-
Genom miqyaslı Assosiasiya Təhlili
Genom miqyaslı assosiasiya tədqiqatı (GWAS) spesifik əlamətlərlə (fenotip) əlaqəli olan genetik variantları (genotip) müəyyən etmək məqsədi daşıyır.GWAS tədqiqatı çoxlu sayda fərdlərin bütün genomunu keçən genetik markerləri araşdırır və populyasiya səviyyəsində statistik təhlillə genotip-fenotip birləşmələrini proqnozlaşdırır.O, insan xəstəlikləri və heyvanların və ya bitkilərin kompleks əlamətlərinə dair funksional genlərin öyrənilməsi ilə bağlı tədqiqatlarda geniş şəkildə tətbiq edilmişdir.
-
Tək nüvəli RNT ardıcıllığı
Tək hüceyrə ələ keçirmə və fərdi kitabxana qurma texnikasındakı irəliləyiş yüksək məhsuldarlıq ardıcıllığı ilə birləşərək hüceyrə-hüceyrə əsasında gen ifadəsi tədqiqatlarına imkan verir.O, kompleks hüceyrə populyasiyaları üzərində daha dərin və tam sistem təhlili aparmağa imkan verir ki, burada bütün hüceyrələrin orta hesabını götürməklə onların heterojenliyini maskalamaqdan böyük dərəcədə qaçır.
Bununla belə, bəzi hüceyrələr tək hüceyrəli suspenziyaya çevrilmək üçün uyğun deyil, buna görə də digər nümunə hazırlama üsulları – toxumalardan nüvənin çıxarılması lazımdır, yəni nüvə birbaşa toxumalardan və ya hüceyrədən çıxarılır və tək nüvəli süspansiyona hazırlanır. hüceyrə ardıcıllığı.
BMK 10× Genomics ChromiumTM əsaslı tək hüceyrəli RNT sıralama xidməti təqdim edir.Bu xidmət immun hüceyrələrin differensasiyası, şişin heterojenliyi, toxuma inkişafı və s. kimi xəstəliklərlə bağlı tədqiqatlarda geniş istifadə edilmişdir.
Məkan transkriptom çipi: 10 × Genomika
Platforma: Illumina NovaSeq Platforması
-
Bitki/Heyvan bütöv genomunun ardıcıllığı
WGS olaraq da bilinən bütöv genomun təkrar ardıcıllığı, Tək Nukleotid Polimorfizmi (SNP), Yerləşdirmə Silinməsi (InDel), Struktur dəyişikliyi (SV) və Kopya Sayının Dəyişməsi (CNV) daxil olmaqla, bütün genomda həm ümumi, həm də nadir mutasiyaları aşkar etməyə imkan verir. ).SV-lər SNP-lərə nisbətən variasiya bazasının daha böyük hissəsini təşkil edir və canlı orqanizmlərə əhəmiyyətli təsir göstərən genomlara daha çox təsir göstərir.Uzun müddət oxunan təkrar sıralama böyük fraqmentlərin və mürəkkəb variasiyaların daha dəqiq identifikasiyasına imkan verir, çünki uzun oxunuşlar tandem təkrarları, GC/AT ilə zəngin bölgələr və hiper-dəyişən bölgələr kimi mürəkkəb bölgələr üzərində xromosom keçidini xeyli asanlaşdırır.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Məkan Transkriptomu
Hüceyrələrin məkan təşkili müxtəlif bioloji proseslərdə, məsələn, immun infiltrasiya, embrionun inkişafı və s. mühüm rol oynayır. Məkan mövqeyi haqqında məlumatı saxlamaqla gen ifadə profilini göstərən məkan transkriptomunun ardıcıllığı transkriptom səviyyəli toxuma arxitekturasına dair böyük anlayışlar təmin etmişdir.Texnologiyanın inkişafı ilə ultra aydın toxuma morfologiyası və məkan molekulyar ifadəsinin real struktur fərqi daha yüksək dəqiqliklə öyrənilməlidir.BMKGENE nümunələrdən bioloji anlayışlara qədər hərtərəfli, birdəfəlik məkan transkriptomu ardıcıllığı xidməti təqdim edir.
Məkan transkriptomik texnologiyaları, heterogen nümunələrdə məkan məzmunu ilə gen ifadə profilini həll etməklə müxtəlif tədqiqat arenasında yeni perspektivləri gücləndirdi.
Məkan transkriptom çipi: BMKMANU S1000
Platforma: Illumina NovaSeq Platforması
-
10x Genomics Visium Spatial Transkriptomu
Visium Spatial Gene Expression ümumi mRNT əsasında toxuma təsnifatı üçün əsas məkan transkriptom ardıcıllığı texnologiyasıdır.Normal inkişaf, xəstəlik patologiyası və klinik tərcümə tədqiqatı haqqında yeni anlayışlar tapmaq üçün bütün transkriptomu morfoloji kontekstlə xəritələndirin.BMKGENE nümunələrdən bioloji anlayışlara qədər hərtərəfli, birdəfəlik məkan transkriptomu ardıcıllığı xidməti təqdim edir.
Məkan transkriptomik texnologiyaları, heterojen nümunələrdə məkan məzmunu ilə gen ifadə profilini həll etməklə müxtəlif tədqiqat arenasında yeni perspektivləri gücləndirdi..
Məkan transkriptom çipi: 10x Genomics Visium
Platforma:Illumina NovaSeq Platforması
-
Tam uzunluqlu mRNT ardıcıllığı-nanopor
RNT ardıcıllığı hərtərəfli transkriptom analizi üçün əvəzsiz alət olmuşdur.Şübhəsiz ki, ənənəvi qısa oxunuş ardıcıllığı burada çoxsaylı mühüm inkişafa nail oldu.Buna baxmayaraq, o, tez-tez tam uzunluqlu izoform identifikasiyalarında, kəmiyyətləşdirmədə, PCR meylində məhdudiyyətlərlə qarşılaşır.
Nanopor sekvensiyası özünü digər ardıcıllıq platformalarından fərqləndirir ki, nukleotidlər birbaşa DNT sintezi olmadan oxunur və onlarla kilobazada uzun oxunuş yaradır.Bu, tammetrajlı transkriptləri birbaşa oxumaq və izoform səviyyəli tədqiqatlardakı problemləri həll etmək imkanı verir.
Platforma:Nanopore PromethION
Kitabxana:cDNA-PCR
-
Tam uzunluqlu mRNT ardıcıllığı -PacBio
De novokimi də tanınan tam uzunluqlu transkriptom ardıcıllığıDe novoIso-Seq oxunuş uzunluğunda PacBio sequencer-in üstünlüklərindən istifadə edir ki, bu da tam uzunluqlu cDNT molekullarının heç bir fasiləsiz ardıcıllığını təmin edir.Bu, transkript yığma addımlarında yaranan hər hansı səhvlərdən tamamilə qaçınır və izoform səviyyəli qətnamə ilə unigen dəstləri qurur.Bu unigen dəstləri transkriptom səviyyəsində “istinad genomu” kimi güclü genetik məlumat verir.Bundan əlavə, növbəti nəsil ardıcıllıq məlumatları ilə birləşərək, bu xidmət izoform səviyyəli ifadənin dəqiq kəmiyyətini təmin edir.
Platforma: PacBio Sequel IIKitabxana: SMRT zəng kitabxanası -
Eukaryotik mRNT Sequencing-Illumina
mRNA ardıcıllığı, xüsusi şərtlər altında hüceyrələrdən transkripsiya edilmiş bütün mRNA-ların profilini yaratmağa imkan verir.Bu, gen ifadə profilini, gen strukturlarını və müəyyən bioloji proseslərin molekulyar mexanizmlərini aşkar etmək üçün güclü bir texnologiyadır.Bu günə qədər mRNT ardıcıllığı fundamental tədqiqatlarda, klinik diaqnostikada, dərman preparatlarının hazırlanmasında və s.
Platforma: Illumina NovaSeq Platforması
-
Qeyri-istinad əsaslı mRNT Sequencing-Illumina
mRNT ardıcıllığı bəzi xüsusi funksiyaların aktivləşdirildiyi xüsusi dövrdə Eukaryot formasında xəbərçi RNT (mRNA) tutmaq üçün yeni nəsil ardıcıllıq texnikasını (NGS) qəbul edir.Birləşdirilmiş ən uzun transkript "Unigene" adlanırdı və sonrakı analizlər üçün istinad ardıcıllığı kimi istifadə olunurdu ki, bu da növlərin molekulyar mexanizmini və tənzimləyici şəbəkəsini istinadsız öyrənmək üçün effektiv vasitədir.
Transkriptom məlumatların yığılmasından və unigen funksional annotasiyadan sonra
(1) SSR analizi, CDS proqnozu və gen strukturu əvvəlcədən hazırlanacaq.
(2) Hər bir nümunədə unigen ifadəsinin kəmiyyəti həyata keçiriləcək.
(3) Nümunələr (və ya qruplar) arasında diferensial şəkildə ifadə olunan unigenlər unigen ifadəsi əsasında kəşf ediləcək
(4) Diferensial şəkildə ifadə olunan unigenlərin klasterləşdirilməsi, funksional annotasiyası və zənginləşdirilməsi təhlili aparılacaq.
-
Uzun kodlaşdırılmayan ardıcıllıq-Illumina
Uzun kodlaşdırmayan RNT-lər (lncRNAs) olduqca aşağı kodlaşdırma potensialı ilə xarakterizə olunan uzunluğu 200 nt-dən çox olan RNT molekullarının bir növüdür.LncRNA kodlaşdırmayan RNT-lərin əsas üzvü kimi əsasən nüvədə və plazmada olur.Ardıcıllıq texnologiyası və bioinformatikanın inkişafı çoxsaylı yeni lncRNA-ların müəyyən edilməsinə və onları bioloji funksiyalarla əlaqələndirməyə imkan verir.Yığımlı sübutlar göstərir ki, lncRNA epigenetik tənzimləmə, transkripsiya tənzimlənməsi və transkripsiyadan sonrakı tənzimləmədə geniş şəkildə iştirak edir.
-
Kiçik RNT ardıcıllığı-Illumina
Kiçik RNT, mikro RNT (miRNA), kiçik müdaxilə RNT (siRNA) və piwi ilə qarşılıqlı RNT (piRNA) daxil olmaqla, adətən uzunluğu 200 nt-dən az olan kodlaşdırmayan RNT molekulları sinfinə aiddir.
MicroRNA (miRNA) hüceyrələrdə müxtəlif mühüm tənzimləyici rolları oynayan, uzunluğu təxminən 20-24nt olan endogen kiçik RNT sinfidir.miRNA bir çox həyat proseslərində iştirak edir, toxuma - spesifik və mərhələ - spesifik ifadəni ortaya qoyur və müxtəlif növlərdə yüksək dərəcədə qorunur.
-
circRNA ardıcıllığı-Illumina
CircRNA-lar (Dairəvi RNT-lər) kodlaşdırmayan RNT molekullarının bir sinfidir və 5′ uç qapağından və 3′ uç poli(A) quyruğundan qısadır.CircRNA-lar RNT eksonükleaz həzminə qarşı status olan kovalent bağ ilə dairəvi quruluşu yerinə yetirir.circRNA orqanizmlərin böyümə və inkişafında və onların xarici mühitə müqavimətində mühüm rol oynayır.
CircRNA bir çox funksiyaya malikdir, miRNA-nı rəqabətli şəkildə bağlaya bilir, ceRNA-nın tənzimləyici funksiyasını yerinə yetirir, gen ifadəsini tənzimləyir.Son illərdə o da aşkar edilmişdir ki, o, xəstəliklərin baş verməsi və inkişafı ilə sıx əlaqəlidir və xəstəliyin diaqnostikası markerləri və s. istiqamətində böyük tətbiq perspektivlərinə malikdir.
