توالی‌یابی آمپلیکون (16S/18S/ITS)

توالی‌یابی آمپلیکون (16S/18S/ITS) با Illumina روشی برای تجزیه و تحلیل تنوع میکروبی است که با شناسایی پروفایل‌های میکروبی بر اساس توالی‌های آنها و سپس تلاش برای رمزگشایی غنا و تنوع جامعه در هر نمونه و بین نمونه‌ها انجام می‌شود. خط لوله BMKCloud Amplicon (NGS) امکان تجزیه و تحلیل 16S، 18S، ITS و چندین ژن عملکردی را فراهم می‌کند. این کار با برش خواندن، مونتاژ خواندن جفت‌شده و ارزیابی کیفیت شروع می‌شود و پس از آن خوشه‌بندی خواندن‌های مشابه برای تولید واحدهای طبقه‌بندی عملیاتی (OTU) که ​​در شش بخش تجزیه و تحلیل مختلف استفاده می‌شوند، انجام می‌شود. حاشیه‌نویسی طبقه‌بندی اطلاعاتی در مورد فراوانی نسبی و ترکیب هر نمونه ارائه می‌دهد، در حالی که تجزیه و تحلیل‌های تنوع آلفا و بتا به ترتیب بر تنوع میکروبی درون و بین نمونه‌ها تمرکز دارند. تجزیه و تحلیل افتراقی بین گروه‌ها، OTUهایی را پیدا می‌کند که با استفاده از آزمون‌های پارامتری و ناپارامتری متفاوت هستند، در حالی که تجزیه و تحلیل همبستگی این تفاوت‌ها را به عوامل محیطی مرتبط می‌کند. در نهایت، فراوانی ژن عملکردی بر اساس فراوانی ژن نشانگر پیش‌بینی می‌شود و بینشی در مورد عملکرد و بوم‌شناسی در هر نمونه ارائه می‌دهد.