Habari

Ukuzaji wa kipengele kinachoweza kubadilishwa (TE) umetambuliwa kama nguvu inayoendesha upatanishi wa saizi ya jenomu na mageuzi, lakini matokeo ya kuunda usanifu wa 3D ya jeni bado hayajulikani kwa mimea.Hapa, tunaripoti mikusanyiko ya jenomu ya daraja la marejeleo kwa spishi tatu za pamba zenye ukubwa wa jenomu mara tatu, yaani.Gossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), naG. raimondii(D5), kwa kutumia Oxford Nanopore Technologies.Jenomu linganishi huchanganua maelezo ya ukuzaji wa TE wa ukoo mahususi unaochangia tofauti kubwa za saizi ya jenomu (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), na kuonyesha maudhui ya jeni yaliyohifadhiwa kwa kiasi na uhusiano wa sinteni kati ya jenomu.Tuligundua kuwa takriban 17% ya jeni za syntenic zinaonyesha mabadiliko ya hali ya kromatini kati ya sehemu zinazotumika (“A”) na zisizotumika (“B”), na ukuzaji wa TE ulihusishwa na ongezeko la sehemu ya A katika maeneo ya jeni (~ jeni 7,000 ) katika K2 na A2 kuhusiana na D5.Ni 42% tu ya mipaka ya kikoa kinachohusisha kitopolojia (TAD) ndiyo iliyohifadhiwa kati ya jenomu tatu.Data yetu inahusisha ukuzaji wa hivi majuzi wa TE kufuatia uundaji wa mipaka ya TAD mahususi ya ukoo.Utafiti huu unatoa mwanga juu ya dhima ya upanuzi wa genomu inayopatana na transposon katika mageuzi ya muundo wa kromatini wa hali ya juu katika mimea.