GENOMO EVOLIUCIJA
Lyginamosios genomo analizės pabrėžia transpozonų sukeltą genomo plėtrą ir 3D genomo lankstymo medvilnėje evoliucinę architektūrą
Nanoporų sekos nustatymas |Hi-C |PacBio sekos nustatymas |Iliumina |RNR sekos nustatymas |3D genomo architektūra |Transposonas |Lyginamoji genomika
Šiame tyrime „Biomarker Technologies“ teikė techninę pagalbą dėl nanoporų sekos nustatymo, Hi-C ir atitinkamos bioinformatinės analizės.
Abstraktus
Perkeliamo elemento (TE) amplifikacija buvo pripažinta varomąja jėga, tarpininkaujančia genomo dydžio plėtrai ir evoliucijai, tačiau 3D genominės architektūros formavimo pasekmės augalams iš esmės nežinomos.Čia pateikiame trijų rūšių medvilnės, kurių genomo dydis yra tris kartus didesnis, etaloninio lygio genomo rinkinius, būtentGossypium rotundifolium(K2),G. medelynas(A2) irG. raimondii(D5), naudojant Oxford Nanopore Technologies.Lyginamosios genomo analizės dokumentuoja linijai būdingo TE amplifikacijos detales, prisidedančias prie didelių genomo dydžio skirtumų (K2, 2, 44 Gb; A2, 1, 62 Gb; D5, 750, 19 Mb), ir rodo santykinai konservuotą genų turinį ir sintezės ryšius tarp genomų.Mes nustatėme, kad maždaug 17% sinteninių genų keičia chromatino būseną tarp aktyvių („A“) ir neaktyvių („B“ skyrių), o TE amplifikacija buvo susijusi su A skyriaus dalies padidėjimu genų regionuose (~ 7000 genų). ) K2 ir A2 lyginant su D5.Tik 42% topologiškai susietų domenų (TAD) ribų buvo išsaugotos tarp trijų genomų.Mūsų duomenys rodo, kad pastaruoju metu buvo sustiprintas TE, susidarius konkrečiai linijai būdingų TAD ribų.Šis tyrimas atskleidžia transpozonų sukelto genomo plėtimosi vaidmenį aukštesnės eilės chromatino struktūros evoliucijoje augaluose.
Pagrindinė genomo surinkimo statistika
Paveikslas.G. rotundifolium (K2) genomo surinkimas ir savybių aprašymas
Naujienos ir svarbiausi dalykai siekia pasidalyti naujausiais sėkmingais atvejais su „Biomarker Technologies“, užfiksuoti naujus mokslo laimėjimus ir svarbius tyrimo metu taikytus metodus.
Paskelbimo laikas: 2022-01-05