Նորություններ

Փոխադրվող տարրի (TE) ուժեղացումը ճանաչվել է որպես շարժիչ ուժ, որը միջնորդում է գենոմի չափերի ընդլայնմանը և էվոլյուցիան, սակայն 3D գենոմային ճարտարապետության ձևավորման հետևանքները հիմնականում անհայտ են մնում բույսերում:Այստեղ մենք զեկուցում ենք բամբակի երեք տեսակների գենոմի հղման մակարդակի հավաքներ, որոնք տատանվում են երեք անգամ գենոմի չափերի, մասնավորապես.Gossypium rotundifolium(K2),դենդրոպարկի Գ(A2), ևG. raimondii(D5), օգտագործելով Oxford Nanopore Technologies-ը:Գենոմի համեմատական ​​վերլուծությունները փաստում են տոհմային հատուկ TE ամպլիֆիկացիայի մանրամասները, որոնք նպաստում են գենոմի չափերի մեծ տարբերություններին (K2, 2.44 Գբ; A2, 1.62 Գբ; D5, 750.19 Մբ) և ցույց են տալիս գենոմների միջև համեմատաբար պահպանված գենի պարունակությունը և սինթենիայի հարաբերությունները:Մենք գտանք, որ սինթենիկ գեների մոտավորապես 17%-ը ցուցադրում է քրոմատինի կարգավիճակի փոփոխություն ակտիվ («A») և ոչ ակտիվ («B») բաժանմունքների միջև, և TE-ի ուժեղացումը կապված է գենային շրջաններում A հատվածի համամասնության ավելացման հետ (~ 7000 գեներ): ) K2-ում և A2-ում D5-ի համեմատ:Տոպոլոգիական ասոցիացվող տիրույթի (TAD) սահմանների միայն 42%-ն է պահպանվել երեք գենոմների մեջ:Մեր տվյալները ենթադրում են TE-ների վերջին ուժեղացում՝ տոհմային հատուկ TAD սահմանների ձևավորումից հետո:Այս ուսումնասիրությունը լույս է սփռում տրանսպոզոնների միջնորդությամբ գենոմի ընդլայնման դերի վրա բույսերի ավելի բարձր կարգի քրոմատինի կառուցվածքի էվոլյուցիայում: