સમાચાર

ટ્રાન્સપોઝેબલ એલિમેન્ટ (TE) એમ્પ્લીફિકેશનને જિનોમના કદના વિસ્તરણ અને ઉત્ક્રાંતિમાં મધ્યસ્થી કરતા પ્રેરક બળ તરીકે ઓળખવામાં આવી છે, પરંતુ 3D જીનોમિક આર્કિટેક્ચરને આકાર આપવા માટેના પરિણામો છોડમાં મોટાભાગે અજાણ્યા છે.અહીં, અમે કપાસની ત્રણ પ્રજાતિઓ માટે સંદર્ભ-ગ્રેડ જીનોમ એસેમ્બલીની જાણ કરીએ છીએ, જેનું કદ ત્રણ ગણું છે, એટલે કેગોસીપિયમ રોટુન્ડીફોલિયમ(K2),જી. આર્બોરિયમ(A2), અનેજી. રેમોન્ડી(D5), Oxford Nanopore Technologies નો ઉપયોગ કરીને.તુલનાત્મક જિનોમ વિશ્લેષણ મોટા જિનોમ કદના તફાવતો (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb) માં ફાળો આપતા વંશ-વિશિષ્ટ TE એમ્પ્લીફિકેશનની વિગતોનું દસ્તાવેજીકરણ કરે છે અને જિનોમ વચ્ચે પ્રમાણમાં સંરક્ષિત જનીન સામગ્રી અને સિન્ટેની સંબંધો સૂચવે છે.અમને જાણવા મળ્યું છે કે લગભગ 17% સિન્ટેનિક જનીનો સક્રિય ("A") અને નિષ્ક્રિય ("B") કમ્પાર્ટમેન્ટ્સ વચ્ચે ક્રોમેટિન સ્ટેટસમાં ફેરફાર દર્શાવે છે, અને TE એમ્પ્લીફિકેશન જનીન પ્રદેશોમાં A કમ્પાર્ટમેન્ટના પ્રમાણના વધારા સાથે સંકળાયેલું હતું (~ 7,000 જનીનો). ) D5 ની તુલનામાં K2 અને A2 માં.ત્રણ જીનોમ વચ્ચે માત્ર 42% ટોપોલોજીકલી એસોસિએટિંગ ડોમેન (TAD) સીમાઓ સાચવવામાં આવી હતી.અમારો ડેટા વંશ-વિશિષ્ટ TAD સીમાઓની રચના પછી TEs ના તાજેતરના એમ્પ્લીફિકેશનને સૂચિત કરે છે.આ અભ્યાસ છોડમાં ઉચ્ચ-ક્રમના ક્રોમેટિન માળખાના ઉત્ક્રાંતિમાં ટ્રાન્સપોસન-મધ્યસ્થી જીનોમ વિસ્તરણની ભૂમિકા પર પ્રકાશ પાડે છે.