Məhsullar

Qeyri-istinad əsaslı mRNA Sequencing-Illumina

Qeyri-İstinad əsaslı mRNA Sequencing-Illumina Seçilmiş Şəkil

mRNT ardıcıllığı bəzi xüsusi funksiyaların aktivləşdirildiyi xüsusi dövrdə Eukaryot formasında xəbərçi RNT (mRNA) tutmaq üçün yeni nəsil ardıcıllıq texnikasını (NGS) qəbul edir.Birləşdirilmiş ən uzun transkript "Unigene" adlanırdı və sonrakı analizlər üçün istinad ardıcıllığı kimi istifadə olunurdu ki, bu da növlərin molekulyar mexanizmini və tənzimləyici şəbəkəsini istinadsız öyrənmək üçün effektiv vasitədir.

Transkriptom məlumatların yığılmasından və unigen funksional annotasiyadan sonra

(1) SSR analizi, CDS proqnozu və gen strukturu əvvəlcədən hazırlanacaq.

(2) Hər bir nümunədə unigen ifadəsinin kəmiyyəti həyata keçiriləcək.

(3) Nümunələr (və ya qruplar) arasında diferensial şəkildə ifadə olunan unigenlər unigen ifadəsi əsasında kəşf ediləcək

(4) Diferensial şəkildə ifadə olunan unigenlərin klasterləşdirilməsi, funksional annotasiyası və zənginləşdirilməsi təhlili aparılacaq.

Bizimlə əlaqə saxlayın

Xidmət Təfərrüatları

Bioinformatika

Demo nəticələri

Case Study

Xüsusiyyətləri

● Hər hansı istinad genomundan asılı olmayaraq,

● Məlumat transkriptlərin strukturunu və ifadəsini təhlil etmək üçün istifadə edilə bilər

● Dəyişən kəsmə saytlarını müəyyən edin

Xidmət Üstünlükləri

● BMKCloud-a əsaslanan nəticənin çatdırılması: Nəticələr BMKCloud platforması vasitəsilə verilənlər faylı və interaktiv hesabat kimi təqdim edilir ki, bu da standart bioinformatika təhlili əsasında mürəkkəb analiz nəticələrinin istifadəçi dostu oxunmasına və fərdiləşdirilmiş məlumatların çıxarılmasına imkan verir.

● Satışdan sonrakı xidmətlər: Layihənin təqibi, problemlərin aradan qaldırılması, nəticələrə dair sual-cavab və s.

Nümunə Tələbləri və Çatdırılma

Nümunə tələbləri:

Nukleotidlər:

Kons.(ng/μl)

Məbləğ (μg)

Saflıq

Dürüstlük

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Zülal və ya DNT ilə çirklənmə məhduddur və ya yoxdur.

Bitkilər üçün: RIN≥6,5;

Heyvanlar üçün: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

məhdud və ya əsas yüksəklik yoxdur

Toxuma: Çəki (quru): ≥1 g
*5 mq-dan kiçik toxumalar üçün flaş dondurulmuş (maye azotda) toxuma nümunəsi göndərməyi tövsiyə edirik.

Hüceyrə suspenziyası: Hüceyrə sayı = 3×10⁷
*Biz dondurulmuş hüceyrə lizatını göndərməyi tövsiyə edirik.Bu hüceyrənin sayı 5×10-dan kiçik olduqda⁵, maye azotda dondurulmuş flaş tövsiyə olunur.

Qan nümunələri:
PA × genBloodRNATube;
6mLTRIzol və 2mL qan (TRIzol:Qan=3:1)

Tövsiyə olunan Nümunə Çatdırılma

Konteyner:
2 ml sentrifuqa borusu (qalay folqa tövsiyə edilmir)
Nümunə etiketləmə: Qrup+təkrar, məsələn, A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Göndərmə:
1.Quru buz: Nümunələr torbalara yığılmalı və quru buzda basdırılmalıdır.
2.RNAstabil borular: RNT nümunələri RNT stabilizasiya borusunda (məsələn, RNAstable®) qurudula və otaq temperaturunda göndərilə bilər.

Xidmət İş Akışı

Təcrübə dizaynı

Nümunə çatdırılması

RNT çıxarılması

Kitabxana tikintisi

Sıralama

Məlumatların təhlili

Satışdan sonrakı xidmətlər

Əvvəlki: Uzun kodlaşdırılmayan ardıcıllıq-Illumina

Sonrakı: Eukaryotik mRNT Sequencing-Illumina

Bioinformatika

1.mRNA(denovo) Assambleya Prinsipi

Trinity tərəfindən oxunanlar K-mer kimi tanınan daha kiçik parçalara bölünür.Bu K-merlər daha sonra kontiglərə genişləndirilmək üçün toxum kimi istifadə olunur və sonra kontig örtüşmələrinə əsaslanan komponentlər.Nəhayət, komponentlərdə transkriptləri tanımaq üçün burada De Bruijn tətbiq edildi.

mRNA-(De-novo)-Üçlüyə İcmal

mRNA (De novo) Üçlüyün icmalı

2.mRNA (De novo) Gen İfadə Səviyyəsinin Paylanması

RNT-Seq gen ifadəsinin yüksək həssas qiymətləndirilməsinə nail ola bilir.Normalda FPKM ifadəsinin aşkar edilə bilən diapazonu 10^-2 ilə 10^6 arasında dəyişir.

mRNA-(De-novo)-FPKM-sıxlığının-hər bir nümunədə paylanması

mRNA (De novo) Hər bir nümunədə FPKM sıxlığının paylanması

3.mRNA (De novo) DEG-lərin GO zənginləşdirilməsi təhlili

GO (Gene Ontology) verilənlər bazası gen və gen məhsulları funksiyalarının standart lüğətini ehtiva edən strukturlaşdırılmış bioloji annotasiya sistemidir.O, bir neçə səviyyəni ehtiva edir, burada səviyyə nə qədər aşağı olarsa, funksiyalar bir o qədər spesifikdir.

mRNA-(De-novo)-İkinci səviyyədə DEG-lərin-GO-təsnifatı

İkinci səviyyədə DEG-lərin mRNA (De novo) GO təsnifatı

BMK işi

Soğanda (Allium cepa L.) soğanın şişməsi və inkişafı zamanı saxaroza mübadiləsinin transkriptom təhlili

Nəşr olundu: bitki elmində sərhədlər, 2016

Ardıcıllıq strategiyası

Illumina HiSeq2500

Nümunə kolleksiyası

Bu tədqiqatda Utah Yellow Sweet Spain sortundan “Y1351” istifadə edilmişdir.Toplanmış nümunələrin sayı idi
Ampulün (diametri 2 sm və çəkisi 3-4 q), 30-cu DAS (diametri 5 sm və çəkisi 100-110 q) şişdikdən (DAS) sonra 15-ci gün və 40-cı DAS-da ~3 (diametri 7 sm və 260-300 qram).

Əsas nəticələr

1. Venn diaqramında hər üç cüt inkişaf mərhələsində cəmi 146 DEG aşkar edilmişdir.
2. “Karbohidratların daşınması və metabolizması” yalnız 585 unigenlə təmsil olunurdu (yəni, qeyd edilmiş COG-nin 7%-i).
3. GO verilənlər bazasına uğurla şərh edilmiş unigenlər, ampul inkişafının üç müxtəlif mərhələsi üçün üç əsas kateqoriyaya təsnif edilmişdir.“Bioloji proses”in əsas kateqoriyasında ən çox təmsil olunanlar “metabolik proses”, sonra “hüceyrə prosesi” idi.“Molekulyar funksiya”nın əsas kateqoriyasında ən çox təmsil olunan iki kateqoriya “bağlayıcı” və “katalitik fəaliyyət” idi.

PB-tam uzunluqlu-RNT-Sequencing-case-study

Ortoloji qrupların klasterlərinin histoqramı (COG) təsnifatı

Üç inkişaf mərhələsində ampullərdən əldə edilən unigenlər üçün gen ontologiyasının (GO) təsnifatının histoqramması

Soğan soğanağının inkişafının istənilən iki mərhələsində diferensial şəkildə ifadə olunan genləri göstərən Venn diaqramı

İstinad

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Soğanda (Allium cepa L.) [J] soğanın şişməsi və inkişafı zamanı saxaroza mübadiləsinin transkriptom təhlili.Bitki Elmində Sərhədlər, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425