● گرفتن mRNA poly-A به دنبال سنتز cDNA و آماده سازی کتابخانه
● توالی رونوشت های تمام قد
● تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک بر اساس تراز با ژنوم مرجع
تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک نه تنها شامل بیان در سطح ژن و ایزوفرم بلکه تجزیه و تحلیل lncRNA، همجوشی ژن، پلی آدنیلاسیون و ساختار ژن می شود.
●کمی سازی بیان در سطح ایزوفرم: امکان تجزیه و تحلیل بیان دقیق و دقیق، آشکار کردن تغییری که ممکن است هنگام تجزیه و تحلیل بیان کل ژن پنهان شود.
●کاهش تقاضای داده:در مقایسه با توالییابی نسل بعدی (NGS)، توالییابی نانوحفره نیازهای داده کمتری را نشان میدهد، که اجازه میدهد سطوح معادل اشباع کمی بیان ژن با دادههای کوچکتر را فراهم کند.
●دقت بالاتر کمی سازی بیان: هم در سطح ژن و هم در سطح ایزوفرم
●شناسایی اطلاعات ترانسکریپتومی اضافی: پلی آدنیلاسیون جایگزین، ژن های همجوشی و lcnRNA و ژن های هدف آنها
●تخصص گسترده: تیم ما با تکمیل بیش از 850 پروژه رونویسی تمام قد Nanopore و پردازش بیش از 8000 نمونه، تجربه زیادی را برای هر پروژه به ارمغان می آورد.
●پشتیبانی پس از فروش: تعهد ما فراتر از اتمام پروژه با یک دوره خدمات پس از فروش 3 ماهه است. در طول این مدت، ما پیگیری پروژه، کمک عیبیابی، و جلسات پرسش و پاسخ را برای پاسخگویی به هرگونه سؤال مرتبط با نتایج ارائه میدهیم.
کتابخانه | استراتژی توالی | داده ها توصیه می شود | کنترل کیفیت |
پلی A غنی شده است | ایلومینا PE150 | 6/12 گیگابایت | میانگین امتیاز کیفیت: Q10 |
Conc.(ng/μl) | مقدار (μg) | خلوص | صداقت |
≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 آلودگی پروتئین یا DNA محدود یا بدون آلودگی روی ژل نشان داده شده است. | برای گیاهان: RIN≥7.0; برای حیوانات: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ارتفاع پایه محدود یا بدون ارتفاع |
● گیاهان:
ریشه، ساقه یا گلبرگ: 450 میلی گرم
برگ یا دانه: 300 میلی گرم
میوه: 1.2 گرم
● حیوان:
قلب یا روده: 300 میلی گرم
احشاء یا مغز: 240 میلی گرم
عضله: 450 میلی گرم
استخوان، مو یا پوست: 1 گرم
● بندپایان:
حشرات: 6 گرم
سخت پوستان: 300 میلی گرم
● خون کامل: 1 لوله
● سلول ها: 106 سلول ها
ظرف: لوله سانتریفیوژ 2 میلی لیتری (فیل قلع توصیه نمی شود)
برچسب زدن نمونه: گروه + تکرار به عنوان مثال A1، A2، A3. B1، B2، B3.
حمل و نقل:
1. یخ خشک: نمونه ها باید در کیسه های بسته بندی شده و در یخ خشک دفن شوند.
2. لوله های پایدار RNA: نمونه های RNA را می توان در لوله تثبیت کننده RNA (به عنوان مثال RNAstable®) خشک کرد و در دمای اتاق حمل کرد.
● پردازش داده های خام
● شناسایی رونوشت
● پیوند جایگزین
● تعیین کمیت بیان در سطح ژن و سطح ایزوفرم
● تجزیه و تحلیل بیان دیفرانسیل
● حاشیه نویسی و غنی سازی عملکرد (DEG و DET)
آنالیز اسپلایسینگ جایگزین آنالیز جایگزین پلی آدنیلاسیون (APA)
پیش بینی lncRNA
حاشیه نویسی ژن های جدید
خوشه بندی DET ها
شبکه های پروتئین-پروتئین در DEG
پیشرفتهای تسهیلشده توسط سرویسهای توالییابی mRNA تمامقد Nanopore BMKGene را از طریق مجموعهای از نشریات مدیریت شده کاوش کنید.
گونگ، بی و همکاران. (2023) "فعال سازی اپی ژنتیکی و رونویسی کیناز ترشحی FAM20C به عنوان یک انکوژن در گلیوما"، مجله ژنتیک و ژنومیکس، 50(6)، صفحات 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
او، ز و همکاران. (2023) "توالی نویسی تمام قد لنفوسیت ها به IFN-γ پاسخ ایمنی Th1-swowed را در دست و پا کردن (Paralichthys olivaceus) نشان می دهد"، Fish & Shellfish Immunology، 134، ص. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma، Y. و همکاران. (2023) "تحلیل مقایسه ای روش های توالی یابی RNA PacBio و ONT برای شناسایی سم Nemopilema Nomurai"، Genomics، 115(6)، ص. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
یو، دی و همکاران (2023) "تحلیل نانو توالی گرایش عملکردی متفاوت بین اگزوزوم ها و میکرووزیکول های مشتق شده از hUMSC"، تحقیقات و درمان سلول های بنیادی، 14(1)، صفحات 1-13 را نشان می دهد. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.