نقشه حرارتی
ابزار Heatmap یک فایل داده ماتریسی را به عنوان ورودی میپذیرد و به کاربران امکان فیلتر کردن، نرمالسازی و خوشهبندی دادهها را میدهد. کاربرد اصلی نقشههای حرارتی، تحلیل خوشهای سطح بیان ژن بین نمونههای مختلف است.
حاشیهنویسی ژن
ابزار Gene Annotation، بر اساس همترازی توالی فایلهای ورودی FASTA در پایگاههای داده مختلف، عملیات حاشیهنویسی ژن را انجام میدهد.
ابزار جستجوی ترازبندی محلی پایه (BLAST)
ابزار BLAST یک نسخه یکپارچه BMKCloud از NCBI BLAST است و میتواند برای انجام همان توابع با استفاده از دادههای آپلود شده در حساب BMKCloud مورد استفاده قرار گیرد.
پیشبینی CDS_UTR
ابزار پیشبینی CDS_UTR برای پیشبینی نواحی کدکننده (CDS) و نواحی غیرکدکننده (UTR) در توالیهای رونوشت داده شده بر اساس نتایج BLAST در مقایسه با پایگاههای داده پروتئینی شناخته شده و نتایج پیشبینی ORF طراحی شده است.
طرح منهتن
ابزار منهتن پلات امکان نمایش آزمایشهای با نمونه بالا را فراهم میکند و معمولاً در مطالعات همبستگی سراسر ژنوم (GWAS) استفاده میشود.
نمودار سیرکوس
ابزار نمودار CIRCOS تجسم کارآمدی از نحوه توزیع ویژگیهای ژنومی در سراسر ژنوم ارائه میدهد. ویژگیهای رایج شامل جایگاههای کمی، SNPها، InDels، انواع ساختاری و تعداد کپی هستند.
غنیسازی هستیشناسی ژن (GO)
ابزار غنیسازی GO، تجزیه و تحلیل غنیسازی عملکردی را ارائه میدهد. نرمافزار اصلی در این ابزار، بسته TopGO-Bioconductor است که شامل تجزیه و تحلیل بیان افتراقی، تجزیه و تحلیل غنیسازی GO و تجسم نتایج است.
تحلیل شبکه همبیان ژنی وزندار (WGCNA)
WGCNA یک روش دادهکاوی پرکاربرد برای کشف ماژولهای همبیان ژن است که برای مجموعه دادههای بیان ژن مختلف از جمله دادههای بیان ژن ریزآرایه و NGS قابل استفاده است.
اینترپرواسکن
ابزار InterProScan تجزیه و تحلیل و طبقهبندی توالی پروتئین InterPro را ارائه میدهد.
غنیسازی GO KEGG
ابزار غنیسازی GO KEGG به گونهای طراحی شده است که بر اساس مجموعه ژن ارائه شده و حاشیهنویسی مربوطه، هیستوگرام غنیسازی GO، هیستوگرام غنیسازی KEGG و مسیر غنیسازی KEGG را تولید کند.