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A amplificação do elemento transponível (TE) foi reconhecida como uma força motriz que medeia a expansão e evolução do tamanho do genoma, mas as consequências para moldar a arquitetura genômica 3D permanecem em grande parte desconhecidas nas plantas.Aqui, relatamos conjuntos de genoma de nível de referência para três espécies de algodão com tamanho triplo de genoma, a saberGossypium rotundifólio(K2),G. arbóreo(A2), eG. raimondii(D5), utilizando tecnologias Oxford Nanopore.Análises comparativas do genoma documentam os detalhes da amplificação TE específica da linhagem, contribuindo para as grandes diferenças de tamanho do genoma (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb) e indicam conteúdo gênico relativamente conservado e relações de sintenia entre os genomas.Descobrimos que aproximadamente 17% dos genes sintênicos exibem mudança no status da cromatina entre os compartimentos ativo (“A”) e inativo (“B”), e a amplificação TE foi associada ao aumento da proporção do compartimento A nas regiões genéticas (~ 7.000 genes ) em K2 e A2 em relação a D5.Apenas 42% dos limites do domínio de associação topológica (TAD) foram conservados entre os três genomas.Nossos dados implicam amplificação recente de TEs após a formação de limites TAD específicos da linhagem.Este estudo lança luz sobre o papel da expansão do genoma mediada por transposon na evolução da estrutura da cromatina de ordem superior nas plantas.