Rêzkirina RNA-ya yek-nukleî
Nexşeya Teknîkî
Veqetandina navokan bi rêya 10× Genomics Chromium™ tê bidestxistin, ku ji sîstema mîkrofluîdîk a heşt-kanal pêk tê ku du qat derbas dibin. Di vê pergalê de, marûlên jel bi barkod û primer, enzîm û yek navok di dilopek rûnê ya bi qasî nanolître de têne kapsul kirin, û Marûlên Gel-di-Emulsiyonê de (GEM) çêdikin. Dema ku GEM çêbûn, lîza hucreyê û berdana barkodan di her GEM de tê kirin. mRNA bi barkodên 10× û UMI berevajî dibin molekulên cDNA, ku piştre di bin avakirina pirtûkxaneya rêzkirina standard de ne.
Taybetmendî
● Amadekirina suspensiyona yek-nukleî ji tevnên cemidî
● Pêkhatina Gel Bead-in-Emulsion (GEM) û piştre senteza cDNA
● Her mûrek di GEM de bi primerên ku ji 4 beşan pêk tên barkirî ye:
dûvika polî(dT) ji bo amadekirina mRNA û senteza cDNA,
Nasnameya Molekulî ya Bêhempa (UMI) ji bo rastkirina xeletiya amplîfîkasyonê
barkoda 10x
Rêza girêdanê ya prîmera rêzkirina xwendina qismî 1
Awantaj
Rêzkirina RNA-ya yek-nukleerî sînordariyên rêzkirina RNA-ya yek-hucreyî ji holê radike, û dihêle ku:
● Bikaranîna nimûneyên cemidî û ne tenê bi nimûneyên teze ve sînordar e
● Stresa kêm a şaneyên cemidî li gorî dermankirina enzîmatîk a şaneyên teze, ku di daneyên transkrîptomê de bi şiklê genên kêmtir ên ji ber stresê çêbûyî tê xuyang kirin.
● Pêdivî bi rakirina pêşwext a xirokên sor ên xwînê tune
● Qûtra şaneyê bêsînor
● Rêzek mezin ji nimûneyên ku ji bo analîzê guncaw in, di nav de celebên tevnên tevlihev û nazik ên ku di dema veqetandina tevnên de meyla kombûn an hilweşandina hucreyan hene.
Nimûneyên ku nikarin bi rêzkirina RNA-ya yek-hucreyî werin analîzkirin û ji bo rêzkirina RNA-ya yek-nûklewî guncaw in:
| Şane / Teş | Semed |
| Destmala cemidî ya neteze | Nekarîn rêxistinên teze an jî yên ku demek dirêj hatine tomarkirin bistînin |
| Xaneya masûlkeyan, Megakaryosît, Rûn… | Dirêjahiya şaneyê pir mezin e ku nekeve nav amûrê |
| Ceger… | Pir nazik e ku bişkê, nikare şaneyên yekane ji hev cuda bike |
| Hucreya neuronê, Mejî… | Hesastirtir, hêsantir stres dibe, dê encamên rêzkirinê biguhezîne |
| Pankreas, Tîroîd… | Dewlemend bi enzîmên endojîn e, bandorê li hilberîna suspensiyona şaneyên yekane dike |
Yek-nukleus vs Yek-hucre
| Yek-nukleus | Yek-hucreyî |
| Qûtra şaneyê bêsînor | Qûtra şaneyê: 10-40 μm |
| Materyal dikare tevnên cemidî be | Divê materyal ji qumaşê teze be |
| Stresa kêm a şaneyên cemidî | Dermankirina bi enzîmê dibe ku bibe sedema reaksiyona stresê ya hucreyê |
| Pêdivî bi rakirina xirokên sor ên xwînê tune | Pêdivî ye ku xirokên xwîna sor werin rakirin |
| Navokî biyolojîkagahdariyê diyar dike | Tevahiya xane biyolojîkîagahiyan nîşan dide |
Taybetmendî
| Pêdiviyên Nimûneyê | Pirtûkxane | Stratejiya rêzkirinê | Daneyên pêşniyarkirî | Kontrola Kalîteyê |
| Teşeyên heywanan ≥ 200 mg Tesîra nebatan ≥ 400 mg | Pirtûkxaneya cDNA ya sn ya 10x Genomics | Illumina PE150 | 100K PE xwendin ji bo her şaneyê (100-200 Gb) | 700-1200 navik/μl û yekparebûna navikên di bin mîkroskopê de tê dîtin |
Ji bo bêtir agahdarî li ser rêbernameya amadekirina nimûneyê û xebata karûbarê, ji kerema xwe bi kesekî re biaxivin.Pisporê BMKGENE
Herikîna Karê Xizmetê
Analîza jêrîn vedihewîne:
● Kontrola Kalîteyê: hejmara xaneyan, tespîtkirina genan, destnîşankirina rast a xaneyan, molekulên RNA û pîvandina îfadeyê
● Analîza Nimûneya Hundirîn:
Komkirina xaneyan û şîrovekirina komê
Analîza Derbirîna Cûda: destnîşankirina DEG-an di koman de
Têbînîkirin û dewlemendkirina fonksiyonel a DEG-ên klusterê
● Analîza navbera koman:
Têkelkirina daneyan
Analîza Derbirîna Cûda: destnîşankirina DEG-an di koman de
Têbînîkirin û dewlemendkirina fonksiyonel a DEG-ên komê
● Analîza Pêşketî:
Analîza çerxa şaneyê
Analîza pseudodemî
Analîza ragihandina hucreyê (CellPhoneDB)
Analîza Dewlemendkirina Setê Genan (GSEA)
Analîza nimûneya hundirîn
Komkirina şaneyan:
Analîza Derbirîna Cûda: DEG-yên komê
Analîza navbera koman
Analîza Derbirîna Cûda: DEG-yên Koman
Analîza Pêşketî:
Analîza pseudodemjimêr:
Analîza çerxa şaneyê:
Pêşketinên ku ji hêla karûbarên rêzkirina RNA-ya yek-nukleus a BMKGene ve ji hêla 10X Chromium ve di van weşanên taybetî de têne hêsankirin vekolin:
Wang, L. û yên din (2021) 'Analîza transkrîptomîk a yek-hucreyî rewşa îmûnî ya pişikê di zêdebûna astimê ya berxwedêr a steroîdan de eşkere dike',Karûbarên Akademiya Zanistî ya Neteweyî ya Dewletên Yekbûyî yên Amerîkayê, 118(2), r. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. û yên din (2022) 'Toreke Rêkûpêk a Cîhanî ji bo Derbirîna Genê ya Nerêkûpêk û Sînyalkirina Metabolîk a Anormal di Hucreyên Parastinê de di Jîngeha Mîkro ya Nexweşiya Graves û Tîroîdîta Hashimoto de',Sînorên di Îmmunolojiyê de, 13, rûp. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
Tian, H. û yên din. (2023) 'Transkriptoma yek-hucreyî piştî vakslêdanê bi Edwardsiella tarda ya neçalakkirî di kêzika masiyê (Paralichthys olivaceus) de, nehevsengiya û bersivên parastinê yên leukosîtan eşkere dike',Çandiniya avî, 566, r. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
Yu, Y. û yên din (2023) 'Terapiya fotodînamîk encama astengkerên xalên kontrolê yên îmûnî bi rêya ji nû ve avakirina îmûnîteya dij-tumor li nexweşên bi kansera mîdeyê baştir dike',Penceşêra mîdeyê, 26(5), r. 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.
