Nyheter

Transposable element (TE) amplifiering har erkänts som en drivkraft som förmedlar genomstorleksexpansion och evolution, men konsekvenserna för att forma genomisk 3D-arkitektur är fortfarande i stort sett okända i växter.Här rapporterar vi genomsammansättningar av referensgrad för tre bomullsarter som sträcker sig tre gånger i genomstorlek, nämligenGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), ochG. raimondii(D5), med hjälp av Oxford Nanopore Technologies.Jämförande genomanalyser dokumenterar detaljerna i härstamningsspecifik TE-amplifiering som bidrar till de stora genomstorleksskillnaderna (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb), och indikerar relativt konserverat geninnehåll och syntenyförhållanden mellan genom.Vi fann att cirka 17 % av de syntetiska generna uppvisar kromatinstatusförändring mellan aktiva (“A”) och inaktiva (“B”) avdelningar, och TE-amplifiering var associerad med ökningen av andelen A-avdelning i genregioner (~ 7 000 gener ) i K2 och A2 i förhållande till D5.Endast 42% av topologiskt associerande domän (TAD) gränser var konserverade bland de tre genomen.Våra data implicerar ny amplifiering av TE efter bildandet av härstamningsspecifika TAD-gränser.Denna studie belyser rollen av transposonmedierad genomexpansion i utvecklingen av högre ordningens kromatinstruktur i växter.