توالی یابی ژنوم کل گیاه/حیوان
ویژگی های خدمات
● آماده سازی کتابخانه می تواند استاندارد یا بدون PCR باشد
● در 4 پلتفرم توالی‌یابی موجود است: Illumina NovaSeq، MGI T7، Nanopore Promethion P48، یا PacBio Revio.
● تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک متمرکز بر تشخیص انواع: SNP، InDel، SV و CNV
مزایای خدمات
●تخصص گسترده و سوابق انتشار: تجربه انباشته در تعیین توالی ژنوم برای بیش از 1000 گونه منجر به انتشار بیش از 1000 مورد با ضریب تأثیر تجمعی بیش از 5000 شده است.
●تجزیه و تحلیل جامع بیوانفورماتیک: شامل فراخوانی تغییرات و حاشیه نویسی عملکرد.
● پشتیبانی پس از فروش:تعهد ما فراتر از اتمام پروژه با یک دوره خدمات پس از فروش 3 ماهه است. در طول این مدت، ما پیگیری پروژه، کمک عیب‌یابی، و جلسات پرسش و پاسخ را برای پاسخگویی به هرگونه سؤال مرتبط با نتایج ارائه می‌دهیم.
●حاشیه نویسی جامع: ما از چندین پایگاه داده برای حاشیه نویسی عملکردی ژن ها با تغییرات مشخص شده و انجام تجزیه و تحلیل غنی سازی مربوطه استفاده می کنیم و بینش هایی را در مورد پروژه های تحقیقاتی متعدد ارائه می دهیم.
مشخصات خدمات
| انواعی که باید شناسایی شوند | استراتژی توالی | عمق توصیه شده |
| SNP و InDel | Illumina NovaSeq PE150 یا MGI T7 | 10 برابر |
| SV و CNV (دقت کمتر) | 30 برابر | |
| SV و CNV (دقیق تر) | Nanopore Prom P48 | 20 برابر |
| SNP، Indels، SV و CNV | PacBio Revio | 10 برابر |
نمونه مورد نیاز
| اسیدهای نوکلئیک بافت یا استخراج شده | Illumina/MGI | نانوپور | PacBio
| ||
| احشاء حیوانات | 0.5-1 گرم | ≥ 3.5 گرم
| ≥ 3.5 گرم
| ||
| ماهیچه حیوانات | ≥ 5 گرم
| ≥ 5 گرم
| |||
| خون پستانداران | 1.5 میلی لیتر | ≥ 0.5 میلی لیتر
| ≥ 5 میلی لیتر
| ||
| خون طیور/ماهی | ≥ 0.1 میلی لیتر
| ≥ 0.5 میلی لیتر
| |||
| گیاه - برگ تازه | 1-2 گرم | ≥ 2 گرم
| ≥ 5 گرم
| ||
| سلول های کشت شده |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| بافت نرم حشره/فرد | 0.5-1 گرم | ≥ 1 گرم
| ≥ 3 گرم
| ||
| DNA استخراج شده
| غلظت: ≥ 1 نانوگرم در میکرولیتر مقدار: ≥ 30 نانوگرم تخریب یا آلودگی محدود یا بدون
| تمرکز مقدار
OD260/280
OD260/230
تخریب یا آلودگی محدود یا بدون
| ≥ 40 نانوگرم در میکرولیتر 4 میکروگرم/سلول جریان/نمونه
1.7-2.2
≥1.5 | تمرکز مقدار
OD260/280
OD260/230
تخریب یا آلودگی محدود یا بدون | ≥ 50 نانوگرم در میکرولیتر 10 میکروگرم/سلول جریان/نمونه
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| آماده سازی کتابخانه بدون PCR: غلظت ≥ 40 نانوگرم در میکرولیتر مقدار≥ 500 نانوگرم | |||||
جریان کار خدمات
تحویل نمونه
استخراج DNA
ساخت کتابخانه
توالی یابی
تجزیه و تحلیل داده ها
تحویل داده ها
شامل تجزیه و تحلیل زیر است:
- کنترل کیفیت داده های خام
- آمار تراز با ژنوم مرجع
- شناسایی انواع: SNP، InDel، SV و CNV
- حاشیه نویسی عملکردی انواع
آمار تراز با ژنوم مرجع - توزیع عمق توالی
فراخوانی SNP در بین چند نمونه
شناسایی InDel - آمار طول InDel در منطقه CDS و منطقه گسترده ژنوم
توزیع متغیر در سراسر ژنوم - طرح سیرکوس
حاشیه نویسی عملکردی ژن ها با انواع مشخص شده - هستی شناسی ژن
چای، کیو و همکاران. (2023) "یک گلوتاتیون S-ترانسفراز GhTT19 رنگدانه گلبرگ گل را از طریق تنظیم تجمع آنتوسیانین در پنبه تعیین می کند"، مجله بیوتکنولوژی گیاهی، 21(2)، ص. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
چنگ، اچ و همکاران. (2023) "ژنوم وحشی Hevea brasiliensis در سطح کروموزوم ابزارهای جدیدی را برای پرورش به کمک ژنوم و جایگاه های ارزشمند برای افزایش عملکرد لاستیک فراهم می کند"، مجله بیوتکنولوژی گیاهی، 21(5)، صفحات 1058-1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
لی، A. و همکاران. (2021) "ژنوم صدف رودخانه ای بینش هایی را در مورد تاثیر آب و هوا و انعطاف پذیری تطبیقی ارائه می دهد"، Communications Biology 2021 4:1، 4(1)، صفحات 1-12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng، T. و همکاران. (2022) "تجزیه و تحلیل تغییرات ژنوم و متیلاسیون در جوجه های بومی چینی در طول زمان بینشی در مورد حفاظت از گونه ها ارائه می دهد"، زیست شناسی ارتباطات، 5(1)، صفحات 1-12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
