GENOOMI EVOLUTSIOON
Võrdlevad genoomianalüüsid tõstavad esile transposooni vahendatud genoomi laienemise ja 3D genoomse voltimise evolutsioonilise arhitektuuri puuvillas
Nanopooride järjestamine |Hi-C |PacBio sekveneerimine |Illumina |RNA sekveneerimine |3D genoomi arhitektuur |Transposoon |Võrdlev genoomika
Selles uuringus pakkus Biomarker Technologies tehnilist tuge nanopooride sekveneerimise, Hi-C ja asjakohase bioinformaatilise analüüsi osas.
Abstraktne
Ülekantavate elementide (TE) amplifikatsiooni on tunnistatud edasiviivaks jõuks, mis vahendab genoomi suuruse laienemist ja evolutsiooni, kuid 3D genoomse arhitektuuri kujundamise tagajärjed on taimedes suuresti teadmata.Siin kirjeldame kolme puuvillaliigi võrdlusklassi genoomikomplekte, mille genoomi suurus on kolm korda suurem, nimeltGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2) jaG. raimondii(D5), kasutades Oxford Nanopore Technologies.Võrdlevad genoomianalüüsid dokumenteerivad liinispetsiifilise TE amplifikatsiooni üksikasju, mis soodustavad suuri genoomi suuruse erinevusi (K2, 2, 44 Gb; A2, 1, 62 Gb; D5, 750, 19 Mb), ning näitavad suhteliselt konserveerunud geenisisaldust ja genoomide vahelisi sünteesisuhteid.Leidsime, et ligikaudu 17% sünteetilistest geenidest näitavad kromatiini staatuse muutust aktiivsete ("A") ja mitteaktiivsete ("B") sektsioonide vahel ning TE amplifikatsiooni seostati A-sektsiooni osakaalu suurenemisega geenipiirkondades (~ 7000 geeni). ) K2-s ja A2-s D5 suhtes.Kolme genoomi hulgas oli säilinud vaid 42% topoloogiliselt assotsieeruva domeeni (TAD) piiridest.Meie andmed viitavad TE-de hiljutisele amplifikatsioonile pärast liinispetsiifiliste TAD-piiride moodustumist.See uuring heidab valgust transposooni poolt vahendatud genoomi laienemise rollile kõrgema järgu kromatiini struktuuri arengus taimedes.
Genoomi kokkupaneku põhistatistika
Joonis.G. rotundifolium (K2) genoomi koostamine ja tunnuste kirjeldus
Uudised ja tipphetked eesmärk on jagada uusimaid edukaid juhtumeid ettevõttega Biomarker Technologies, jäädvustada nii uudseid teadussaavutusi kui ka uuringu käigus kasutatud silmapaistvaid tehnikaid.
Postitusaeg: jaanuar 05-2022