GENOMAREN BILAKAERA
Genomaren analisi konparatiboek transposoi bidezko genomaren hedapena eta kotoiaren 3D toleste genomikoaren arkitektura ebolutiboa nabarmentzen dituzte.
Nanoporoen sekuentziazioa |Kaixo-C |PacBio sekuentziazioa |Illumina |RNA-sekuentziazioa |3D genomaren arkitektura |Transposoia |Genomika konparatua
Ikerketa honetan, Biomarker Technologies-ek laguntza teknikoa eman zuen Nanoporeen sekuentziazioari, Hi-Cri eta analisi bioinformatiko garrantzitsuari buruz.
Abstraktua
Elementu transposagarriak (TE) anplifikazioa genomaren tamainaren hedapen eta eboluzioaren bitartekaritza eragile gisa aitortu da, baina landareetan 3D arkitektura genomikoa eratzeko ondorioak ezezagunak dira.Hemen, genomaren tamaina hirukoitza duten hiru kotoi-espezieren erreferentzia-mailako genoma multzoen berri ematen dugu, hots.Gossypium rotundifolium(K2),G. arboreoa(A2), etaG. raimondii(D5), Oxford Nanopore Technologies erabiliz.Genomaren analisi konparatiboek genomaren tamaina-desberdintasun handietan laguntzen duten leinuaren espezifikoko TE anplifikazioaren xehetasunak dokumentatzen dituzte (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb), eta genomen arteko gene-edukia eta sintenia-erlazio nahiko kontserbatuak adierazten dituzte.Gene sintenikoen % 17k gutxi gorabehera kromatina-egoeraren aldaketa erakusten dutela konpartimentu aktibo ("A") eta inaktibo ("B") artean, eta TE anplifikazioa gene-eskualdeetan A konpartimenduaren proportzioa handitzearekin lotu zen (~ 7.000 gene). ) K2 eta A2-n D5arekiko.Topologikoki elkartuko domeinuen (TAD) mugen % 42 bakarrik kontserbatu ziren hiru genometan.Gure datuek TAD leinu espezifikoen mugak eratu ondoren TEren azken anplifikazioa inplikatzen dute.Azterketa honek transposoi bidezko genomaren hedapenak landareetan goi mailako kromatina egituraren bilakaeran duen papera argitzen du.
Genomaren muntaketaren funtsezko estatistikak
Irudia.G. rotundifolium (K2) genomaren muntaia eta ezaugarrien deskribapena
Albisteak eta Nabarmenak Biomarker Technologiesekin azken kasu arrakastatsuak partekatzea du helburu, lorpen zientifiko berriak eta ikerketan zehar aplikatutako teknika nabarmenak jasoz.
Argitalpenaren ordua: 2022-05-05