Бүтүндөй геномдун бисульфиттик секвенирлөөсү (WGBS)
Бул ыкма метилденбеген цитозиндерди урацилге (Cден Uга) айландырууну стимулдаштыруу үчүн ДНКны бисульфит менен иштетүүгө негизделген, ошол эле учурда метилденген цитозиндерди өзгөрүүсүз калтырып, ДНКнын метилденүүсүн, атап айтканда, цитозиндеги бешинчи позицияны (5-мК), ген экспрессиясынын жана клеткалык активдүүлүктүн негизги жөнгө салуучусун терең изилдөө үчүн алтын стандарттуу методология болуп саналат.
Бул ыкма бир базалык чечилишти камсыз кылат, бул изилдөөчүлөргө метиломду комплекстүү изилдөөгө жана үлгүлөрдөгү анормалдуу метилдөө үлгүлөрүн аныктоого мүмкүндүк берет. WGBSти колдонуу менен окумуштуулар геномдун кеңири метилдөө ландшафттары жөнүндө теңдешсиз түшүнүктөргө ээ болуп, ар кандай биологиялык процесстердин жана оорулардын негизинде жаткан эпигенетикалык механизмдерди кылдат түшүнүүгө мүмкүндүк берет.
Кызматтын өзгөчөлүктөрү
● Illumina NovaSeq'теги ырааттуулукту аныктоо.
● Маалымат геномун талап кылат.
● Бисульфиттин конверсиясынын натыйжалуулугун көзөмөлдөө үчүн лямбда ДНКсы кошулат.
Кызматтын артыкчылыктары
●ДНК метилдөөсүн изилдөө үчүн алтын стандарт: Бул жетилген технология жогорку тактыкка жана жакшы кайталанууга ээ.
●Кеңири камтуу жана бир базалык чечилиш:Метилденген жерлерди аныктоо геномдун кеңири деңгээлинде жүргүзүлөт.
●Толук платформа:Биз үлгүлөрдү иштетүүдөн баштап, китепкана куруудан баштап, ырааттуулукту аныктоого жана биоинформатикалык анализге чейин бирдиктүү кызмат көрсөтөбүз.
●Кеңири экспертизаБизде ар кандай түрлөр боюнча аткарылган долбоорлордун кеңири спектри бар. BMKGENE он жылдан ашык тажрыйбаны, жогорку квалификациялуу аналитикалык топту, ар тараптуу мазмунду жана сатуудан кийинки эң сонун колдоону сунуштайт.
●Транскриптомика анализине кошулуу мүмкүнчүлүгүWGBSти РНК-секвенциясы сыяктуу башка омика маалыматтары менен интеграцияланган талдоо жүргүзүүгө мүмкүндүк берет.
Үлгү мүнөздөмөлөрү
| Китепкана | Ырааттуулук стратегиясы | Сунушталган маалыматтарды чыгаруу | Сапатты көзөмөлдөө |
| Бисульфит менен иштетилген | Иллюминат PE150 | 30x тереңдик | Q30 ≥ 85% Бисульфиттин конверсиясы > 99% |
Үлгү талаптары
| Концентрациясы (нг/µL) | Жалпы көлөмү (мкг) | Кошумча талаптар | |
| Геномдук ДНК | ≥ 5 | ≥ 400 нг | Чектелген деградация же булгануу |
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Үлгү жеткирүү
ДНКны бөлүп алуу
Китепкана куруу
Ырааттуулук
Маалыматтарды талдоо
Маалыматтарды жеткирүү
Кызмат төмөнкү талдоолорду камтыйт:
● Чийки секвенирлөөнүн сапатын көзөмөлдөө;
● Маалымат геномуна карта түзүү;
● 5 мК метилденген негиздерди аныктоо;
● Метилденүүнүн бөлүштүрүлүшүн талдоо жана аннотациялоо;
● Дифференциалдык метилденген аймактарды (DMR) талдоо;
● DMR менен байланышкан гендердин функционалдык аннотациясы.
5 мК метилдөөнү аныктоо: метилдөөчү жерлердин түрлөрү
Метилдөө картасы. 5 мК метилдөөнүн геном боюнча таралышы
Жогорку метилденген аймактардын аннотациясы
Дифференциалдык метилденген аймактар: байланышкан гендер
Дифференциалдык метилденген аймактар: байланышкан гендердин аннотациясы (Ген онтологиясы)
BMKGene компаниясынын геномдук бисульфиттик секвенирлөө кызматтарынын жардамы менен жүргүзүлгөн изилдөө жетишкендиктерин атайын тандалган басылмалар жыйнагы аркылуу изилдеңиз.
Фан, Ю. жана башкалар (2020) 'Толук геномдук бисульфиттик секвенирлөөнү колдонуу менен кой скелет булчуңдарынын өнүгүүсүндөгү ДНК метилденүү профилдерин талдоо',BMC Геномика, 21(1), 1–15-бб. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Жао, X. жана башкалар (2022) 'Винилхлоридге дуушар болгон жумушчулардагы дезоксирибонуклеин кислотасынын метилденишинин жаңы бузулуулары',Токсикология жана өнөр жайлык ден соолук, 38(7), 377–388-бб. doi: 10.1177/07482337221098600
Зуо, Ж. жана башкалар (2020) 'Помидор мөмөсүндөгү геномдун метилдениши, коддолбогон РНКлардын, мРНКлардын жана метаболиттердин деңгээлинин ортосундагы байланыштар',Өсүмдүктөр журналы, 103(3), 980–994-бб. doi: 10.1111/TPJ.14778.
