● Du panelên eksomê li ser bingeha dewlemendkirina hedefê bi proban hene: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) û xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Rêzkirin li ser Illumina NovaSeq.
● Xeta biyoenformatîkî ya ku ber bi analîza nexweşiyê an analîza tumorê ve tê rêve kirin.
●Herêma Kodkirina Proteînê Armanc DikeBi girtin û rêzkirina herêmên kodkirina proteînê, hWES tê bikar anîn da ku guhertoyên têkildarî avahiya proteînê eşkere bike.
●Bi bandor ji bo lêçûnê:hWES bi qasî %85ê mutasyonên bi nexweşiyên mirovan ve girêdayî ji %1ê genoma mirovan peyda dike.
●Rastbûna BilindBi kûrahiya rêzkirina bilind, hWES tespîtkirina hem guhertoyên hevpar û hem jî guhertoyên nadir ên bi frekansên kêmtir ji %1 hêsantir dike.
●Kontrola Kalîteyê ya Bi HişkîEm pênc xalên kontrolê yên bingehîn li seranserê hemî qonaxan bicîh tînin, ji amadekirina nimûne û pirtûkxaneyê bigire heya rêzkirin û biyoenformatîkê. Ev çavdêriya baldar radestkirina encamên bi kalîteya bilind a domdar misoger dike.
●Analîza Biyoenformatîkê ya BerfirehXeta me ji destnîşankirina guhertoyên genoma referansê wêdetir diçe, ji ber ku ew analîzek pêşkeftî vedihewîne ku bi taybetî ji bo çareserkirina pirsên lêkolînê yên têkildarî aliyên genetîkî yên nexweşiyan an analîza tumorê hatî çêkirin.
●Piştgiriya Piştî Firotanê:Pabendbûna me ji temamkirina projeyê û pê ve jî bi heyameke xizmeta piştî firotanê ya 3 mehan berdewam dike. Di vê demê de, em şopandina projeyê, alîkariya çareserkirina pirsgirêkan, û rûniştinên Pirs û Bersîvê pêşkêş dikin da ku pirsên têkildarî encaman çareser bikin.
| Stratejiya Girtina Eksonê | Stratejiya Rêzkirinê | Derana Daneyên Pêşniyarkirî |
| Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) an jî Panela Hîbrîdasyona Exome xGen v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5-10 Gb Ji bo nexweşiyên Mendelî/nexweşiyên kêm: > 50x Ji bo nimûneyên tumorê: ≥ 100x |
| Cureyê Nimûneyê
| Biha(Qubit®)
| Lisersekinî | Bend
| Paqijî (NanoDrop™) |
|
DNAya genomîk
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 μL | OD260/280=1.8-2.0 bê hilweşandin, bê gemarî
|
Analîza biyoenformatîkî ya nimûneyên nexweşiya hWES ev in:
● Daneyên rêzkirinê QC
● Hevrêzkirina Genomê ya Referansê
● Nasnameya SNP û InDelan
● Têbînîkirina Fonksiyonel a SNP û InDelan
Analîza biyoenformatîkî ya nimûneyên tumorê ev in:
● Daneyên rêzkirinê QC
● Hevrêzkirina Genomê ya Referansê
● Nasîna SNP, InDels û guhertoyên somatîk
● Nasîna guhertoyên rêza germî
● Analîza îmzeyên mutasyonê
● Nasîna genên ajotinê li gorî mutasyonên qezenckirina fonksiyonê
● Têbînîkirina mutasyonê li asta hesasiyeta dermanan
● Analîza nehevsengiyê - hesabkirina paqijî û ploîdiyê
QC ya Daneyan - Statîstîkên girtina Exome
Nasnameya Guhertoyê - InDels
Analîza pêşketî: destnîşankirin û belavkirina SNP/InDelên zirardar – nexşeya Circos
Analîza tumorê: destnîşankirin û belavbûna mutasyonên somatîk - nexşeya Circos
Analîza tumorê: rêzikên klonal