Nijs

Transposabel elemint (TE) amplifikaasje is erkend as in driuwende krêft dy't mediïntearjen fan genoomgrutte útwreiding en evolúsje, mar de gefolgen foar it foarmjen fan 3D genomyske arsjitektuer bliuwe foar it grutste part ûnbekend yn planten.Hjir melde wy referinsje-grade genome-assemblies foar trije soarten katoen, fariearjend trije kear yn genomegrutte, nammentlikGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), enG. raimondii(D5), mei help fan Oxford Nanopore Technologies.Fergelykjende genome-analyzes dokumintearje de details fan lineage-spesifike TE-amplifikaasje dy't bydraacht oan 'e grutte ferskillen fan genomegrutte (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), en jouwe relatyf bewarre geneynhâld en synteny-relaasjes tusken genomen oan.Wy fûnen dat sawat 17% fan syntenyske genen chromatinestatusferoaring eksposearje tusken aktive ("A") en ynaktive ("B") kompartminten, en TE-amplifikaasje wie assosjeare mei de ferheging fan it oanpart fan A-kompartmint yn genregio's (~ 7,000 genen ) yn K2 en A2 relatyf oan D5.Allinich 42% fan topologysk assosjearjende domein (TAD) grinzen waarden bewarre ûnder de trije genomen.Us gegevens implisearje resinte amplifikaasje fan TE's nei formaasje fan lineage-spesifike TAD-grinzen.Dizze stúdzje smyt ljocht op 'e rol fan transposon-bemiddele genome-útwreiding yn' e evolúsje fan hegere-order-chromatinestruktuer yn planten.