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ट्रांसपोज़ेबल तत्व (टीई) प्रवर्धन को जीनोम आकार के विस्तार और विकास में मध्यस्थता करने वाली एक प्रेरक शक्ति के रूप में मान्यता दी गई है, लेकिन 3डी जीनोमिक वास्तुकला को आकार देने के परिणाम पौधों में काफी हद तक अज्ञात हैं।यहां, हम कपास की तीन प्रजातियों के लिए संदर्भ-ग्रेड जीनोम असेंबलियों की रिपोर्ट करते हैं, जिनका जीनोम आकार तीन गुना है, अर्थात्गॉसिपियम रोटुंडिफोलियम(के2),जी आर्बोरियम(ए2), औरजी रायमोंडी(डी5), ऑक्सफ़ोर्ड नैनोपोर टेक्नोलॉजीज का उपयोग करते हुए।तुलनात्मक जीनोम विश्लेषण बड़े जीनोम आकार के अंतर (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb) में योगदान देने वाले वंश-विशिष्ट TE प्रवर्धन के विवरण का दस्तावेजीकरण करता है, और जीनोम के बीच अपेक्षाकृत संरक्षित जीन सामग्री और सिन्टेनी संबंधों का संकेत देता है।हमने पाया कि लगभग 17% सिंटेनिक जीन सक्रिय ("ए") और निष्क्रिय ("बी") डिब्बों के बीच क्रोमैटिन स्थिति में बदलाव दिखाते हैं, और टीई प्रवर्धन जीन क्षेत्रों में ए डिब्बे के अनुपात में वृद्धि (~ 7,000 जीन) के साथ जुड़ा हुआ था ) D5 के सापेक्ष K2 और A2 में।तीन जीनोमों के बीच टोपोलॉजिकली एसोसिएटिंग डोमेन (टीएडी) सीमाओं का केवल 42% संरक्षित किया गया था।हमारा डेटा वंश-विशिष्ट टीएडी सीमाओं के गठन के बाद टीई के हालिया प्रवर्धन को दर्शाता है।यह अध्ययन पौधों में उच्च-क्रम क्रोमैटिन संरचना के विकास में ट्रांसपोसॉन-मध्यस्थता जीनोम विस्तार की भूमिका पर प्रकाश डालता है।