Nexşeya Germahîyê
Amûra Nexşeya Germê pelê daneyên matrîksê wekî têketinê qebûl dike û dihêle ku bikarhêner daneyan fîltre bikin, normalîze bikin û kom bikin. Rewşa karanîna sereke ji bo nexşeyên germê analîza komkirinê ya asta îfadeya genê di navbera nimûneyên cûda de ye.
Anotasyona Genê
Amûra Annotasyona Genê li ser bingeha hevrêzkirina rêza pelên FASTA yên têketinê li hember cûrbecûr databasan, annotasyona genê pêk tîne.
Amûra Lêgerîna Hevrêzkirina Herêmî ya Bingehîn (BLAST)
Amûra BLAST guhertoyek entegre ya BMKCloud a NCBI BLAST e û dikare ji bo pêkanîna heman fonksiyonan bi karanîna daneyên ku li ser hesabê BMKCloud hatine barkirin were bikar anîn.
Pêşbîniya CDS_UTR
Amûra Pêşbînîkirina CDS_UTR ji bo pêşbînîkirina herêmên kodkirinê (CDS) û herêmên ne-kodkirinê (UTR) di rêzikên transkrîptê yên dayîn de li gorî encamên BLAST li hember databasa proteînên naskirî û encamên pêşbînîkirina ORF-ê hatiye sêwirandin.
Plota Manhattanê
Amûra Manhattan Plot dihêle ku ceribandinên bi nimûneyên bilind werin nîşandan û bi gelemperî di lêkolînên komeleya seranserê genomê (GWAS) de tê bikar anîn.
Diyagrama Sîrkoyê
Amûra Diagrama CIRCOS dîtbarîkirinek bi bandor a belavbûna taybetmendiyên genomîk li seranserê genomê peyda dike. Taybetmendiyên hevpar lokusên hejmarî, SNP, InDels, guhertoyên avahî û hejmara kopiyan vedihewîne.
Dewlemendkirina Ontolojiya Genê (GO)
Amûra dewlemendkirina GO analîza dewlemendkirina fonksiyonel peyda dike. Nermalava sereke di vê amûrê de pakêta TopGO-Bioconductor e, ku analîza îfadeya cûda, analîza dewlemendkirina GO û dîtbarîkirina encaman dihewîne.
Analîza Tora Hev-îfadekirina Genê ya Girankirî (WGCNA)
WGCNA rêbazeke kolandina daneyan e ku bi berfirehî tê bikaranîn ji bo kifşkirina modulên hev-îfadekirina genan. Ew ji bo cûrbecûr setên daneyên îfadeyê, di nav de daneyên îfadeya gena microarray û NGS, tê sepandin.
InterProScan
Amûra InterProScan analîz û dabeşkirina rêza proteîna InterPro peyda dike.
Dewlemendkirina GO KEGG
Amûra dewlemendkirina GO KEGG ji bo çêkirina hîstograma dewlemendkirina GO, hîstograma dewlemendkirina KEGG û rêça dewlemendkirina KEGG li ser bingeha komek genên peyda kirî û anotasyonên têkildar hatiye sêwirandin.