توالییابی CircRNA-ایلومینا
ویژگیها
● تخلیه rRNA و به دنبال آن تهیه کتابخانه جهتدار، امکان تعیین توالی دادههای اختصاصی رشته را فراهم میکند.
● گردش کار بیوانفورماتیک، پیشبینی circRNA و تعیین مقدار بیان را امکانپذیر میکند.
مزایای خدمات
●تخصص گستردهما بیش از 20،000 نمونه را پردازش کردهایم که شامل انواع مختلفی از نمونهها میشود و گنجینهای از تخصص را برای هر پروژه به ارمغان میآوریم.
●کنترل کیفیت دقیقما نقاط کنترل اصلی را در تمام مراحل، از آمادهسازی نمونه گرفته تا تهیه کتابخانه، تعیین توالی و بیوانفورماتیک، پیادهسازی میکنیم. نظارت دقیق ما، ارائه نتایج با کیفیت بالا و مداوم را تضمین میکند.
●کتابخانههای جامعتر RNA:ما در آمادهسازی پیشکتابخانهای خود، به جای حذف خطی RNA، از حذف rRNA استفاده میکنیم و اطمینان حاصل میکنیم که دادههای توالییابی نه تنها شامل circRNA، بلکه شامل mRNA و lncRNA نیز میشوند و امکان تجزیه و تحلیل مشترک این مجموعه دادهها را فراهم میکنند.
●تحلیل اختیاری شبکههای رقابتی RNA درونزاد (ceRNA): ارائه بینش عمیقتر در مورد مکانیسمهای تنظیم سلولی.
● پشتیبانی پس از فروشما درک میکنیم که حضور در محل چقدر مهم است، به همین دلیل تعهد ما فراتر از تکمیل پروژه با یک دوره خدمات پس از فروش ۳ ماهه است. در طول این مدت، ما پیگیری پروژه، کمک به رفع مشکلات و جلسات پرسش و پاسخ را برای رسیدگی به هرگونه سوال مربوط به نتایج ارائه میدهیم.
الزامات نمونه و تحویل
| کتابخانه | پلتفرم | دادههای توصیهشده | کنترل کیفیت دادهها |
| کتابخانه جهتدار تهیشده از rRNA | ایلومینا PE150 | ۱۶-۲۰ گیگابایت | Q30≥85٪ |
الزامات نمونه:
نوکلئوتیدها:
| غلظت (نانوگرم در میکرولیتر) | مقدار (میکروگرم) | خلوص | صداقت |
| ۸۰ پوند یا بیشتر | ≥ ۰.۸ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 آلودگی پروتئینی یا DNA محدود یا بدون آلودگی روی ژل نشان داده شده است. | RIN≥6.0؛ ۵.۰≥۲۸S/۱۸S≥۱.۰؛ ارتفاع پایه محدود یا بدون ارتفاع پایه |
● گیاهان:
ریشه، ساقه یا گلبرگ: ۴۵۰ میلیگرم
برگ یا دانه: ۳۰۰ میلیگرم
میوه: ۱.۲ گرم
● حیوان:
قلب یا روده: ۴۵۰ میلیگرم
احشاء یا مغز: ۲۴۰ میلیگرم
عضله: ۶۰۰ میلیگرم
استخوان، مو یا پوست: ۱.۵ گرم
● بندپایان:
حشرات: ۹ گرم
سختپوستان: ۴۵۰ میلیگرم
● خون کامل:۲ لوله
● سلولها: 106 سلولها
● سرم و پلاسما: ۶ میلیلیتر
تحویل نمونه توصیه شده
ظرف: لوله سانتریفیوژ ۲ میلیلیتری (استفاده از فویل آلومینیومی توصیه نمیشود)
برچسبگذاری نمونه: گروه + تکرار مثلاً A1، A2، A3؛ B1، B2، B3.
حمل و نقل:
۱. یخ خشک: نمونهها باید در کیسه بستهبندی شده و در یخ خشک دفن شوند.
۲. لولههای RNA-پایدار: نمونههای RNA را میتوان در لوله تثبیت RNA (مثلاً RNA-پایدار®) خشک کرد و در دمای اتاق ارسال نمود.
جریان کار خدمات
طراحی آزمایش
تحویل نمونه
استخراج RNA
ساخت کتابخانه
توالییابی
تحلیل دادهها
خدمات پس از فروش
بیوانفورماتیک
- کنترل کیفیت دادهها
- همترازی ژنوم
- شناسایی CircRNA
- بیان CircRNA
- تحلیل بیان افتراقی
پیشبینی circRNA: توزیع کروموزومی
circRNA های با بیان متفاوت - نمودار آتشفشان
circRNA های با بیان متفاوت - خوشه بندی سلسله مراتبی
غنیسازی عملکردی ژنهای میزبان circRNA
پیشرفتهای تحقیقاتی حاصل از خدمات توالییابی circRNA شرکت BMKGene را از طریق مجموعهای منتخب از نشریات، بررسی کنید.
وانگ، ایکس. و همکاران (2021) «CPSF4 تشکیل circRNA و خاموش کردن ژن با واسطه microRNA را در کارسینوم هپاتوسلولار تنظیم میکند»،انکوژن2021 40:25، 40(25)، صفحات 4338-4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
شیا، ک. و همکاران (2023) «رونوشتبرداری پاسخدهنده به X oo نقش RNA133 حلقوی را در مقاومت به بیماری با تنظیم بیان OsARAB در برنج آشکار میکند»،تحقیقات بیماریشناسی گیاهی، 5(1)، صفحات 1-14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y، H. و همکاران. (2023) «CPSF3 تعادل رونوشتهای حلقوی و خطی را در کارسینوم هپاتوسلولار تعدیل میکند». doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
ژانگ، وای. و همکاران (2023) «ارزیابی جامع circRNAها در کاردیومیوپاتی سیروزی قبل و بعد از پیوند کبد»،ایمونوفارماکولوژی بینالمللی، 114، ص. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
