توالی یابی بی سولفیت با نمایندگی کاهش یافته (RRBS)
توالی یابی بی سولفیت با نمایندگی کاهش یافته (RRBS) به عنوان یک جایگزین مقرون به صرفه و کارآمد برای توالی یابی بی سولفیت کل ژنوم (WGBS) در تحقیقات متیلاسیون DNA ظاهر شده است. در حالی که WGBS با بررسی کل ژنوم در وضوح پایه، بینش جامعی را ارائه می دهد، هزینه بالای آن می تواند یک عامل محدود کننده باشد. RRBS به طور استراتژیک این چالش را با تجزیه و تحلیل انتخابی یک بخش نماینده از ژنوم کاهش می دهد. این روش بر غنی سازی مناطق غنی از جزیره CpG توسط برش MspI و به دنبال آن انتخاب اندازه قطعات 200-500/600 bps متکی است. در نتیجه، تنها مناطق نزدیک به جزایر CpG توالی یابی می شوند، در حالی که آنهایی که دارای جزایر CpG دور هستند از تجزیه و تحلیل حذف شدند. این فرآیند، همراه با توالییابی بی سولفیت، امکان تشخیص متیلاسیون DNA با وضوح بالا را فراهم میکند و رویکرد توالییابی، PE150، بهجای وسط، به طور خاص بر انتهای درجها تمرکز میکند و کارایی پروفیل متیلاسیون را افزایش میدهد. RRBS یک ابزار ارزشمند است که تحقیقات مقرون به صرفه متیلاسیون DNA را امکان پذیر می کند و دانش مکانیسم های اپی ژنتیک را ارتقا می دهد.
ویژگی های خدمات
● به ژنوم مرجع نیاز دارد.
● DNA لامبدا برای نظارت بر راندمان تبدیل بی سولفیت استفاده می شود.
● راندمان هضم MspI نیز نظارت می شود.
● توالی در Illumina NovaSeq.
مزایای خدمات
●جایگزین مقرون به صرفه و کارآمد برای WGBS: امکان انجام آنالیز با هزینه کمتر و نیاز به نمونه کمتر.
●پلتفرم کامل:ارائه خدمات عالی یک مرحله ای از پردازش نمونه، ساخت کتابخانه، و توالی یابی تا تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک.
●تخصص گسترده: با انجام موفقیت آمیز پروژه های توالی یابی RRBS در طیف متنوعی از گونه ها، BMKGENE بیش از یک دهه تجربه، تیم تجزیه و تحلیل بسیار ماهر، محتوای جامع و پشتیبانی عالی پس از فروش را به ارمغان می آورد.
●امکان پیوستن به تجزیه و تحلیل رونوشت: امکان تجزیه و تحلیل یکپارچه WGBS با سایر داده های omics مانند RNA-seq.
مشخصات خدمات
| کتابخانه | استراتژی توالی | خروجی داده های توصیه شده | کنترل کیفیت |
| کتابخانه MspI هضم و تیمار شده با بی سولفیت | ایلومینا PE150 | 10 گیگ | Q30≥85% تبدیل بی سولفیت > 99% راندمان برش MspI > 95% |
نمونه مورد نیاز
| غلظت (ng/µL) | مقدار کل (μg) |
| |
| DNA ژنومی | ≥30 | ≥1 | تخریب یا آلودگی محدود |
جریان کار خدمات
تحویل نمونه
ساخت کتابخانه
توالی یابی
تجزیه و تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
شامل تجزیه و تحلیل زیر است:
● کنترل کیفیت توالی خام.
● نقشه برداری به ژنوم مرجع.
● تشخیص پایه های متیله 5mC و شناسایی موتیف.
● تجزیه و تحلیل توزیع متیلاسیون و مقایسه نمونه.
● تجزیه و تحلیل مناطق متیله متفاوت (DMRs).
● حاشیه نویسی عملکردی ژن های مرتبط با DMRs.
کنترل کیفیت: کارایی هضم (در نقشه برداری ژنوم)
کنترل کیفیت: تبدیل بی سولفیت (در استخراج اطلاعات متیلاسیون)
نقشه متیلاسیون: توزیع ژنوم متیلاسیون 5 mC
مقایسه نمونه: تجزیه و تحلیل اجزای اصلی
تجزیه و تحلیل مناطق متیله متفاوت (DMRs): نقشه حرارتی
پیشرفتهای تحقیقاتی تسهیلشده توسط خدمات توالییابی بی سولفیت ژنوم کل BMKGene را از طریق مجموعهای از انتشارات بررسی کنید.
لی، زی و همکاران (2022) "برنامه ریزی مجدد با وفاداری بالا به سلول های لیدیگ مانند با فعال سازی CRISPR و عوامل پاراکرین".PNAS Nexus، 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
تیان، اچ و همکاران. (2023) "تحلیل متیلاسیون DNA در سطح ژنوم ترکیب بدن در دوقلوهای تک تخمکی چینی"،مجله اروپایی تحقیقات بالینی، 53 (11)، ص. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. و همکاران. (2022) "متیلاسیون DNA و نسبت دور کمر به باسن: یک مطالعه ارتباطی گسترده اپی ژنوم در دوقلوهای تک تخمکی چینی"،مجله تحقیقات غدد درون ریز، 45 (12)، ص 2365-2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
