Products

Rêzkirin-Illumina mRNA-ya ne-çavkanî

Wêneya Taybetmendî ya Rêzkirina mRNA-Nê-Rêferansê-Rêveberî-Illumina

Rêzkirina mRNA teknîka rêzgirtinê ya nifşê din (NGS) dipejirîne da ku RNA-ya peyamber (mRNA) ji Eukaryote di heyama taybetî ya ku hin fonksiyonên taybetî çalak dikin de bigire.Veguhastina herî dirêj a ku jê re tê gotin 'Unigene' bû û wekî rêzika referansê ji bo analîza paşîn hate bikar anîn, ku ev yek amûrek bi bandor e ji bo lêkolîna mekanîzmaya molekulî û tora birêkûpêk a celebê bêyî referans.

Piştî kombûna daneya transkrîptomê û annotasyona fonksiyonel a yekgene

(1) Analîza SSR, pêşbîniya CDS û strukturên genê dê pêşde werin çêkirin.

(2) Di her nimûneyê de hêjmarkirina îfadeya yekgene dê were kirin.

(3) Di navbera nimûneyan (an koman) de yekjenên bi rengek cûda têne diyar kirin dê li ser bingeha vegotina yekjenê bêne kifş kirin

(4) Dê berhevkirin, annotasyona fonksiyonel û analîza dewlemendkirina yekjenên ku bi rengek cûda têne diyar kirin bêne kirin

Paqij bûn

Details Service

Bioinformatics

Encamên Demo

Lêkolîna Case

Features

● Ji her genomê referansê serbixwe,

● Daneyên dikarin ji bo analîzkirina avahî û vegotina transkrîptê werin bikar anîn

● Malperên qutkirina guhêrbar nas bikin

Avantajên Service

● Radestkirina encaman-based BMKCloud: Encam wekî pelê daneyê û raporek înteraktîf bi riya platforma BMKCloud ve têne radest kirin, ku destûrê dide xwendina-hevalê bikarhêner a encamên analîzên tevlihev û derxistina daneya xwerû li ser bingeha analîza biyoinformatîk a standard.

● Karûbarên piştî firotanê: Karûbarên piştî firotanê ji bo qedandina projeyê 3 mehan derbasdar in, di nav de şopandina projeyan, kişandina pirsgirêkê, encam Q&A, hwd.

Sample Requirements û Delivery

Pêdiviyên Nimûne:

Nukleotîd:

Pevçûn (ng/μl)

Mîqdar (μg)

Paqijiyê

Linavketinî

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Li ser gêlê bi proteîn an ADN-ê bi sînorkirî an tune.

Ji bo nebatan: RIN≥6.5;

Ji bo heywanan: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

bilindbûna bingehîn ya sînorkirî an tune

Pîvan: Giranî(hişk): ≥1 g
*Ji bo tevna ji 5 mg piçûktir, em pêşniyar dikin ku nimûneya tevnê ya cemidî (di nîtrojena şil) de bişînin.

Rawestandina şaneyê: Hejmara şaneyan = 3×10⁷
*Em pêşniyar dikin ku lîza hucreya cemidî bişînin.Di rewşê de ku ew şaneyek ji 5×10 piçûktir tê hejmartin⁵, di nîtrojena şil de qeşagirtî tê pêşniyar kirin.

Nimûneyên xwînê:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRZol û 2mL xwînê(TRIzol:Xwîn=3:1)

Pêşniyara Sample Delivery

Têrr:
2 ml lûleya santrîfujê (Peldanka tin nayê pêşniyar kirin)
Etîketkirina nimûneyê: Kom+kobar, mînak A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Barkirin:
1.Berşa hişk: Pêdivî ye ku nimûne di torbeyan de bêne pak kirin û di qeşa hişk de bêne veşartin.
2.Bûkên RNAstable: Nimûneyên RNA dikarin di lûleya stabilîzasyona RNA de bêne hişk kirin (mînak RNAstable®) û di germahiya odeyê de bêne şandin.

Xizmeta Kar Herikîna

Design Experiment

Sample delivery

Derxistina RNA

Avakirina pirtûkxaneyê

Rêzkirin

Analîzkirina daneyan

Xizmetên piştî firotanê

Pêşî: Rêzkirina ne-kodkirina dirêj-Illumina

Piştî: Rêzkirina mRNA ya Eukaryotî-Illumina

Bioinformatics

1.mRNA(denovo) Prensîba Civînê

Ji hêla Trinity ve, xwendin li perçeyên piçûktir têne parçe kirin, ku wekî K-mer têne zanîn.Dûv re van K-mers wekî tov têne bikar anîn da ku di nav pêlavan de werin dirêj kirin û dûv re jî pêkhatek li ser bingeha hevgirtinên domdar têne bikar anîn.Di dawiyê de, De Bruijn li vir hate sepandin da ku transkrîpsiyonên di pêkhateyan de nas bike.

mRNA-(De-novo)-Girtî-ji-Trinity

mRNA (De novo) Pêşniyara Trinity

2.mRNA (De novo) Belavbûna Asta Ragihandina Genê

RNA-Seq dikare bi texmînek pir hesas a vegotina genê bigihîje.Bi gelemperî, rêza diyarkirî ya vegotina transkriptê FPKM ji 10^-2 heya 10^6 diguhere.

mRNA-(De-novo)-Distribution-of-FPKM-density-in-her-novo

mRNA (De novo) Dabeşkirina dendika FPKM di her nimûneyê de

3.mRNA (De novo) GO Analyza zengînkirina DEGs

Databasa GO (Ontolojiya Genê) pergalek annotasyona biyolojîkî ya sazkirî ye ku tê de peyvek standard a fonksiyonên gen û hilberên genê vedihewîne.Ew gelek astan dihewîne, li ku derê ast kêm be, fonksiyon jî ew qas taybetî ne.

mRNA-(De-novo)-GO-classification-of-DEGs-li-second-level

mRNA (De novo) Dabeşkirina GO ya DEGs di asta duyemîn de

BMK Case

Analîza Transkrîptomê ya Metabolîzma Sukrozê di Di Dema Werimandin û Pêşveçûna Bulbê de li Pîvazê (Allium cepa L.)

Weşandin: sînorên di zanistiya nebatan de, 2016

Stratejiya rêzgirtinê

Illumina HiSeq2500

Sample collection

Kulîlka Utah Yellow Sweet Spain "Y1351" di vê lêkolînê de hate bikar anîn.Hejmara nimûneyên berhevkirî bû
Roja 15emîn piştî werimîna (DAS) ya ampûlê (2-cm tîrêj û giraniya 3-4 g), 30-emîn DAS (5-cm û giraniya 100-110 g), û ~3 li ser DAS-a 40-an (7-cm û giraniya 260-300 gram).

Encamên sereke

1. di diyagrama Venn de, bi tevahî 146 DEG di her sê cot qonaxên pêşveçûnê de hatine tespît kirin.
2. "Veguhestina karbohîdartan û metabolîzma" tenê bi 585 unigenes (ango, 7% ji COG-ya şirovekirî) hate temsîl kirin.
3.Unigeneyên ku bi serfirazî li databasa GO-yê hatine şîrove kirin ji bo sê qonaxên cûda yên pêşkeftina ampûlê li sê kategoriyên sereke hatin dabeş kirin.Di kategoriya sereke ya "pêvajoya biyolojîk" de herî zêde "pêvajoya metabolîk" tê temsîl kirin, li dû wê "pêvajoya hucreyî".Di kategoriya sereke ya "fonksiyona molekular" de du kategoriyên ku herî zêde têne temsîl kirin "girêdan" û "çalakiya katalîtîk" bûn.

Histograma komên komên orthologous (COG) dabeşkirin

Histograma dabeşkirina ontolojiya genê (GO) ji bo yekjenên ku di sê qonaxên pêşkeftinê de ji ampûlê têne derxistin.

Diagrama Venn de genên ku di her du qonaxên pêşkeftina ampûlê pîvazê de bi rengek cûda têne diyar kirin nîşan dide

Balkêşî

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Analîza Transkrîptomê ya Metabolîzma Sukrozê di dema Werimandin û Pêşveçûna Bulbê de li Pîvazê (Allium cepa L.)[J].Sînorên di Zanistiya Nebatan de, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425