Øجداسازی و بدون کشت برای پروفایل جامعه میکروبی
Øوضوح بالا در تشخیص گونه های کم فراوانی در نمونه های محیطی
Øایده "متا" همه ویژگی های بیولوژیکی را در سطح عملکردی، سطح گونه و سطح ژن یکپارچه می کند، که منعکس کننده یک دیدگاه پویا است که به واقعیت نزدیک تر است.
ØBMK با بیش از 10000 نمونه پردازش شده، تجربه عظیمی را در انواع نمونه های مختلف جمع آوری می کند.
ترتیب دهیسکو | کتابخانه | بازده داده های توصیه شده | زمان چرخش تخمینی |
Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K برچسب ها | 30 روز |
üکنترل کیفیت داده های خام
üمونتاژ متاژنوم
üمجموعه ژن غیر زائد و حاشیه نویسی
üتجزیه و تحلیل تنوع گونه ای
üتجزیه و تحلیل تنوع عملکرد ژنتیکی
üتحلیل بین گروهی
üتجزیه و تحلیل ارتباط در برابر عوامل تجربی
برایعصاره های DNA:
نوع نمونه | میزان | تمرکز | خلوص |
عصاره های DNA | > 30 نانوگرم | > 1 نانوگرم در میکرولیتر | OD260/280= 1.6-2.5 |
برای نمونه های محیطی:
نوع نمونه | روش نمونه گیری توصیه شده |
خاک | مقدار نمونه برداری: تقریبا5 گرم؛مواد پژمرده باقی مانده باید از سطح جدا شوند.قطعات بزرگ را آسیاب کرده و از فیلتر 2 میلی متری عبور دهید.نمونه ها را در لوله EP یا سیرو تیوب استریل برای رزرو قرار دهید. |
مدفوع | مقدار نمونه برداری: تقریبا5 گرم؛نمونه ها را در لوله EP یا کرایوتوب استریل برای رزرو جمع آوری کنید. |
محتویات روده | نمونه ها باید در شرایط آسپتیک پردازش شوند.شستشوی بافت جمع آوری شده با PBS.PBS را سانتریفیوژ کرده و رسوب دهنده را در لوله های EP جمع آوری کنید. |
لجن | مقدار نمونه برداری: تقریبا5 گرم؛نمونه لجن را در EP-لوله یا کرایوتوب استریل برای رزرو جمع آوری و به مقدار کافی تقسیم کنید. |
بدنه آبی | برای نمونه با مقدار محدود میکروبی، مانند آب لوله کشی، آب چاه و غیره، حداقل 1 لیتر آب جمع آوری کنید و از فیلتر 0.22 میکرومتر عبور دهید تا میکروبی روی غشاء غنی شود.غشا را در لوله استریل نگهداری کنید. |
پوست | سطح پوست را با سواب پنبه ای استریل یا تیغه جراحی به دقت خراش دهید و آن را در لوله استریل قرار دهید. |
نمونه ها را به مدت 3-4 ساعت در نیتروژن مایع منجمد کنید و در نیتروژن مایع یا 80- درجه تا رزرو طولانی مدت نگهداری کنید.حمل نمونه با یخ خشک مورد نیاز است.
1. هیستوگرام: توزیع گونه
2. ژن های عملکردی مشروح در مسیرهای متابولیک KEGG
3. نقشه حرارتی: توابع دیفرانسیل بر اساس فراوانی نسبی ژن4. سیرکوس ژن های مقاومت آنتی بیوتیکی CARD
کیس BMK
شیوع ژن های مقاومت آنتی بیوتیکی و پاتوژن های باکتریایی در امتداد زنجیره ریشه خاک- حرا
منتشر شده:مجله مواد خطرناک، 2021
استراتژی توالی:
مواد: عصاره DNA چهار قطعه از نمونه های مرتبط با ریشه حرا: خاک کاشته نشده، ریزوسفر، اپی کره و بخش اندوسفر
پلتفرم: Illumina HiSeq 2500
اهداف: متاژنوم
ناحیه 16S rRNA ژن V3-V4
نتایج کلیدی
تعیین توالی متاژنومی و پروفایل متابرکد بر روی زنجیره خاک-ریشه نهال حرا به منظور مطالعه انتشار ژن های مقاومت آنتی بیوتیکی (ARGs)از خاک به گیاهان پردازش شد.دادههای متاژنومی نشان داد که 91.4 درصد از ژنهای مقاومت آنتیبیوتیکی معمولاً در هر چهار محفظه خاک ذکر شده در بالا شناسایی میشوند که یک مد مداوم را نشان میدهند.توالی آمپلیکون 16S rRNA 29285 توالی تولید کرد که نشان دهنده 346 گونه است.با ترکیب با پروفایل گونهها توسط توالییابی آمپلیکون، این انتشار مستقل از میکروبیوتای مرتبط با ریشه بود، با این حال، میتوان آن را توسط متحرک عناصر ژنتیکی تسهیل کرد.این مطالعه جریان ARGs و پاتوژن ها را از خاک به گیاهان از طریق پیوستار خاک-ریشه به هم پیوسته شناسایی کرد.
ارجاع
وانگ، سی، هو، آر، استرانگ، پی جی، ژوانگ، دبلیو، و شو، ال.(2020).شیوع ژن های مقاومت آنتی بیوتیکی و پاتوژن های باکتریایی در امتداد زنجیره ریشه خاک- حرا.مجله مواد خطرناک، 408، 124985.