Бүт геном бисул fi se secencing (WGBS)
ДНКнын металлациясын, айрыкча гендин (5-mc) тереңдиктеги бешинчи позицияны терең изилдөө үчүн алтын-ченемдик методология (WGBS), айрыкча, гендик сөз айкашы жана уюлдук ишмердүүлүгүнүн негизги жөнгө салуучусу. Бөлүнүп жаткан принцип Бисульфит дарылоону камтыйт, метилтацияланган цитоин калбай калганда, бисульфитикалык дарылоодон өтүүнү билдирет. Бул ыкма бир базалык резолюцияны сунуш кылат, изилдөөчүлөрдүн метиломин арыктоого жана ар кандай шарттарга, айрыкча, рак оорусуна байланыштуу анормалдуу метайликанын омуртканы ачууга мүмкүндүк берет. Дгббингди колдонуу менен, илимпоздор бир-бирден ар кандай биологиялык процесстердин жана оорулардын астындагы эпигенетикалык механизмдер жөнүндө нюрациялык түшүнүктөргө ээ болгон геном адилеттүү түшүнүктөргө ээ болушат.
Кызмат өзгөчөлүктөрү
● шилтеме геномун талап кылат.
● Ламбда ДНК бисульфитинин конверсиясынын натыйжалуулугун көзөмөлдөө үчүн кошулат.
● Иллюмина Новаска боюнча ырааттуулук.
Кызматтын артыкчылыктары
●ДНК метиляциялык изилдөө үчүн алтын стандарт: Бул жетилген метляциялык кайра иштетүү технологиялары жогорку тактыкка жана жакшы репродукцияга ээ.
●Кеңейтүү жана бирдиктүү резолюция:Геномен-түз деңгээлдеги метиляциялык сайттарды табуу.
●Толук платформа:Үлгүдө, китепкана курулушун, биоинформатика талдоосуна ырааттуулук менен, бирдиктүү мыкты кызмат көрсөтүңүз.
●Кеңири экспертизаТөмөнкү түрдөгү ар түрдүү түрлөрү боюнча ийгиликтүү аяктаган WGBS менен ийгиликтүү аяктаган.
●Транспорттук анализ менен кошулуу мүмкүнчүлүгү: РНК-SEQ сыяктуу башка OMICS маалыматы менен ВГБлардын интеграцияланган анализине уруксат берүү.
Үлгү мүнөздөмөлөрү
| Китепкана | Сезүү стратегия | Сунуш кылынган маалыматтардын чыгышы | Сапатты көзөмөлдөө |
| Бисулфит дарыланат | Illumina pe150 | 30x тереңдик | Q30 ≥ 85% Бисулфите айландыруу> 99% |
Үлгү талаптары
| Концентрация (ng / μl) | Жалпы суммасы (GG) | Кошумча талаптар | |
| Genomic DNA | ≥ 5 | ≥ 400 Ng | Чектелген деградация же булгануу |
Кызматтын агымы
Үлгү жеткирүү
ДНК казып алуу
Китепкана курулушу
Sequencing
Маалыматтарды талдоо
Маалыматтарды жеткирүү
Төмөнкү анализди камтыйт:
● Сапаттын сапатын контролдоо;
● Маалымдама геномун картасы;
● 5MC метиляциялык базаларды аныктоо;
● метиляцияны бөлүштүрүүнү жана аннотацияны анализдөө;
● дифференциалдык метиляциялык аймактарды талдоо (DMRS);
Dmrs үчүн байланышкан гендердин функционалдык аннотациясы.
5MC метиляциялык белгилеринин түрлөрү
Метиляциялык карта. 5mc метилялуу геном-кенен бөлүштүрүү
Жогорку метилдүү аймактардын аннотациясы
Дифференциалдык метилтацияланган аймактар: Байланышкан гендер
Дифференциалдык метилтацияланган аймактар: Байланышкан гендердин аннотациясы (Gene Ontology)
БМКЖИНИНИН БИСЭЦулфитинин коштоосунун пленкалык кызмат көрсөтүүлөрү менен байланышкан изилдөө жүргүзүлүүчү илимдердин илгичтерди изилдөө.
Күйөрман, ж.б. (2020) «Кой этиляциялык профилин Койдун скелеттик өнүгүүсү учурунда, геном бисульфитинин ырааттуулугун колдонуп,BMC Genomics21 (1), 1-15-бб. DOI: 10.1186 / S12864-020-6751-5.
Жао, X. ж.б. (2022) "Винил Хлоридге дуушар болгон жумушчуларга (2022)Токсикология жана өнөр жай ден-соолугу38 (7), 377-388-бб. DOI: 10.1177 / 07482337221098600
Зуо, Дж. (2020) "Генома метализациясынын, Ронас, МРНА жана метаболиттеринин ортосундагы мамилелерӨсүмдүктөр журналы, 103 (3), 980-994-бб. DOI: 10.1111 / tpj.14778.
