توالییابی کامل mRNA-نانوپور
ویژگیها
● به دام انداختن mRNA پلی-A و به دنبال آن سنتز cDNA و تهیه کتابخانه
● توالییابی رونوشتهای کامل
● تحلیل بیوانفورماتیکی بر اساس همترازی با ژنوم مرجع
● تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک نه تنها شامل بیان در سطح ژن و ایزوفرم، بلکه شامل تجزیه و تحلیل lncRNA، ادغام ژنها، پلیآدنیلاسیون و ساختار ژن نیز میشود.
مزایای خدمات
●کمیسازی بیان در سطح ایزوفرمامکان تجزیه و تحلیل دقیق و جزئی بیان ژن، آشکار کردن تغییراتی که ممکن است هنگام تجزیه و تحلیل کل بیان ژن پنهان بمانند.
●کاهش تقاضای داده:در مقایسه با توالییابی نسل بعدی (NGS)، توالییابی نانوپور به دادههای کمتری نیاز دارد و امکان دستیابی به سطوح معادل اشباع کمیسازی بیان ژن را با دادههای کمتر فراهم میکند.
●دقت بالاتر در تعیین مقدار بیان: هم در سطح ژن و هم در سطح ایزوفرم
●شناسایی اطلاعات رونویسی اضافیپلیآدنیلاسیون جایگزین، ژنهای همجوشی و lcnRNA و ژنهای هدف آنها
●تخصص گستردهتیم ما با تکمیل بیش از ۸۵۰ پروژه کامل رونوشتبرداری نانوپور و پردازش بیش از ۸۰۰۰ نمونه، گنجینهای از تجربه را برای هر پروژه به ارمغان میآورد.
●پشتیبانی پس از فروشتعهد ما فراتر از تکمیل پروژه است و شامل یک دوره خدمات پس از فروش ۳ ماهه میشود. در این مدت، ما پیگیری پروژه، کمک در رفع مشکلات و جلسات پرسش و پاسخ را برای رسیدگی به هرگونه سوال مربوط به نتایج ارائه میدهیم.
الزامات نمونه و تحویل
| کتابخانه | استراتژی تعیین توالی | دادهها توصیه میشوند | کنترل کیفیت |
| غنی شده با پلی A | نانوحفره PromethION 48 | ۶/۱۲ گیگابایت | میانگین امتیاز کیفیت: Q10 |
الزامات نمونه:
نوکلئوتیدها:
| غلظت (نانوگرم در میکرولیتر) | مقدار (میکروگرم) | خلوص | صداقت |
| ۱۰۰ پوند یا بیشتر | ≥ ۱.۰ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 آلودگی پروتئینی یا DNA محدود یا بدون آلودگی روی ژل نشان داده شده است. | برای گیاهان: RIN≥7.0؛ برای حیوانات: RIN≥7.5؛ ۵.۰≥۲۸S/۱۸S≥۱.۰؛ ارتفاع پایه محدود یا بدون ارتفاع پایه |
● گیاهان:
ریشه، ساقه یا گلبرگ: ۴۵۰ میلیگرم
برگ یا دانه: ۳۰۰ میلیگرم
میوه: ۱.۲ گرم
● حیوان:
قلب یا روده: ۳۰۰ میلیگرم
احشاء یا مغز: ۲۴۰ میلیگرم
عضله: ۴۵۰ میلیگرم
استخوان، مو یا پوست: ۱ گرم
● بندپایان:
حشرات: ۶ گرم
سختپوستان: ۳۰۰ میلیگرم
● خون کامل: ۱ لوله
● سلولها: 106 سلولها
تحویل نمونه توصیه شده
ظرف: لوله سانتریفیوژ ۲ میلیلیتری (استفاده از فویل آلومینیومی توصیه نمیشود)
برچسبگذاری نمونه: گروه + تکرار مثلاً A1، A2، A3؛ B1، B2، B3.
حمل و نقل:
۱. یخ خشک: نمونهها باید در کیسه بستهبندی شده و در یخ خشک دفن شوند.
۲. لولههای RNA-پایدار: نمونههای RNA را میتوان در لوله تثبیت RNA (مثلاً RNA-پایدار®) خشک کرد و در دمای اتاق ارسال نمود.
جریان کار خدمات
نوکلئوتیدها:
تحویل نمونه
ساخت کتابخانه
توالییابی
تحلیل دادهها
خدمات پس از فروش
جریان کار خدمات
بافت:
طراحی آزمایش
تحویل نمونه
استخراج RNA
ساخت کتابخانه
توالییابی
تحلیل دادهها
خدمات پس از فروش
● پردازش دادههای خام
● شناسایی رونوشت
● اتصال جایگزین
● تعیین کمی بیان در سطح ژن و سطح ایزوفرم
● تحلیل بیان افتراقی
● حاشیهنویسی و غنیسازی تابع (DEGها و DETها)
تحلیل پیرایش جایگزین
آنالیز پلیآدنیلاسیون جایگزین (APA)
پیشبینی lncRNA
حاشیهنویسی ژنهای جدید
خوشهبندی DETها
شبکههای پروتئین-پروتئین در DEGها
پیشرفتهای حاصل از خدمات تعیین توالی mRNA کامل Nanopore شرکت BMKGene را از طریق مجموعهای منتخب از نشریات بررسی کنید.
گونگ، ب. و همکاران (2023) «فعالسازی اپیژنتیکی و رونویسی کیناز ترشحی FAM20C به عنوان یک انکوژن در گلیوما»، مجله ژنتیک و ژنومیک، 50(6)، صفحات 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
او، ز. و همکاران. (2023) «توالییابی کامل رونوشتهای لنفوسیتها در پاسخ به IFN-γ، پاسخ ایمنی Th1-کجشده را در کفشک ماهی (Paralichthys olivaceus) نشان میدهد»، Fish & Shellfish Immunology، 134، صفحه 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
ما، وای. و همکاران. (2023) «تحلیل مقایسهای روشهای توالییابی RNAی PacBio و ONT برای شناسایی زهر نموپیلما نومورای»، Genomics، 115(6)، صفحه 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
یو، دی. و همکاران. (2023) «آنالیز توالییابی نانو، تمایل عملکردی متفاوتی را بین اگزوزومها و میکرووزیکولهای مشتق از hUMSC نشان میدهد»، Stem Cell Research and Therapy، 14(1)، صفحات 1-13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
