên genomîkê bikolin, û rêyên nû ji bo têgihîştina rêziknameya genomê û bandorên wê li ser tenduristî û nexweşiyan vedike.
-
Çareseriya mRNA ya Dirêjahiya Tevahî ya PacBio 2+3
Her çiqas rêzkirina mRNA ya li ser bingeha NGS amûrek piralî ye ji bo pîvandina îfadeya genan, lê girêdana wê bi xwendinên kurt bandora wê di analîzên transkrîptomîk ên tevlihev de sînordar dike. Ji aliyekî din ve, rêzkirina PacBio (Iso-Seq) teknolojiya xwendina dirêj bikar tîne, ku rêzkirina transkrîptên mRNA yên bi dirêjahiya tevahî gengaz dike. Ev rêbaz lêkolînek berfireh a splicing alternatîf, fusionên genan, û poly-adenylation hêsan dike, her çend ew ne hilbijartina sereke ye ji bo pîvandina îfadeya genan. Têkeliya 2+3 bi girêdana xwendinên PacBio HiFi ji bo destnîşankirina komek tevahî ya îzoformên transkrîptê û rêzkirina NGS ji bo pîvandina îzoformên wekhev, valahiya di navbera Illumina û PacBio de vedike.
Platform: PacBio Revio û Illumina NovaSeq
-
Analîza Komeleya Tevahiya Genomê
Armanca Lêkolînên Komeleya Berfireh a Genomê (GWAS) ew e ku guhertoyên genetîkî (genotîp) ên ku bi taybetmendiyên taybetî (fenotip) ve girêdayî ne, nas bike. Bi lêkolîna nîşankerên genetîkî li seranserê genomê di hejmareke mezin ji kesan de, GWAS têkiliyên genotîp-fenotip bi rêya analîzên îstatîstîkî yên asta nifûsê derdixe holê. Ev rêbaz di lêkolîna nexweşiyên mirovan û lêkolîna genên fonksiyonel ên têkildarî taybetmendiyên tevlihev di heywanan an nebatan de serîlêdanên berfireh dibîne.
Li BMKGENE, em du rêyan ji bo pêkanîna GWAS li ser nifûsên mezin pêşkêş dikin: bikaranîna Rêzkirina Tevahiya Genomê (WGS) an jî hilbijartina rêbaza rêzkirina genoma bi temsîliyeta kêmkirî, ango Perçeya Amplified a Cihê Taybet (SLAF) a ku di hundirê şîrketê de hatiye pêşxistin. Her çend WGS ji bo genomên piçûktir minasib be jî, SLAF wekî alternatîfek lêçûn-bandor derdikeve holê ji bo lêkolîna nifûsên mezintir bi genomên dirêjtir, bi bandor lêçûnên rêzkirina kêm dike, di heman demê de karîgeriya kifşkirina nîşankerên genetîkî ya bilind garantî dike.
-
Rêzkirina RNA-ya yek-nukleî
Pêşxistina teknîkên girtina şaneyên yekane û avakirina pirtûkxaneyên xwerû, digel rêzkirina bi rêjeya bilind, lêkolînên îfadeya genan di asta şaneyan de şoreşek çêkiriye. Ev pêşketin rê dide analîzek kûrtir û berfirehtir a nifûsên şaneyên tevlihev, derbaskirina sînorkirinên têkildarî navînîkirina îfadeya genan li ser hemî şaneyan û parastina nehevsengiya rastîn di nav van nifûsan de. Her çend rêzkirina RNA ya şaneyên yekane (scRNA-seq) xwedî avantajên nayên înkarkirin be jî, ew di hin tevnên ku çêkirina rawestandina şaneyên yekane dijwar dibe û hewceyê nimûneyên nû ye, rastî dijwarîyan tê. Li BMKGene, em vê astengiyê bi pêşkêşkirina rêzkirina RNA ya navokî ya yekane (snRNA-seq) bi karanîna teknolojiya Chromium a 10X Genomics ya herî pêşkeftî çareser dikin. Ev nêzîkatî spektruma nimûneyên ku ji bo analîza transkrîptomê di asta şaneyên yekane de maqûl in fireh dike.
Veqetandina navokan bi rêya çîpa nûjen a 10X Genomics Chromium tê kirin, ku pergaleke mîkrofluîdîk a heşt-kanal bi xaçkirinên ducarî vedihewîne. Di vê pergalê de, morîkên jel ên ku barkod, primer, enzîm û navokek yekane dihewînin, di dilopên rûnê yên bi qasî nanolîtreyan de têne kapsul kirin, û Morîkên Gel-di-Emulsiyonê (GEM) de çêdikin. Piştî avakirina GEM, di her GEM de lîza şaneyê û berdana barkodê çêdibe. Piştre, molekulên mRNA ji bo cDNAyan transkrîpsiyona berevajî derbas dibin, ku barkodên 10X û Nasnameyên Molekulî yên Bêhempa (UMI) dihewînin. Dûv re ev cDNA ji bo avakirina pirtûkxaneya rêzkirina standard têne derbas kirin, ku lêkolînek xurt û berfireh a profîlên îfadeya genan di asta şaneya yekane de hêsan dike.
Platform: 10× Genomics Chromium û Platforma Illumina NovaSeq
-
Rêzkirina Tevahiya Genomê ya Nebat/Ajalan
Rêzkirina Tevahiya Genomê (WGS) teknîkek e ku ji bo destnîşankirina tevahî rêza DNA ya genoma organîzmayek di carekê de tê bikar anîn.
Bi gelemperî, xizmet li gorî hebûna genomek referansê li du komên cûda tê dabeş kirin:
- Ji nû verêzkirina tevahiya genomê.Di vê rewşê de, genomê ku were rêzkirin genomek referansê tune ye, û ji ber vê sedemê, armanca vê rêzkirinê ew e ku wê çêbike (an jî yekî heyî baştir bike). Ev teknîk hewce dike ku hem daneyên Illumina û hem jî rêzkirina xwendina dirêj bikar bîne da ku kombûna genomê bi çêkirina hevgirtinek di navbera xwendinan de baştir bike.
- Ji nû ve rêzkirin.Ew behsa rêzkirina tevahiya genomê ya ferdên cuda yên cureyên bi genomên referansê yên naskirî dike. Li ser vê bingehê, cûdahiyên genomîk ên ferd an nifûsan dikarin bêtir werin destnîşankirin.
-
Rêzkirina mRNA ya Dirêjahiya Tevahî - Nanopore
Her çend rêzkirina mRNA ya li ser bingeha NGS amûrek piralî ye ji bo hejmartina îfadeya genan, lê girêdayîbûna wê bi xwendinên kurt bandora wê di analîzên transkrîptomîk ên tevlihev de sînordar dike. Ji aliyekî din ve, rêzkirina nanopore teknolojiya xwendina dirêj bikar tîne, ku rêzkirina transkrîptên mRNA yên bi dirêjahiya tevahî gengaz dike. Ev rêbaz lêkolînek berfireh a splicing alternatîf, hevgirtina genan, polî-adenîlasyon, û hejmartina îzoformên mRNA hêsan dike.
Rêzkirina nanopore, rêbazek e ku xwe dispêre sînyalên elektrîkî yên demrast ên molekulên yekane yên nanopore, di demrast de encaman peyda dike. Bi rêberiya proteînên motorê, DNAya du-tebeqeyî bi proteînên nanopore yên di nav biyofîlmekê de ve girêdide, dema ku di kanala nanopore re di bin cûdahiya voltaja de derbas dibe vedibe. Sînyalên elektrîkî yên cihêreng ên ku ji hêla bingehên cûda yên li ser tebeqeya DNA ve têne çêkirin di demrast de têne tespît kirin û dabeş kirin, ku rêzkirina nukleotîdên rast û domdar hêsan dike. Ev nêzîkatiya nûjen sînorkirinên xwendina kurt derbas dike û platformek dînamîk ji bo analîza genomîk a tevlihev, di nav de lêkolînên transkrîptomîk ên tevlihev, bi encamên tavilê peyda dike.
Platform: Nanopore PromethION 48
