توالی متاژنومیک -NGS
متاژنوم مجموعه ای از کل مواد ژنتیکی یک جامعه مختلط از موجودات، مانند متاژنوم های محیطی و انسانی است. حاوی ژنوم میکروارگانیسم های قابل کشت و غیرقابل کشت است. توالی متاژنومیک تفنگ ساچمه ای با NGS مطالعه این مناظر ژنومی پیچیده را که در نمونه های محیطی تعبیه شده اند با ارائه بیشتر از پروفایل طبقه بندی، امکان می دهد، همچنین بینش دانه ای در مورد تنوع گونه ها، پویایی فراوانی، و ساختارهای پیچیده جمعیت ارائه می دهد. فراتر از مطالعات طبقه بندی، متاژنومیکس تفنگ ساچمه ای یک دیدگاه ژنومیک عملکردی را نیز ارائه می دهد، که امکان اکتشاف ژن های کدگذاری شده و نقش های احتمالی آنها در فرآیندهای اکولوژیکی را فراهم می کند. در نهایت، ایجاد شبکه‌های همبستگی بین عناصر ژنتیکی و عوامل محیطی به درک جامعی از تعامل پیچیده بین جوامع میکروبی و پس‌زمینه اکولوژیکی آنها کمک می‌کند. در نتیجه، توالی‌یابی متاژنومیک ابزاری محوری برای کشف پیچیدگی‌های ژنومی جوامع مختلف میکروبی است و روابط چندوجهی بین ژنتیک و اکولوژی را در این اکوسیستم‌های پیچیده روشن می‌کند.
پلتفرم ها: Illumina NovaSeq و DNBSEQ-T7
مزایای خدمات
●روش جداسازی و بدون کشت برای پروفایل جامعه میکروبی: امکان تعیین توالی مواد ژنتیکی از موجودات غیرقابل کشت.
●وضوح بالا: شناسایی گونه های کم فراوانی در نمونه های محیطی.
●تجزیه و تحلیل جامع بیوانفورماتیک:نه تنها بر تنوع طبقه بندی بلکه بر تنوع عملکردی جامعه نیز متمرکز شده است.
●تجربه گسترده:با سابقه موفقیت آمیز بستن چندین پروژه متاژنومیکس در حوزه های مختلف تحقیقاتی و پردازش بیش از 200000 نمونه، تیم ما تجربه زیادی را برای هر پروژه به ارمغان می آورد.
مشخصات خدمات
| پلت فرم توالی یابی | استراتژی توالی | داده ها توصیه می شود | کنترل کیفیت |
| Illumina NovaSeq یا DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 گیگابایت | Q30≥85% |
الزامات خدمات
| غلظت (ng/µL) | مقدار کل (ng) | حجم (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● خاک/لجن: 2-3 گرم
● محتوای روده-حیوانی: 0.5-2g
● محتویات روده-حشره: 0.1-0.25 گرم
● سطح گیاه (رسوب غنی شده): 0.5-1g
● رسوب غنی شده با آبگوشت تخمیر): 0.2-0.5 گرم
● مدفوع (حیوانات بزرگ): 0.5-2 گرم
● مدفوع (موش): 3-5 دانه
● مایع لاواژ آلوئول ریوی: کاغذ صافی
● سواب واژینال: 5-6 سواب
● سواب پوست / تناسلی / بزاق / بافت نرم دهان / سواب حلق / سواب رکتوم: 2-3 سواب
● میکروارگانیسم سطحی: 5-6 سواب
● بدنه آب/هوا/بیوفیلم: کاغذ فیلتر
● اندوفیت ها: 2-3 گرم
● پلاک دندان: 0.5-1 گرم
جریان کار خدمات
تحویل نمونه
ساخت کتابخانه
توالی یابی
تجزیه و تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
شامل تجزیه و تحلیل زیر است:
● توالی کنترل کیفیت داده ها
● مونتاژ متاژنوم و پیش بینی ژن
● حاشیه نویسی ژن
● تجزیه و تحلیل تنوع آلفا تاکسونومیک
● تحلیل عملکردی جامعه: عملکرد بیولوژیکی، متابولیک، مقاومت آنتی بیوتیکی
● تجزیه و تحلیل بر روی تنوع عملکردی و طبقه بندی:
تجزیه و تحلیل تنوع بتا
تحلیل بین گروهی
تجزیه و تحلیل همبستگی: بین عوامل محیطی و ترکیب و تنوع OUT
تجزیه و تحلیل عملکرد: مقاومت آنتی بیوتیکی CARD
تجزیه و تحلیل افتراقی مسیرهای متابولیک KEGG: نقشه حرارتی مسیرهای مهم
تنوع آلفا توزیع طبقه بندی: شاخص ACE
تنوع بتا توزیع طبقه بندی: PCoA
پیشرفت‌های تسهیل‌شده توسط سرویس‌های توالی‌یابی متاژنوم BMKGene را با Illumina از طریق مجموعه‌ای از نشریات مدیریت شده کاوش کنید.
های، کیو و همکاران. (2023) "تجزیه و تحلیل متاژنومیکی و متابولومیک تغییرات در محتویات روده قزل آلای رنگین کمان (Oncorhynchus mykiss) آلوده به ویروس نکروز خونساز عفونی در دماهای مختلف آب کشت،مرزها در میکروبیولوژی، 14، ص. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
مائو، سی و همکاران (2023) "جوامع میکروبی، ژن های مقاومت، و خطرات مقاومت در دریاچه های شهری از حالت های مختلف تغذیه ای: پیوندهای داخلی و تاثیرات خارجی"،مجله پیشرفت مواد خطرناک، 9، ص. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
سو، ام و همکاران (2022) "تجزیه و تحلیل متاژنومیک تفاوت در ترکیب و عملکرد بین میکروارگانیسم های مرتبط با مایع و مرتبط با جامد شکمبه گوسفند را آشکار کرد".مرزها در میکروبیولوژی، 13، ص. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
یین، جی و همکاران. (2023) "میکروبیوتای چاق مشتق شده از خوک Ningxiang متابولیسم کارنیتین را برای ترویج رسوب اسیدهای چرب ماهیچه ای در خوک های DLY لاغر دوباره سیم کشی می کند".نوآوری، 4(5)، ص. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
ژائو، ایکس و همکاران. (2023) "بینش متاژنومیک در مورد خطرات بالقوه بقایای پلاستیکی زیستی/غیر قابل تجزیه و غیر پلاستیکی در بخش بالایی و پایینی رودخانه هایهه، چین"،علم کل محیط، 887، ص. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
