Xəbərlər

Transpozisiya edilə bilən elementin (TE) gücləndirilməsi genom ölçüsünün genişlənməsi və təkamülünə vasitəçilik edən hərəkətverici qüvvə kimi tanınıb, lakin 3D genomik arxitekturanın formalaşdırılmasının nəticələri bitkilərdə böyük ölçüdə naməlum olaraq qalır.Burada, genom ölçüsündə üç qat dəyişən üç növ pambıq üçün istinad dərəcəli genom birləşmələrini bildiririk, yəniGossypium rotundifolium(K2),G. dendrari(A2) vəG. raimondii(D5), Oxford Nanopore Technologies istifadə edərək.Müqayisəli genom analizləri, genom ölçüsü fərqlərinə (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb) töhfə verən nəsil-xüsusi TE gücləndirilməsinin təfərrüatlarını sənədləşdirir və genomlar arasında nisbətən qorunan gen məzmununu və sinteniya əlaqələrini göstərir.Biz tapdıq ki, sintenik genlərin təxminən 17%-i aktiv (“A”) və qeyri-aktiv (“B”) bölmələr arasında xromatin statusu dəyişikliyi nümayiş etdirir və TE-nin gücləndirilməsi gen bölgələrində (~ 7000 gen) A bölməsinin nisbətinin artması ilə əlaqələndirilir. ) D5-ə nisbətən K2 və A2-də.Üç genom arasında topoloji assosiasiya edən domen (TAD) sərhədlərinin yalnız 42%-i qorunub saxlanılmışdır.Bizim məlumatlarımız nəsil-xüsusi TAD sərhədlərinin formalaşmasından sonra TE-lərin son gücləndirilməsini nəzərdə tutur.Bu tədqiqat bitkilərdə yüksək səviyyəli xromatin strukturunun təkamülündə transpozon vasitəçiliyi ilə genom genişlənməsinin roluna işıq salır.