GENOMIEN EVOLUUTIO
Vertailevat genomianalyysit korostavat transposonivälitteistä genomin laajenemista ja 3D-genomisen laskostumisen evoluutioarkkitehtuuria puuvillassa
Nanopore-sekvensointi |Hi-C |PacBio-sekvensointi |Illumina |RNA-sekvensointi |3D-genomiarkkitehtuuri |Transposoni |Vertaileva genomiikka
Tässä tutkimuksessa Biomarker Technologies tarjosi teknistä tukea Nanopore-sekvensoinnille, Hi-C:lle ja asiaankuuluvalle bioinformaattiselle analyysille.
Abstrakti
Transposoitavien elementtien (TE) monistaminen on tunnustettu liikkeellepanevaksi voimaksi, joka välittää genomin koon laajenemista ja evoluutiota, mutta seuraukset 3D-genomiarkkitehtuurin muotoiluun ovat kasveissa suurelta osin tuntemattomia.Tässä raportoimme vertailuluokan genomikokoonpanot kolmelle puuvillalajille, joiden genomikoko on kolminkertainen, nimittäinGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2) jaG. raimondii(D5), käyttäen Oxford Nanopore Technologies.Vertailevat genomianalyysit dokumentoivat linjaspesifisen TE:n monistumisen yksityiskohdat, mikä myötävaikuttaa suuriin genomin kokoeroihin (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb), ja osoittavat suhteellisen konservoituneen geenisisällön ja synteesisuhteita genomien välillä.Havaitsimme, että noin 17 %:lla synteenisistä geeneistä esiintyy kromatiinin tilan muutosta aktiivisen ("A") ja inaktiivisen ("B") osastojen välillä, ja TE:n monistuminen liittyi A-osaston osuuden kasvuun geenialueilla (~ 7 000 geeniä). ) K2:ssa ja A2:ssa suhteessa D5:een.Vain 42 % topologisesti assosioituvan domeenin (TAD) rajoista oli säilynyt kolmen genomin joukossa.Tietomme viittaavat TE:iden viimeaikaiseen vahvistumiseen sukulinjaspesifisten TAD-rajojen muodostumisen jälkeen.Tämä tutkimus valaisee transposonivälitteisen genomin laajenemisen roolia korkeamman asteen kromatiinirakenteen kehittymisessä kasveissa.
Genomin kokoamisen tärkeimmät tilastot
Kuva.G. rotundifoliumin (K2) genomin kokoonpano ja ominaisuuskuvaus
Uutisia ja kohokohtia Tavoitteena on jakaa uusimmat onnistuneet tapaukset Biomarker Technologiesin kanssa, vangita uusia tieteellisiä saavutuksia sekä tutkimuksen aikana käytettyjä merkittäviä tekniikoita.
Postitusaika: 05.01.2022