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L'amplificazione di elementi trasponibili (TE) hè stata ricunnisciuta cum'è una forza motrice chì media l'espansione è l'evoluzione di a dimensione di u genoma, ma e cunsequenze per a furmazione di l'architettura genomica 3D restanu largamente scunnisciute in e piante.Quì, raportemu assemblee di genoma di qualità di riferimentu per trè spezie di cuttuni chì varienu trè volte in a dimensione di u genoma, vale à dì.Gossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), èG. raimondii(D5), utilizendu Oxford Nanopore Technologies.L'analisi comparative di u genoma documentanu i dettagli di l'amplificazione TE specifica di lignage chì cuntribuiscenu à e grandi differenze di dimensione di u genoma (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), è indicanu un cuntenutu di genu relativamente conservatu è relazioni di sintonia trà i genomi.Avemu trovu chì circa 17% di i geni sintènici mostranu un cambiamentu di statutu di cromatina trà i compartimenti attivi ("A") è inattivi ("B"), è l'amplificazione TE hè stata assuciata cù l'aumentu di a proporzione di u compartmentu A in e regioni di geni (~ 7,000 genes). ) in K2 è A2 relative à D5.Solu u 42% di i limiti di u duminiu topologicamente assuciatu (TAD) sò stati cunservati trà i trè genomi.I nostri dati implicanu l'amplificazione recente di TE in seguitu à a furmazione di cunfini TAD specifichi di a linea.Stu studiu mette in luce u rolu di l'espansione di u genoma mediata da transposoni in l'evoluzione di a struttura di cromatina d'ordine superiore in e piante.