تجزیه و تحلیل mRNA یوکاریوتی (گزینههای مبتنی بر مرجع و de novo موجود است)
این خط لوله از دادههای NGS RNA-Seq به عنوان ورودی استفاده میکند و نتایج حاصل از چندین تجزیه و تحلیل پاییندستی را تولید میکند، از جمله اما نه محدود به: ارزیابی کیفیت دادههای توالییابی،از نوحاشیهنویسی جایگاه رونویسی، تحلیل پیرایش متغیر، تحلیل بیان افتراقی، حاشیهنویسی تابع و تحلیل غنیسازی.
آنالیز RNA طویل غیر کد کننده
RNAهای غیرکدکننده بلند (lncRNA) رونوشتهای غیرکدکنندهای با طول بیش از 200 نوکلئوتید هستند و نقش آنها در سازماندهی و تنظیم کروماتین شناخته شده است. فناوریهای توالییابی با توان عملیاتی بالا و بیوانفورماتیک، درک ما از توالیهای lncRNA و اطلاعات موقعیتیابی را برای شناسایی lncRNAهایی با عملکردهای تنظیمی حیاتی، تقویت کردهاند. این خط لوله علاوه بر تجزیه و تحلیلهای ذکر شده در خط لوله تجزیه و تحلیل mRNA یوکاریوتی، تجزیه و تحلیل lncRNA را نیز ارائه میدهد.
توالییابی آمپلیکون 16S/18S/ITS
خط لوله تجزیه و تحلیل تنوع میکروبی Amplicon Sequencing بر اساس سالها تجربه در تجزیه و تحلیل پروژههای تنوع میکروبی توسعه داده شده است. این خط لوله شامل تجزیه و تحلیل پایه استاندارد شده است که محتوای تجزیه و تحلیل اصلی تحقیقات میکروبی فعلی و تجزیه و تحلیل شخصیسازی شده را پوشش میدهد. گزارش تجزیه و تحلیل غنی و جامع است و امکان انجام تجزیه و تحلیل شخصی متنوع را نیز دارد. علاوه بر این، نمونهها و گروهها را میتوان برای سفارشیسازی و کنترل بیشتر، درجا تغییر داد.
آنالیز متاژنومیکس با تفنگ ساچمهای
خط لوله تجزیه و تحلیل متاژنومیک شاتگان از دادههای NGS از مواد ژنومی مخلوط استخراج شده از نمونههای محیطی استفاده میکند. تجزیه و تحلیلهای شامل شده، اطلاعات دقیقی در مورد تنوع و فراوانی گونهها، ساختار جمعیت، رابطه فیلوژنتیکی، ژنهای عملکردی و شبکههای همبستگی با عوامل محیطی ارائه میدهند.
تحلیل واریانس NGS-WGS
تحلیل واریانت NGS-WGS یک خط لوله یکپارچه تشخیص واریانت است که کنترل کیفیت دادهها، همترازی توالی، حاشیهنویسی و تجزیه و تحلیل جهش ژنی را انجام میدهد. این خط لوله از بهترین شیوههای GATK برای تشخیص SNP و InDel پیروی میکند و از Manta برای فراخوانی ساختاری واریانت استفاده میکند.
مطالعهی ارتباط سراسری ژنوم (GWAS)
خط لوله GWAS یک تحلیل پاییندستی است که فایلهای VCF تولید شده قبلی و دادههای فنوتیپ مربوطه را برای گروهی از افراد به عنوان ورودی میگیرد. GWAS با استفاده از روشهای آماری خاص، قصد دارد تغییرات نوکلئوتیدی در سطح ژنوم را که با تفاوتهای فنوتیپی مرتبط هستند، کشف کند. این روش نقش مهمی در کاوش ژنهای عملکردی مرتبط با بیماریهای پیچیده انسانی و صفات پیچیده در گیاهان و حیوانات ایفا میکند.
آنالیز جداسازی تودهای (BSA)
تجزیه و تحلیل BSA شامل جمعآوری افراد با صفات فنوتیپی شدید از یک جمعیت در حال تفکیک است. با مقایسه جایگاههای افتراقی بین نمونههای جمعآوریشده، این رویکرد به سرعت نشانگرهای مولکولی نزدیک به هم مرتبط با ژنهای هدف را شناسایی میکند. این روش که به طور گسترده در نقشهبرداری ژنتیکی گیاهان و حیوانات استفاده میشود، ابزاری ارزشمند برای اصلاح نژاد به کمک نشانگر است.
تحلیل ژنتیک تکاملی
گردش کار تحلیل ژنتیک تکاملی از تجربه گسترده BMKGENE در پروژههای تکامل ژنتیکی بهره میبرد و شامل ساخت درخت فیلوژنتیک، تحلیل عدم تعادل پیوستگی، ارزیابی تنوع ژنتیکی، شناسایی گزینشی جارویی، تحلیل خویشاوندی، تحلیل مؤلفههای اصلی و توصیف ساختار جمعیت میشود.
