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Séquençage d’ARN mononucléaire
Les avancées dans la technique de capture de cellules uniques et de construction de bibliothèques individuelles, combinées au séquençage à haut débit, permettent des études d’expression génique cellule par cellule.Il permet une analyse système plus approfondie et complète sur des populations cellulaires complexes, dans laquelle il évite largement de masquer leur hétérogénéité en prenant la moyenne de toutes les cellules.
Cependant, certaines cellules ne conviennent pas pour être transformées en suspension unicellulaire, c'est pourquoi d'autres méthodes de préparation d'échantillons (extraction du noyau à partir de tissus) sont nécessaires, c'est-à-dire que le noyau est directement extrait des tissus ou des cellules et préparé en suspension à noyau unique pour un usage unique. séquençage cellulaire.
BMK propose un service de séquençage d’ARN unicellulaire basé sur 10 × Genomics ChromiumTM.Ce service a été largement utilisé dans des études liées à des maladies, telles que la différenciation des cellules immunitaires, l'hétérogénéité des tumeurs, le développement des tissus, etc.
Puce de transcriptome spatial : 10× Génomique
Plateforme : Plateforme Illumina NovaSeq
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Séquençage du génome entier de plantes/animaux
Le re-séquençage du génome entier, également connu sous le nom de WGS, permet de révéler des mutations à la fois courantes et rares sur l'ensemble du génome, notamment le polymorphisme nucléotidique unique (SNP), la délétion par insertion (InDel), la variation de structure (SV) et la variation du nombre de copies (CNV). ).Les SV représentent une plus grande partie de la base de variation que les SNP et ont un impact plus important sur le génome, ce qui a un effet significatif sur les organismes vivants.Le reséquençage à lecture longue permet une identification plus précise des fragments volumineux et des variations compliquées, car les lectures longues facilitent grandement le croisement chromosomique sur des régions compliquées telles que les répétitions en tandem, les régions riches en GC/AT et les régions hyper-variables.
Plateforme : Illumina, PacBio, Nanopore
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Transcriptome spatial BMKMANU S1000
La transcriptomique spatiale est à la pointe de l’innovation scientifique, permettant aux chercheurs d’approfondir les modèles complexes d’expression génétique au sein des tissus tout en préservant leur contexte spatial.Parmi diverses plates-formes, BMKGene a développé la puce de transcriptome spatial BMKManu S1000, dotée d'unerésolution amélioréede 5 µM, atteignant la plage subcellulaire et permettantparamètres de résolution à plusieurs niveaux.La puce S1000, comportant environ 2 millions de points, utilise des micropuits recouverts de billes chargées de sondes de capture à codes-barres spatiales.Une bibliothèque d'ADNc, enrichie de codes-barres spatiaux, est préparée à partir de la puce S1000 puis séquencée sur la plateforme Illumina NovaSeq.La combinaison d’échantillons codés spatialement et d’UMI garantit l’exactitude et la spécificité des données générées.L'attribut unique de la puce BMKManu S1000 réside dans sa polyvalence, offrant des paramètres de résolution à plusieurs niveaux qui peuvent être finement ajustés à différents tissus et niveaux de détail.Cette adaptabilité positionne la puce comme un choix exceptionnel pour diverses études de transcriptomique spatiale, garantissant un regroupement spatial précis avec un bruit minimal.
Grâce à la puce BMKManu S1000 et à d'autres technologies de transcriptomique spatiale, les chercheurs peuvent mieux comprendre l'organisation spatiale des cellules et les interactions moléculaires complexes qui se produisent au sein des tissus, fournissant ainsi des informations inestimables sur les mécanismes sous-jacents aux processus biologiques dans un large éventail de domaines, notamment oncologie, neurosciences, biologie du développement, immunologie et études botaniques.
Plateforme : puce BMKManu S1000 et Illumina NovaSeq
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10x Transcriptome spatial de Visium génomique
La transcriptomique spatiale est une technologie de pointe qui permet aux chercheurs d’étudier les modèles d’expression génétique au sein des tissus tout en préservant leur contexte spatial.Une plateforme puissante dans ce domaine est 10x Genomics Visium couplé au séquençage Illumina.Le principe du 10X Visium repose sur une puce spécialisée avec une zone de capture désignée où sont placées les coupes de tissus.Cette zone de capture contient des points à code-barres, chacun correspondant à un emplacement spatial unique dans le tissu.Les molécules d'ARN capturées dans les tissus sont ensuite étiquetées avec des identifiants moléculaires uniques (UMI) au cours du processus de transcription inverse.Ces spots à codes-barres et UMI permettent une cartographie spatiale précise et une quantification de l’expression des gènes à une résolution unicellulaire.La combinaison d’échantillons codés spatialement et d’UMI garantit l’exactitude et la spécificité des données générées.En utilisant cette technologie de transcriptomique spatiale, les chercheurs peuvent acquérir une compréhension plus approfondie de l'organisation spatiale des cellules et des interactions moléculaires complexes se produisant au sein des tissus, offrant ainsi des informations inestimables sur les mécanismes sous-jacents aux processus biologiques dans de multiples domaines, notamment l'oncologie, les neurosciences, la biologie du développement et l'immunologie. , et études botaniques.
Plateforme : 10X Genomics Visium et Illumina NovaSeq
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Séquençage complet de l'ARNm-Nanopore
Alors que le séquençage de l'ARNm basé sur NGS constitue un outil polyvalent pour la quantification de l'expression génique, son recours à des lectures courtes limite son efficacité dans les analyses transcriptomiques complexes.Le séquençage des nanopores, quant à lui, utilise une technologie à lecture longue, permettant le séquençage de transcrits d'ARNm complets.Cette approche facilite une exploration complète de l’épissage alternatif, des fusions de gènes, de la polyadénylation et de la quantification des isoformes d’ARNm.
Le séquençage des nanopores repose sur des signaux électriques en temps réel d’une seule molécule nanopore.Guidé par des protéines motrices, l’ADN double brin se lie aux protéines nanopores intégrées dans un biofilm, se déroulant lorsqu’il traverse le canal nanopore sous une différence de tension.Les signaux électriques distinctifs générés par différentes bases sur le brin d'ADN sont détectés et classés en temps réel, facilitant un séquençage précis et continu des nucléotides.Cette approche innovante surmonte les limitations de lecture courte et fournit une plate-forme dynamique pour une analyse génomique complexe, comprenant des études transcriptomiques complexes.
Plateforme : Nanopore Prométhion P48
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Séquençage complet de l'ARNm -PacBio
Bien que le séquençage de l'ARNm basé sur NGS soit un outil polyvalent pour quantifier l'expression des gènes, son recours à des lectures courtes limite son utilisation dans des analyses transcriptomiques complexes.Le séquençage PacBio (Iso-Seq), quant à lui, utilise une technologie à lecture longue, permettant le séquençage de transcrits d'ARNm complets.Cette approche facilite une exploration complète de l’épissage alternatif, des fusions de gènes et de la polyadénylation, bien qu’elle ne constitue pas le choix principal pour la quantification de l’expression génique, en raison de la grande quantité de données requises.
La technologie de séquençage PacBio repose sur le séquençage d’une seule molécule en temps réel (SMRT), offrant un avantage distinct dans la capture de transcrits d’ARNm complets.Cette approche innovante implique l'utilisation de guides d'ondes en mode zéro (ZMW), des puits microfabriqués qui permettent l'observation en temps réel de l'activité de l'ADN polymérase pendant le séquençage.Au sein de ces ZMW, l'ADN polymérase de PacBio synthétise un brin complémentaire d'ADN, générant de longues lectures qui couvrent l'intégralité des transcrits d'ARNm.Le fonctionnement de PacBio en mode de séquençage circulaire par consensus (CCS) améliore la précision en séquençant de manière répétée la même molécule.Les lectures HiFi générées ont une précision comparable à celle du NGS, contribuant ainsi à une analyse complète et fiable des caractéristiques transcriptomiques complexes.Plateforme : PacBio Sequel II
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Séquençage de l'ARNm eucaryote-Illumina
Le séquençage de l’ARNm permet le profilage complet de tous les transcrits d’ARNm dans les cellules dans des conditions spécifiques.Cette technologie de pointe constitue un outil puissant, dévoilant des profils complexes d’expression génique, des structures génétiques et des mécanismes moléculaires associés à divers processus biologiques.Largement adopté dans la recherche fondamentale, les diagnostics cliniques et le développement de médicaments, le séquençage de l’ARNm offre un aperçu des subtilités de la dynamique cellulaire et de la régulation génétique.
Plateforme : Illumina NovaSeq X
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Séquençage d'ARNm sans référence-Illumina
Le séquençage de l’ARNm permet le profilage complet de tous les transcrits d’ARNm dans les cellules dans des conditions spécifiques.Cette technologie de pointe constitue un outil puissant, dévoilant des profils complexes d’expression génique, des structures génétiques et des mécanismes moléculaires associés à divers processus biologiques.Largement adopté dans la recherche fondamentale, les diagnostics cliniques et le développement de médicaments, le séquençage de l’ARNm offre un aperçu des subtilités de la dynamique cellulaire et de la régulation génétique.
Plateforme : Illumina NovaSeq X
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Séquençage long non codant-Illumina
Les ARN longs non codants (lncRNA) sont des ARN de plus de 200 nucléotides qui possèdent un potentiel de codage minimal et sont des éléments essentiels de l'ARN non codant.Présents dans le noyau et le cytoplasme, ces ARN jouent un rôle crucial dans la régulation épigénétique, transcriptionnelle et post-transcriptionnelle, soulignant leur importance dans le façonnement des processus cellulaires et moléculaires.Le séquençage des LncRNA est un outil puissant dans la différenciation cellulaire, l’ontogenèse et les maladies humaines.
Plateforme : Illumina NovaSeq
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Séquençage de petits ARN-Illumina
Les petites molécules d'ARN (ARNs), généralement inférieures à 200 nucléotides de longueur, comprennent les microARN (miARN), les petits ARN interférents (siARN) et les ARN interagissant avec les piwis (piARN).Parmi ceux-ci, les miARN, longs d’environ 20 à 24 nucléotides, sont particulièrement remarquables pour leur rôle régulateur essentiel dans divers processus cellulaires.Avec des modèles d’expression spécifiques aux tissus et aux stades, les miARN présentent une conservation élevée parmi différentes espèces.
Plateforme : Illumina NovaSeq
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Séquençage du circRNA-Illumina
Le séquençage circulaire d'ARN (circRNA-seq) consiste à profiler et analyser les ARN circulaires, une classe de molécules d'ARN qui forment des boucles fermées en raison d'événements d'épissage non canoniques, offrant à ces ARN une stabilité accrue.Alors qu’il a été démontré que certains circARN agissent comme des éponges de microARN, séquestrant les microARN et les empêchant de réguler leurs ARNm cibles, d’autres circARN peuvent interagir avec des protéines, moduler l’expression des gènes ou jouer un rôle dans les processus cellulaires.L'analyse de l'expression des circARN fournit des informations sur les rôles régulateurs de ces molécules et leur importance dans divers processus cellulaires, stades de développement et pathologies, contribuant ainsi à une compréhension plus approfondie de la complexité de la régulation de l'ARN dans le contexte de l'expression des gènes.
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Séquençage du transcriptome entier – Illumina
Le séquençage complet du transcriptome offre une approche complète pour profiler diverses molécules d’ARN, englobant à la fois les ARN codants (ARNm) et non codants (ARNlnc, circARN et miARN).Cette technique capture le transcriptome complet de cellules spécifiques à un moment donné, permettant ainsi une compréhension holistique des processus cellulaires.Également connu sous le nom de « séquençage total de l’ARN », il vise à dévoiler des réseaux de régulation complexes au niveau du transcriptome, permettant des analyses approfondies telles que l’ARN endogène concurrent (ARNce) et l’analyse conjointe de l’ARN.Cela marque la première étape vers la caractérisation fonctionnelle, en particulier pour démêler les réseaux de régulation impliquant les interactions ceARN basées sur les circARN-miARN-ARNm.
