16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Xidmət Üstünlükləri
● Ətraf mühit nümunələrində mikrob tərkibinin təcrid olunmadan və sürətli identifikasiyası
● Ətraf mühit nümunələrində az miqdarda komponentlərdə yüksək ayırdetmə
● Verilənlər bazası, annotasiya, OTU/ASV baxımından müxtəlif təhlillərlə axını təhlil edən ən son QIIME2.
● Yüksək məhsuldarlıq, daha yüksək dəqiqlik
● Müxtəlif mikrob icma tədqiqatlarına tətbiq olunur
● BMK torpaq, su, qaz, lil, nəcis, bağırsaqlar, dəri, fermentasiya bulyonu, həşəratlar, bitkilər və s. əhatə edən 100.000-dən çox nümunə ilə geniş təcrübəyə malikdir.
● BMKCloud 45 fərdiləşdirilmiş analiz alətindən ibarət məlumatların şərhini asanlaşdırdı
Xidmət Xüsusiyyətləri
| SıralamaPlatforma | Kitabxana | Tövsiyə olunan məlumat gəliri | Təxmini dönüş vaxtı |
| Illumina NovaSeq Platforması | PE250 | 50K/100K/300K Teqlər | 30 Gün |
Bioinformatika analizləri
● Xam məlumatların keyfiyyətinə nəzarət
● OTU klasterləşdirmə/səs-küy azaltma (ASV)
● OTU annotasiyası
● Alfa müxtəlifliyi
● Beta müxtəlifliyi
● Qruplararası təhlil
● Eksperimental amillərə qarşı assosiasiya təhlili
● Funksiya geninin proqnozlaşdırılması
Nümunə Tələbləri və Çatdırılma
Nümunə tələbləri:
üçünDNT ekstraktları:
| Nümunə növü | Məbləğ | Konsentrasiya | Saflıq |
| DNT ekstraktları | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Ətraf mühit nümunələri üçün:
| Nümunə növü | Tövsiyə olunan nümunə götürmə proseduru |
| Torpaq | Nümunə miqdarı: təqribən.5 q;Qalan qurumuş maddə səthdən çıxarılmalıdır;Böyük parçaları doğrayın və 2 mm filtrdən keçirin;Rezervasiya üçün steril EP-boru və ya cyrotubda aliquot nümunələri. |
| Nəcis | Nümunə miqdarı: təqribən.5 q;Rezervasiya üçün steril EP-boru və ya kriotubedə nümunələri toplayın və alikvotlayın. |
| Bağırsaq məzmunu | Nümunələr aseptik şəraitdə emal edilməlidir.Toplanmış toxumaları PBS ilə yuyun;PBS-ni sentrifuqa edin və çöküntünü EP borularında toplayın. |
| Şlam | Nümunə miqdarı: təqribən.5 q;Şlam nümunəsini rezervasiya üçün steril EP-boruda və ya kriotubda toplayın və hissəciklər alın |
| Su obyekti | Kran suyu, quyu suyu və s. kimi məhdud miqdarda mikrob olan nümunə üçün ən azı 1 L su toplayın və membrandakı mikrobi zənginləşdirmək üçün 0,22 μm filtrdən keçirin.Membranı steril boruda saxlayın. |
| Dəri | Dərinin səthini steril pambıq çubuq və ya cərrahi bıçaqla diqqətlə qırın və steril boruya qoyun. |
Tövsiyə olunan Nümunə Çatdırılma
Nümunələri maye azotda 3-4 saat dondurun və maye azotda və ya -80 dərəcədən uzunmüddətli rezervasiyada saxlayın.Quru buz ilə nümunə göndərmə tələb olunur.
Xidmət İş Akışı
Nümunə çatdırılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Satışdan sonrakı xidmətlər
1.Növlərin yayılması
2.İstilik xəritəsi: Növlərin zənginlik qruplaşması
3.Nadir fraksiya əyrisi
4.NMDS təhlili
5. Lefse təhlili
BMK işi
2-ci tip şəkərli diabeti olan və olmayan obez insanlar müxtəlif bağırsaq mikrob funksional qabiliyyəti və tərkibi göstərirlər.
Nəşr olundu:Hüceyrə Host və Mikrob, 2019
Ardıcıllıq strategiyası:
Yağsız qeyri-diabet (n=633);Obez qeyri-diabet (n=494);Obez tip 2 diabet (n=153);
Hədəf bölgəsi: 16S rDNA V1-V2
Platforma: Illumina Miseq (NGS əsaslı amplikon ardıcıllığı)
DNT ekstraktlarının alt çoxluğu Illumina Hiseq üzərində metagenomik ardıcıllığa məruz qalmışdır
Əsas nəticələr
Bu metabolik xəstəliklərin mikrob profilləri uğurla fərqləndirildi.
16S ardıcıllığı ilə əmələ gələn mikrob xüsusiyyətlərini müqayisə edərək, piylənmənin mikrob tərkibindəki dəyişikliklər, fərdi xüsusiyyətlər, xüsusilə Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes və s.-də əhəmiyyətli dərəcədə azalma ilə əlaqəli olduğu aşkar edilmişdir. Bundan əlavə, T2D Escherichia/shigella artımı ilə əlaqəli olduğu aşkar edilmişdir. .
İstinad
Thingholm, LB, et al."2-ci tip şəkərli diabeti olan və olmayan obez insanlar müxtəlif bağırsaq mikrobial funksional imkanlarını və tərkibini göstərirlər."Hüceyrə Host və Mikrob26.2(2019).
