သတင်း

Transposable element (TE) ချဲ့ထွင်ခြင်းကို ဂျီနိုမ်အရွယ်အစားချဲ့ထွင်ခြင်းနှင့် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ကို ဖျန်ဖြေပေးသည့် တွန်းအားတစ်ခုအဖြစ် အသိအမှတ်ပြုထားသော်လည်း 3D မျိုးရိုးဗီဇဗိသုကာကို ပုံဖော်ခြင်းအတွက် အကျိုးဆက်များကို အပင်များတွင် အများစုမသိရသေးပါ။ဤတွင်၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် ဂျီနိုမ်အရွယ်အစားတွင် သုံးဆရှိသော ဝါဂွမ်းမျိုးစိတ်သုံးမျိုးအတွက် ရည်ညွှန်းအဆင့် ဂျီနိုအစည်းအဝေးများကို အစီရင်ခံတင်ပြပါသည်။Gossypium rotundifolium(K2)၊G. ပြတိုက်(A2) နှင့်G. Raimondii(D5) တွင် Oxford Nanopore Technologies ကို အသုံးပြုထားသည်။နှိုင်းယှဉ်ထားသော ဂျီနိုမ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများသည် မျိုးရိုးအလိုက် TE ချဲ့ထွင်မှု၏အသေးစိတ်အချက်အလက်များကို မှတ်တမ်းတင်ထားပြီး ကြီးမားသောဂျီနိုမ်အရွယ်အစားကွဲပြားမှုများ (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb) တို့ကို မှတ်တမ်းတင်ထားပြီး ဂျီနိုမ်များကြားတွင် အတော်လေးထိန်းသိမ်းထားသော မျိုးရိုးဗီဇအကြောင်းအရာနှင့် ပေါင်းစပ်ဆက်စပ်မှုများကို ညွှန်ပြပါသည်။ပေါင်းစပ်ထားသော ဗီဇများ၏ ခန့်မှန်းခြေအားဖြင့် 17% သည် တက်ကြွသော ("A") နှင့် မလှုပ်မရှား ("B") အကန့်များကြားတွင် chromatin အခြေအနေကို ပြောင်းလဲပြသသည်ကို ကျွန်ုပ်တို့တွေ့ရှိခဲ့ပြီး TE ချဲ့ထွင်မှုသည် ဗီဇဒေသများရှိ A compartment အချိုးအစား (~ 7,000 ဗီဇများ) တိုးလာခြင်းနှင့် ဆက်စပ်နေပါသည်။ ) K2 နှင့် A2 တွင် D5 နှင့် ဆက်စပ်နေသည်။ဂျီနိုမ်သုံးမျိုးတွင် topologically associating domain (TAD) နယ်နမိတ်များ၏ 42% ကိုသာ ထိန်းသိမ်းထားခဲ့သည်။ကျွန်ုပ်တို့၏ဒေတာသည် မျိုးရိုးအလိုက် TAD နယ်နိမိတ်များဖွဲ့စည်းပြီးနောက် မကြာသေးမီက TEs များကို ချဲ့ထွင်ခြင်းနှင့် ဆက်စပ်နေပါသည်။ဤလေ့လာမှုသည် အပင်များတွင် အဆင့်မြင့် chromatin ဖွဲ့စည်းမှု၏ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်တွင် transposon-mediated genome ချဲ့ထွင်မှု၏အခန်းကဏ္ဍကို အလင်းပြသည်။