EVOLUCIJA GENOMA
Komparativne analize genoma ističu ekspanziju genoma posredovanu transpozonima i evolucijsku arhitekturu 3D genomskog savijanja u pamuku
Sekvenciranje nanopora |Hi-C |PacBio sekvenciranje |Illumina |RNA-sekvenciranje |3D arhitektura genoma |Transpozon |Komparativna genomika
U ovoj studiji, Biomarker Technologies pružio je tehničku podršku za sekvenciranje nanopora, Hi-C i relevantnu bioinformatičku analizu.
Sažetak
Amplifikacija prijenosnog elementa (TE) prepoznata je kao pokretačka snaga koja posreduje u proširenju veličine genoma i evoluciji, ali posljedice za oblikovanje 3D genomske arhitekture ostaju uglavnom nepoznate u biljkama.Ovdje izvješćujemo o skupovima genoma referentne razine za tri vrste pamuka koji se kreću trostruko u veličini genoma, naimeGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), iG. raimondii(D5), koristeći Oxford Nanopore Technologies.Usporedne analize genoma dokumentiraju detalje pojačanja TE specifične za lozu koja pridonosi velikim razlikama u veličini genoma (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb) i ukazuju na relativno očuvan sadržaj gena i sintenske odnose među genomima.Otkrili smo da približno 17% sintetičkih gena pokazuje promjenu statusa kromatina između aktivnih ("A") i neaktivnih ("B") odjeljaka, a pojačanje TE povezano je s povećanjem udjela odjeljka A u regijama gena (~ 7000 gena ) u K2 i A2 u odnosu na D5.Samo 42% granica topološki povezane domene (TAD) je očuvano među trima genomima.Naši podaci impliciraju nedavno pojačanje TE nakon formiranja TAD granica specifičnih za lozu.Ova studija baca svjetlo na ulogu ekspanzije genoma posredovane transpozonima u evoluciji strukture kromatina višeg reda u biljkama.
Ključna statistika sastavljanja genoma
Lik.Sklop genoma i opis značajki G. rotundifolium (K2)
Vijesti i istaknuto ima za cilj podijeliti najnovije uspješne slučajeve s Biomarker Technologies, bilježeći nova znanstvena dostignuća kao i istaknute tehnike primijenjene tijekom studije.
Vrijeme objave: 5. siječnja 2022