Nyheder

Transposable element (TE) amplifikation er blevet anerkendt som en drivkraft, der medierer genomstørrelsesudvidelse og -evolution, men konsekvenserne for at forme 3D genomisk arkitektur forbliver stort set ukendte i planter.Her rapporterer vi referencekvalitets genomsamlinger for tre bomuldsarter, der varierer tre gange i genomstørrelse, nemligGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), ogG. raimondii(D5), ved hjælp af Oxford Nanopore Technologies.Sammenlignende genomanalyser dokumenterer detaljerne i afstamningsspecifik TE-amplifikation, der bidrager til de store genomstørrelsesforskelle (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb), og indikerer relativt konserveret genindhold og synteny-forhold mellem genomer.Vi fandt ud af, at cirka 17% af de syntetiske gener udviser kromatinstatusændring mellem aktive ("A") og inaktive ("B") rum, og TE-amplifikation var forbundet med stigningen i andelen af ​​A-kompartment i genregioner (~ 7.000 gener ) i K2 og A2 i forhold til D5.Kun 42% af topologisk associerende domæne (TAD) grænser blev bevaret blandt de tre genomer.Vores data implicerer nylig amplifikation af TE'er efter dannelse af afstamningsspecifikke TAD-grænser.Denne undersøgelse kaster lys over rollen af ​​transposon-medieret genomekspansion i udviklingen af ​​højere-ordens kromatinstruktur i planter.