توالییابی بیسولفیت با نمایش کاهشیافته (RRBS)
توالییابی بیسولفیت با نمایش کاهشیافته (RRBS) بر غنیسازی نواحی غنی از جزایر CpG از طریق برش MspI و به دنبال آن انتخاب اندازه قطعات 200-500/600 جفت باز متکی است. در نتیجه، فقط نواحی نزدیک به جزایر CpG توالییابی میشوند، در حالی که نواحی دارای جزایر CpG دور از تجزیه و تحلیل حذف میشوند. این فرآیند، همراه با توالییابی بیسولفیت، امکان تشخیص متیلاسیون DNA با وضوح بالا را فراهم میکند و رویکرد توالییابی، PE150، به طور خاص بر انتهای قطعات درجشده به جای وسط تمرکز میکند و کارایی پروفایل متیلاسیون را افزایش میدهد.
این تکنیک به عنوان جایگزینی مقرون به صرفه و کارآمد برای توالییابی بیسولفیت کل ژنوم (WGBS) در تحقیقات متیلاسیون DNA ظهور کرده است. در حالی که WGBS با بررسی کل ژنوم با وضوح تک باز، بینش جامعی ارائه میدهد، هزینه بالای آن میتواند یک عامل محدودکننده باشد، که RRBS با تجزیه و تحلیل انتخابی بخشی از ژنوم، این چالش را به طور استراتژیک کاهش میدهد. این روش ابزاری ارزشمند است که تحقیقات متیلاسیون DNA را با هزینه مقرون به صرفه امکانپذیر میکند و دانش مکانیسمهای اپیژنتیک را پیش میبرد.
ویژگیهای خدمات
● تعیین توالی در Illumina NovaSeq.
● به یک ژنوم مرجع نیاز دارد.
● از DNA لامبدا برای نظارت بر راندمان تبدیل بیسولفیت استفاده میشود.
● راندمان هضم MspI نیز پایش میشود.
● هضم آنزیمی مضاعف برای نمونههای گیاهی.
مزایای خدمات
●جایگزین مقرون به صرفه و کارآمد برای WGBS: این امر امکان انجام تجزیه و تحلیل با هزینه کمتر و با نیاز به نمونه کمتر را فراهم میکند.
●پلتفرم کامل:ما خدمات عالی و جامعی را از پردازش نمونه، ساخت کتابخانه و تعیین توالی گرفته تا تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک ارائه میدهیم.
●تخصص گستردهما در طیف متنوعی از گونهها موفقیت داریم. BMKGENE بیش از یک دهه تجربه، یک تیم تجزیه و تحلیل بسیار ماهر، محتوای جامع و پشتیبانی عالی پس از فروش را به ارمغان میآورد.
مشخصات خدمات
| کتابخانه | استراتژی تعیین توالی | خروجی داده توصیه شده | کنترل کیفیت |
| کتابخانه هضم شده با MspI و تصفیه شده با بیسولفیت | ایلومینا PE150 | ۸ گیگابایت | Q30 ≥ 85% تبدیل بیسولفیت > 99% راندمان برش MspI > 95% |
الزامات نمونه
| غلظت (نانوگرم در میکرولیتر) | مقدار کل (میکروگرم) |
| |
| دیانای ژنومی | ≥ 30 | ≥ ۱ | تخریب یا آلودگی محدود |
جریان کار خدمات
تحویل نمونه
ساخت کتابخانه
توالییابی
تحلیل دادهها
خدمات پس از فروش
تحلیل BI شامل موارد زیر است:
● کنترل کیفیت توالییابی خام؛
● نقشهبرداری به ژنوم مرجع؛
● تشخیص بازهای متیله شده 5mC و شناسایی موتیف؛
● تجزیه و تحلیل توزیع متیلاسیون و مقایسه نمونهها؛
● تجزیه و تحلیل نواحی متیله شده افتراقی (DMRs)؛
● حاشیهنویسی عملکردی ژنهای مرتبط با DMRها.
کنترل کیفیت: راندمان هضم (در نقشهبرداری ژنوم)
کنترل کیفیت: تبدیل بیسولفیت (در استخراج اطلاعات متیلاسیون)
نقشه متیلاسیون: توزیع گسترده ژنومی متیلاسیون 5mC
مقایسه نمونه: تحلیل مؤلفههای اصلی
تجزیه و تحلیل نواحی متیله شده افتراقی (DMR): نقشه حرارتی
پیشرفتهای تحقیقاتی حاصل از خدمات تعیین توالی کل ژنوم بیسولفیت BMKGene را از طریق مجموعهای منتخب از نشریات بررسی کنید.
لی، ز. و همکاران. (2022) «بازبرنامهریزی با دقت بالا به سلولهای شبه لیدیگ توسط فعالسازی CRISPR و فاکتورهای پاراکرین»،نکسوس PNAS، 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
تیان، اچ. و همکاران (2023) «آنالیز متیلاسیون DNA در سطح ژنوم از ترکیب بدن در دوقلوهای تکتخمکی چینی»،مجله اروپایی تحقیقات بالینی، 53 (11)، ص. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
وو، وای. و همکاران (2022) «متیلاسیون DNA و نسبت دور کمر به باسن: یک مطالعهی همبستگی در سطح اپیژنوم در دوقلوهای تکتخمکی چینی»،مجله تحقیقات غدد درون ریز، 45 (12)، صص 2365-2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
