Nieuws

Versterking van transponeerbare elementen (TE) wordt erkend als een drijvende kracht die de uitbreiding en evolutie van de genoomgrootte bemiddelt, maar de gevolgen voor het vormgeven van de 3D-genomische architectuur blijven grotendeels onbekend in planten.Hier rapporteren we genoomassemblages van referentiekwaliteit voor drie soorten katoen met een drievoudige genoomgrootte, namelijkGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), enG. raimondii(D5), met behulp van Oxford Nanopore Technologies.Vergelijkende genoomanalyses documenteren de details van lijnspecifieke TE-amplificatie die bijdraagt ​​aan de grote verschillen in genoomgrootte (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb), en duiden op relatief geconserveerde geninhoud en synteny-relaties tussen genomen.We ontdekten dat ongeveer 17% van de syntenische genen een verandering in de chromatinestatus vertonen tussen actieve ("A") en inactieve ("B") compartimenten, en TE-amplificatie was geassocieerd met de toename van het aandeel van A-compartiment in genregio's (~ 7.000 genen). ) in K2 en A2 ten opzichte van D5.Slechts 42% van de grenzen van het topologisch associërende domein (TAD) was tussen de drie genomen behouden.Onze gegevens impliceren recente amplificatie van TE's na de vorming van lijnspecifieke TAD-grenzen.Deze studie werpt licht op de rol van transposon-gemedieerde genoomexpansie in de evolutie van chromatinestructuren van hogere orde in planten.