محصولات

از نوخط لوله بیوانفورماتیک

اگر می‌خواهید نمای کلی از خطوط لوله مختلف ما برای مونتاژ را ببینید:

تجزیه و تحلیل کامل بیوانفورماتیک، در ۴ مرحله:

۱. بررسی ژنوم، بر اساس آنالیز k-mer با خوانش‌های NGS.این به ما اطلاعاتی در مورد موارد زیر خواهد داد:

• تخمین اندازه ژنوم
• تخمین هتروزیگوسیتی
• تخمین مناطق تکراری

۲. مونتاژ ژنوم با PacBio HiFi.استفاده از متن‌های طولانی به ما این امکان را می‌دهد که:

• از نومونتاژ
• ارزیابی مونتاژ: شامل آنالیز BUSCO برای کامل بودن ژنوم و نقشه‌برداری از خوانش‌های NGS و PacBio HiFi

۳. مونتاژ Hi-C.وقتی مجموعه را داشته باشیم، داشتن اطلاعات در مورد ساختار سه‌بعدی ژنوم، دانش ما را عمیق‌تر و ژنوم مرجعی را که در حال ساخت آن هستیم، غنی‌تر می‌کند.

• کنترل کیفیت کتابخانه Hi-C برای تخمین تعاملات معتبر Hi-C.
• مونتاژ Hi-C. ما خوشه‌بندی کانتیگ‌ها را در گروه‌ها انجام خواهیم داد، و به دنبال آن کانتیگ‌ها را در هر گروه مرتب می‌کنیم و جهت کانتیگ‌ها را تعیین می‌کنیم.
• ارزیابی Hi-C

۴. حاشیه‌نویسی ژنوم:

• پیش‌بینی RNA غیر کدکننده
• شناسایی توالی‌های تکراری (ترانسپوزون‌ها و تکرارهای پشت سر هم)
• پیش‌بینی ژن
  • از نوالگوریتم‌های ab initio
  • بر اساس همولوژی
  • بر اساس رونوشت، با خوانش‌های بلند و کوتاه: خوانش‌ها عبارتند ازاز نومونتاژ یا نقشه برداری شده در ژنوم پیش نویس
  • حاشیه‌نویسی ژن‌های پیش‌بینی‌شده با پایگاه‌های داده چندگانه

توالی‌یابی مجددخط لوله بیوانفورماتیک

شامل تحلیل‌های زیر است:

• کنترل کیفیت داده‌های خام
• آمار هم‌ترازی با ژنوم مرجع
• شناسایی گونه‌ها: SNP، InDel، SV و CNV
• حاشیه‌نویسی عملکردی انواع

آمار هم‌ترازی با ژنوم مرجع - توزیع عمق توالی‌یابی

فراخوانی SNP بین چندین نمونه

شناسایی InDel - آمار طول InDel در ناحیه CDS و ناحیه کل ژنوم

توزیع متغیرها در سراسر ژنوم - نمودار سیرکوس

حاشیه‌نویسی عملکردی ژن‌ها با انواع شناسایی‌شده - هستی‌شناسی ژن

چای، کیو و همکاران (2023) «یک گلوتاتیون S-ترانسفراز GhTT19 از طریق تنظیم تجمع آنتوسیانین در پنبه، رنگدانه گلبرگ گل را تعیین می‌کند.»مجله بیوتکنولوژی گیاهی، 21 (2)، ص. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.

چنگ، اچ. و همکاران (2023) «ژنوم وحشی Hevea brasiliensis در سطح کروموزوم، ابزارهای جدیدی را برای اصلاح ژنتیکی و جایگاه‌های ارزشمندی را برای افزایش بازده لاستیک فراهم می‌کند»،مجله بیوتکنولوژی گیاهی، 21(5)، صفحات 1058-1072. doi: 10.1111/PBI.14018.

لی، سی. و همکاران (۲۰۲۱) «توالی‌های ژنوم مسیرهای پراکندگی جهانی را آشکار می‌کنند و سازگاری‌های ژنتیکی همگرا را در تکامل اسب‌های دریایی نشان می‌دهند»،ارتباطات طبیعت، 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.

لی، وای. و همکاران (۲۰۲۳) «تغییرات کروموزومی در مقیاس بزرگ منجر به تغییرات بیان در سطح ژنوم، سازگاری محیطی و گونه‌زایی در گیال (Bos frontalis) می‌شود»،زیست‌شناسی مولکولی و تکامل، 40 (1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.

تیان، تی. و همکاران (۲۰۲۳) «مونتاژ ژنوم و تشریح ژنتیکی یک ژرم‌پلاسم ذرت مقاوم به خشکی برجسته»،ژنتیک طبیعی ۲۰۲۳55:3، 55 (3)، ص 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.

ژانگ، ف. و همکاران (۲۰۲۳) «آشکارسازی تکامل بیوسنتز آلکالوئیدهای تروپان با تجزیه و تحلیل دو ژنوم در خانواده Solanaceae»،ارتباطات طبیعت2023 14:1، 14(1)، صفحات 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.

زنگ، تی. و همکاران (۲۰۲۲) «تحلیل تغییرات ژنوم و متیلاسیون در مرغ‌های بومی چین در طول زمان، بینشی در مورد حفاظت از گونه‌ها ارائه می‌دهد»،زیست‌شناسی ارتباطات، 5(1)، صفحات 1-12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.

مطالعات موردی چالش برانگیز:

مونتاژ تلومر به تلومر:فو، آ. و همکاران (2023) «مونتاژ ژنوم تلومر به تلومر خربزه تلخ (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) ویژگی‌های ژنتیکی رشد، ترکیب و رسیدن میوه را آشکار می‌کند»،تحقیقات باغبانی، 10 (1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.

مونتاژ هاپلوتایپ:هو، دبلیو و همکاران (2021) «ژنوم تعریف‌شده توسط آلل، تمایز دوآللی را در طول تکامل کاساوا نشان می‌دهد»،گیاه مولکولی، 14 (6)، ص 851-854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.

مونتاژ ژنوم غول پیکر:یوان، جی. و همکاران (2022) «اساس ژنومی گیگا کروموزوم‌ها و گیگا ژنوم گل صد تومانی درختی Paeonia ostii»ارتباطات طبیعت2022 13:1، 13(1)، صفحات 1-16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.

مونتاژ ژنوم پلی‌پلوئیدی:ژانگ، کیو و همکاران (2022) «بینش‌های ژنومی در مورد کاهش اخیر کروموزوم‌های نیشکر اتوپلی‌پلوئید Saccharum spontaneum»،ژنتیک طبیعی ۲۰۲۲54:6، 54 (6)، ص 885-896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.