Rêzkirina mRNA ya Bê-Referansê-NGS
Taybetmendî
● Berî amadekirina pirtûkxaneyê, girtina polî mRNA
● Serbixwe ji her genoma referansê: li ser bingeha komkirina de novo ya transkrîptan, çêkirina navnîşek ji unigenan ku bi gelek databasan (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG) hatine şîrovekirin.
● Analîza biyoenformatîkî ya berfireh a îfadeya genê û avahiya transkrîptê
Avantajên Xizmetê
●Pisporiya BerfirehTîma me, bi tomarên xwe yên pêvajoykirina zêdetirî 600,000 nimûneyan li BMKGENE, ku celebên nimûneyên cihêreng ên wekî kulturên şaneyan, tevn û şilavên laş vedihewîne, ezmûnek dewlemend tîne her projeyekê. Me bi serkeftî zêdetirî 100,000 projeyên mRNA-Seq di warên lêkolînê yên cûrbecûr de qedandine.
●Kontrola Kalîteyê ya Bi HişkîEm xalên kontrolê yên bingehîn li hemû qonaxan bicîh tînin, ji amadekirina nimûne û pirtûkxaneyê bigire heya rêzkirin û biyoenformatîkê. Ev çavdêriya baldar radestkirina encamên bi kalîteya bilind a domdar misoger dike.
● Têbînîkirina BerfirehEm gelek databasan bikar tînin da ku Genên Cûda yên Derbirandî (DEG) bi awayekî fonksiyonel şîrove bikin û analîza dewlemendkirinê ya têkildar pêk bînin, û têgihiştinan li ser pêvajoyên şaneyî û molekulî yên bingehîn ên bersiva transkrîptomê peyda bikin.
●Piştgiriya Piştî FirotanêPabendbûna me ji temamkirina projeyê û pê ve jî bi heyameke xizmeta piştî firotanê ya 3 mehan berdewam dike. Di vê demê de, em şopandina projeyê, alîkariya çareserkirina pirsgirêkan, û rûniştinên Pirs û Bersîvê pêşkêş dikin da ku pirsên têkildarî encaman çareser bikin.
Pêdiviyên Nimûneyan û Radestkirin
| Pirtûkxane | Stratejiya rêzkirinê | Daneyên pêşniyarkirî | Kontrola Kalîteyê |
| Poly A dewlemendkirî | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Pêdiviyên Nimûneyê:
Nukleotîd:
| Têkelkirin (ng/μl) | Mîqdar (μg) | Paqijî | Linavketinî |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Gemarîbûna proteîn an DNAyê li ser jelê bi sînor an jî tune ye. | Ji bo nebatan: RIN≥4.0; Ji bo heywanan: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; bilindahiya bingehîn sînorkirî an tune |
● Nebat:
Kok, Qûn an Petal: 450 mg
Pel an Toxm: 300 mg
Fêkî: 1.2 g
● Heywan:
Dil an Rûvî: 300 mg
Mejî an jî organên zikê: 240 mg
Masûlke: 450 mg
Hestiyên, Por an Çerm: 1g
● Artropod:
Mêşhingiv: 6g
Krustacea: 300 mg
● Xwîna tevahî: 1 lûle
● Xane: 106 şaneyan
Radestkirina Nimûneya Pêşniyarkirî
Konteyner: Lûleya santrifûjê ya 2 ml (Foliya teneke nayê pêşniyarkirin)
Nimûneya nîşankirinê: Komkirin+dubarekirin mînak A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Şandin:
1. Qeşaya hişk: Pêdivî ye ku nimûne di nav kîsikan de werin pak kirin û di nav qeşaya hişk de werin veşartin.
2. Lûleyên RNA-yê yên stabîl: Nimûneyên RNA-yê dikarin di lûleya stabîlkirina RNA-yê de (mînak RNAstable®) werin hişk kirin û di germahiya odeyê de werin şandin.
Herikîna Karê Xizmetê
Sêwirana ceribandinê
Radestkirina nimûneyê
Derxistina RNAyê
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîza daneyan
Xizmetên piştî firotanê
Bîyoenformatîk
Komkirina transkrîptomê û hilbijartina unigenê
Anotasyona Unigene
Têkiliya nimûneyan û nirxandina dubarekirinên biyolojîkî
Genên Bi Cûda Derbirî (DEG)
Têbînîkirina Fonksiyonel a DEG-an
Dewlemendkirina Fonksiyonel a DEG-an
Pêşveçûnên ku ji hêla karûbarên rêzkirina mRNA ya NGS ya eukaryotîk a BMKGene ve bi rêya berhevokek weşanên bijartî têne hêsankirin, vekolin.
Shen, F. û yên din. (2020) 'Civîna transkrîptomên de novo û îfadeya genê ya li gorî zayendî di gonadên masiyê Amur (Silurus asotus) de', Genomics, 112(3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. û yên din. (2016) 'Analîza transkrîptomê ya metabolîzma sukrozê di dema werimandin û geşedana pîvazê de di pîvaz (Allium cepa L.) de', Frontiers in Plant Science, 7 (Îlon), r. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. û yên din. (2017) 'Civandin, taybetmendîkirin û şîrovekirina de novo ji bo transkrîptoma Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. û yên din (2021) 'Analîza transkrîptomê ya de novo têgihiştinê li ser toleransa xwê ya Podocarpus macrophyllus di bin stresa şorbûnê de peyda dike', BMC Plant Biology, 21(1), r. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
