محصولات

1. هیستوگرام: توزیع گونه

2. ژن های عملکردی مشروح در مسیرهای متابولیک KEGG

3. نقشه حرارتی: توابع دیفرانسیل بر اساس فراوانی نسبی ژن4. سیرکوس ژن های مقاومت آنتی بیوتیکی CARD

کیس BMK

شیوع ژن های مقاومت آنتی بیوتیکی و پاتوژن های باکتریایی در امتداد زنجیره ریشه خاک- حرا

منتشر شده:مجله مواد خطرناک، 2021

استراتژی توالی:

مواد: عصاره DNA چهار قطعه از نمونه های مرتبط با ریشه حرا: خاک کاشته نشده، ریزوسفر، اپی کره و بخش اندوسفر
پلتفرم: Illumina HiSeq 2500
اهداف: متاژنوم
ناحیه 16S rRNA ژن V3-V4

نتایج کلیدی

تعیین توالی متاژنومی و پروفایل متابرکد بر روی زنجیره خاک-ریشه نهال حرا به منظور مطالعه انتشار ژن های مقاومت آنتی بیوتیکی (ARGs)از خاک به گیاهان پردازش شد.داده‌های متاژنومیک نشان داد که 91.4 درصد از ژن‌های مقاومت آنتی‌بیوتیکی معمولاً در هر چهار محفظه خاک ذکر شده در بالا شناسایی می‌شوند که یک مد مداوم را نشان می‌دهند.توالی آمپلیکون 16S rRNA 29285 توالی تولید کرد که نشان دهنده 346 گونه است.با ترکیب با پروفایل گونه‌ها توسط توالی‌یابی آمپلیکون، این انتشار مستقل از میکروبیوتای مرتبط با ریشه بود، با این حال، می‌توان آن را با متحرک عناصر ژنتیکی تسهیل کرد.این مطالعه جریان ARGs و پاتوژن ها را از خاک به گیاهان از طریق پیوستار خاک-ریشه به هم پیوسته شناسایی کرد.

ارجاع

وانگ، سی، هو، آر، استرانگ، پی جی، ژوانگ، دبلیو، و شو، ال.(2020).شیوع ژن های مقاومت آنتی بیوتیکی و پاتوژن های باکتریایی در امتداد زنجیره ریشه خاک- حرا.مجله مواد خطرناک، 408، 124985.