توالییابی mRNA (NGS) با ژنوم مرجع
RNA-seq ابزاری استاندارد در علوم زیستی و زراعی است که شکاف بین ژنومها و پروتئومها را پر میکند. قدرت آن در کشف رونوشتهای جدید و کمیسازی بیان آنها در یک سنجش نهفته است. این روش به طور گسترده برای مطالعات مقایسهای رونویسی، روشن کردن ژنهای مرتبط با صفات یا فنوتیپهای مختلف، مانند مقایسه جهشیافتهها با انواع وحشی یا آشکار کردن بیان ژن در شرایط خاص، استفاده میشود. BMKCloud mRNA(Reference) APP، کمیسازی بیان، تجزیه و تحلیل بیان افتراقی (DEG) و تجزیه و تحلیل ساختار توالی را در خط لوله بیوانفورماتیک mRNA-seq(NGS) ادغام میکند و نقاط قوت نرمافزارهای مشابه را با هم ترکیب میکند و راحتی و کاربرپسندی را تضمین میکند. کاربران میتوانند دادههای RNA-seq خود را در فضای ابری آپلود کنند، جایی که این برنامه یک راهحل جامع و یک مرحلهای برای تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک ارائه میدهد. علاوه بر این، تجربه مشتری را در اولویت قرار میدهد و عملیات شخصیسازی شده متناسب با نیازهای خاص کاربران را ارائه میدهد. کاربران میتوانند پارامترها را تنظیم کرده و ماموریت خط لوله را خودشان ارسال کنند، گزارش تعاملی را بررسی کنند، دادهها/نمودارها را مشاهده کنند و دادهکاوی کامل، مانند: انتخاب ژن هدف، خوشهبندی عملکردی، رسم نمودار و غیره را انجام دهند.
پلتفرم:ایلومینا، MGI
استراتژی:توالییابی RNA
طرح بندی: دادههای پاک و پالایششده.
نوع کتابخانه:fr-بدون-رشته، fr-رشته اول یا fr-رشته دوم
طول خواندن:۱۵۰ جفت باز
نوع فایل:*.fastq، *.fq، *.fastq.gz یا *.fq.gz. سیستم ... را اجرا خواهد کرد.فایلهای .fastq را بهطور خودکار بر اساس نام فایلهایشان جفت میکند،مثال: *_1.fastq با *._2.fastq جفت شده است.
تعداد نمونهها:هیچ محدودیتی در تعداد وجود ندارداز نمونهها، اما زمان تجزیه و تحلیل با افزایش تعداد آنها افزایش مییابدنمونهها رشد میکنند.
مقدار داده توصیه شده:6 گرم در هر نمونه
