Naidheachdan

Thathas air aithneachadh gu bheil leudachadh eileamaid tar-ghluasadach (TE) mar fheachd dràibhidh a tha a’ toirt buaidh air leudachadh agus mean-fhàs meud genome, ach tha a’ bhuaidh airson cumadh ailtireachd genomic 3D fhathast gu ìre mhòr neo-aithnichte ann an lusan.An seo, bidh sinn ag aithris air co-chruinneachaidhean genoma aig ìre iomraidh airson trì gnèithean de chotan a tha trì-fhillte ann am meud genome, is e sinGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), agusG. raimondii(D5), a’ cleachdadh Oxford Nanopore Technologies.Bidh mion-sgrùdaidhean genoma coimeasach a’ clàradh mion-fhiosrachadh mu leudachadh TE a tha sònraichte do shreath a’ cur ris na h-eadar-dhealachaidhean mòra ann am meud genome (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), agus a’ nochdadh susbaint gine a tha an ìre mhath glèidhte agus dàimhean synteny am measg genomes.Lorg sinn gu bheil timcheall air 17% de ghinean syntenic a’ nochdadh atharrachadh inbhe chromatin eadar roinnean gnìomhach (“A”) agus neo-ghnìomhach (“B”), agus bha leudachadh TE co-cheangailte ri àrdachadh sa chuibhreann de roinn A ann an roinnean gine (~ ginean 7,000). ) ann an K2 agus A2 an coimeas ri D5.Cha deach ach 42% de chrìochan fearann ​​​​co-cheangailte ri topologically (TAD) a ghleidheadh ​​​​am measg nan trì genomes.Tha an dàta againn a’ toirt a-steach leudachadh o chionn ghoirid air TEn às deidh crìochan TAD a tha sònraichte do shreath a chruthachadh.Tha an sgrùdadh seo a’ tilgeil solas air a’ phàirt a th’ aig leudachadh genoma tro mheadhan na transposon ann an mean-fhàs structar chromatin aig ìre nas àirde ann am planntrais.