اخبار

تقویت عنصر قابل انتقال (TE) به عنوان یک نیروی محرکه واسطه گسترش و تکامل اندازه ژنوم شناخته شده است، اما پیامدهای شکل‌دهی به معماری ژنومی سه بعدی تا حد زیادی در گیاهان ناشناخته باقی مانده است.در اینجا، مجموعه‌های ژنومی درجه مرجع را برای سه گونه پنبه با اندازه ژنوم سه برابر، یعنیگوسیپیوم روتوندیفولیوم(K2)G. aboreum(A2) وG. raimondii(D5)، با استفاده از فناوری نانوپور آکسفورد.تجزیه و تحلیل‌های ژنوم مقایسه‌ای جزئیات تکثیر TE اختصاصی دودمان را که به تفاوت‌های بزرگ اندازه ژنوم کمک می‌کند (K2، 2.44 Gb؛ A2، 1.62 Gb؛ D5، 750.19 Mb) مستند می‌کند و محتوای ژن و روابط synteny نسبتاً حفظ شده بین ژنوم‌ها را نشان می‌دهد.ما دریافتیم که تقریباً 17 درصد از ژن‌های سینتنیک تغییر وضعیت کروماتین را بین محفظه‌های فعال ("A") و غیر فعال ("B") نشان می‌دهند و تقویت TE با افزایش نسبت بخش A در مناطق ژنی (~7000 ژن) مرتبط است. ) در K2 و A2 نسبت به D5.تنها 42 درصد از مرزهای دامنه مرتبط با توپولوژی (TAD) در بین سه ژنوم حفظ شد.داده‌های ما بر تقویت اخیر TE‌ها به دنبال تشکیل مرزهای TAD خاص دودمان دلالت دارد.این مطالعه نقش گسترش ژنوم با واسطه ترانسپوزون را در تکامل ساختار کروماتین درجه بالاتر در گیاهان روشن می کند.