-
Jednojezgreno sekvenciranje RNA
Napredak u hvatanju pojedinačnih stanica i tehnici konstrukcije pojedinačne biblioteke u kombinaciji s visokoproduktivnim sekvenciranjem omogućuje studije ekspresije gena na bazi stanica po stanica.Omogućuje dublju i cjelovitu analizu sustava na složenim staničnim populacijama, pri čemu se u velikoj mjeri izbjegava maskiranje njihove heterogenosti uzimanjem prosjeka svih stanica.
Međutim, neke stanice nisu prikladne za izradu jednostanične suspenzije, pa su potrebne druge metode pripreme uzorka – ekstrakcija jezgre iz tkiva, odnosno jezgra se izravno ekstrahira iz tkiva ili stanice i priprema u suspenziju jedne jezgre za jednostruku sekvenciranje stanica.
BMK pruža 10× Genomics ChromiumTM uslugu sekvenciranja RNK jedne stanice.Ova se usluga široko koristi u studijama o studijama vezanim uz bolesti, kao što su diferencijacija imunoloških stanica, heterogenost tumora, razvoj tkiva itd.
Čip prostornog transkriptoma: 10× Genomics
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Sekvenciranje cijelog genoma biljaka/životinja
Ponovno sekvenciranje cijelog genoma, također poznato kao WGS, omogućuje otkrivanje uobičajenih i rijetkih mutacija na cijelom genomu uključujući polimorfizam jednog nukleotida (SNP), brisanje umetanja (InDel), varijaciju strukture (SV) i varijaciju broja kopija (CNV). ).SV čine veći dio baze varijacija od SNP-ova i imaju veći utjecaj na genom, što ima značajan učinak na žive organizme.Ponovno sekvencioniranje dugotrajnog očitavanja omogućuje precizniju identifikaciju velikih fragmenata i kompliciranih varijacija jer duga očitavanja uvelike olakšavaju kromosomsko križanje preko kompliciranih regija kao što su tandemska ponavljanja, regije bogate GC/AT i hipervarijabilne regije.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 prostorni transkriptom
Prostorna transkriptomika prednjači u znanstvenim inovacijama, osnažujući istraživače da istražuju zamršene obrasce ekspresije gena unutar tkiva, a istovremeno čuvaju njihov prostorni kontekst.Usred raznih platformi, BMKGene je razvio BMKManu S1000 čip za prostorni transkriptom, koji se može pohvalitipoboljšana razlučivostod 5µM, dosežući subcelularni raspon i omogućavajućivišerazinske postavke rezolucije.Čip S1000, koji ima otprilike 2 milijuna točaka, koristi mikrojažice preslojene zrncima napunjenim prostorno barkodiranim sondama za hvatanje.Knjižnica cDNA, obogaćena prostornim bar kodovima, priprema se iz S1000 čipa i zatim sekvencira na platformi Illumina NovaSeq.Kombinacija prostorno barkodiranih uzoraka i UMI-ja osigurava točnost i specifičnost generiranih podataka.Jedinstveni atribut BMKManu S1000 čipa leži u njegovoj svestranosti, nudeći višerazinske postavke razlučivosti koje se mogu fino prilagoditi različitim tkivima i razinama detalja.Ova prilagodljivost pozicionira čip kao izvanredan izbor za različite studije prostorne transkriptomije, osiguravajući precizno prostorno grupiranje uz minimalan šum.
Korištenjem BMKManu S1000 čipa i drugih tehnologija prostorne transkriptomije, istraživači mogu steći bolje razumijevanje prostorne organizacije stanica i složenih molekularnih interakcija koje se događaju unutar tkiva, pružajući neprocjenjiv uvid u mehanizme koji leže u osnovi bioloških procesa u širokom rasponu polja, uključujući onkologija, neuroznanost, razvojna biologija, imunologija i botaničke studije.
Platforma: BMKManu S1000 čip i Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium prostorni transkriptom
Prostorna transkriptomika vrhunska je tehnologija koja omogućuje istraživačima da istražuju obrasce ekspresije gena unutar tkiva uz očuvanje njihovog prostornog konteksta.Jedna moćna platforma u ovoj domeni je 10x Genomics Visium u kombinaciji s Illumina sekvenciranjem.Princip 10X Visiuma leži na specijaliziranom čipu s određenim područjem snimanja gdje se postavljaju dijelovi tkiva.Ovo područje snimanja sadrži točke s crtičnim kodom, od kojih svaka odgovara jedinstvenoj prostornoj lokaciji unutar tkiva.Uhvaćene molekule RNA iz tkiva zatim se obilježavaju jedinstvenim molekularnim identifikatorima (UMI) tijekom procesa obrnute transkripcije.Ove točke s crtičnim kodom i UMI omogućuju precizno prostorno mapiranje i kvantifikaciju ekspresije gena u rezoluciji jedne stanice.Kombinacija prostorno barkodiranih uzoraka i UMI-ja osigurava točnost i specifičnost generiranih podataka.Korištenjem ove tehnologije Spatial Transcriptomics, istraživači mogu steći dublje razumijevanje prostorne organizacije stanica i složenih molekularnih interakcija koje se događaju unutar tkiva, nudeći neprocjenjiv uvid u mehanizme koji leže u osnovi bioloških procesa u više područja, uključujući onkologiju, neuroznanost, razvojnu biologiju, imunologiju , i botaničke studije.
Platforma: 10X Genomics Visium i Illumina NovaSeq
-
Sekvenciranje mRNA pune duljine-Nanopore
Dok sekvenciranje mRNA temeljeno na NGS-u služi kao svestran alat za kvantifikaciju ekspresije gena, njegovo oslanjanje na kratka čitanja ograničava njegovu učinkovitost u složenim transkriptomskim analizama.Nanopore sekvenciranje, s druge strane, koristi tehnologiju dugog čitanja, omogućujući sekvenciranje mRNA transkripata pune duljine.Ovaj pristup olakšava sveobuhvatno istraživanje alternativnog spajanja, spajanja gena, poliadenilacije i kvantifikacije izoformi mRNA.
Sekvenciranje nanopora oslanja se na električne signale jedne molekule nanopora u stvarnom vremenu.Vođena motornim proteinima, dvolančana DNK veže se za proteine nanopora ugrađene u biofilm, odmotavajući se dok prolazi kroz kanal nanopora pod razlikom napona.Prepoznatljivi električni signali koje generiraju različite baze na DNK lancu otkrivaju se i klasificiraju u stvarnom vremenu, olakšavajući točno i kontinuirano sekvenciranje nukleotida.Ovaj inovativni pristup nadilazi ograničenja kratkog čitanja i pruža dinamičnu platformu za zamršenu genomsku analizu, uključujući složene transkriptomske studije.
Platforma: Nanopore Promethion P48
-
Sekvenciranje mRNA pune duljine -PacBio
Iako je sekvenciranje mRNA temeljeno na NGS-u svestran alat za kvantificiranje ekspresije gena, njegovo oslanjanje na kratka čitanja ograničava njegovu upotrebu u složenim transkriptomskim analizama.PacBio sekvenciranje (Iso-Seq), s druge strane, koristi tehnologiju dugog čitanja, omogućujući sekvenciranje mRNA transkripata pune duljine.Ovaj pristup olakšava sveobuhvatno istraživanje alternativnog spajanja, spajanja gena i poliadenilacije iako nije primarni izbor za kvantifikaciju ekspresije gena, zbog velike količine potrebnih podataka.
Tehnologija sekvenciranja PacBio oslanja se na sekvenciranje jedne molekule u stvarnom vremenu (SMRT), pružajući jasnu prednost u hvatanju mRNA transkripata pune duljine.Ovaj inovativni pristup uključuje korištenje valovoda nultog načina rada (ZMWs), mikrofabriciranih jažica koje omogućuju promatranje aktivnosti DNA polimeraze u stvarnom vremenu tijekom sekvenciranja.Unutar tih ZMW-ova, PacBio-ova DNA polimeraza sintetizira komplementarni lanac DNA, generirajući dugačka očitanja koja obuhvaćaju cijeli mRNA transkript.PacBio rad u načinu Circular Consensus Sequencing (CCS) poboljšava točnost višekratnim sekvenciranjem iste molekule.Generirana HiFi očitanja imaju točnost usporedivu s NGS-om, što dodatno pridonosi sveobuhvatnoj i pouzdanoj analizi složenih transkriptomskih značajki.Platforma: PacBio Sequel II
-
Sekvenciranje eukariotske mRNA-Illumina
Sekvenciranje mRNA omogućuje sveobuhvatno profiliranje svih transkripata mRNA unutar stanica pod određenim uvjetima.Ova vrhunska tehnologija služi kao moćan alat koji otkriva zamršene profile ekspresije gena, genske strukture i molekularne mehanizme povezane s različitim biološkim procesima.Široko prihvaćeno u temeljnim istraživanjima, kliničkoj dijagnostici i razvoju lijekova, mRNA sekvenciranje nudi uvid u zamršenost stanične dinamike i genetske regulacije.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Nereferentno sekvenciranje mRNA-Illumina
Sekvenciranje mRNA omogućuje sveobuhvatno profiliranje svih transkripata mRNA unutar stanica pod određenim uvjetima.Ova vrhunska tehnologija služi kao moćan alat koji otkriva zamršene profile ekspresije gena, genske strukture i molekularne mehanizme povezane s različitim biološkim procesima.Široko prihvaćeno u temeljnim istraživanjima, kliničkoj dijagnostici i razvoju lijekova, mRNA sekvenciranje nudi uvid u zamršenost stanične dinamike i genetske regulacije.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Dugo nekodirajuće sekvenciranje-Illumina
Duge nekodirajuće RNA (lncRNA) su RNA duže od 200 nukleotida koje posjeduju minimalan potencijal kodiranja i ključni su elementi unutar nekodirajuće RNA.Pronađene u jezgri i citoplazmi, te RNA igraju ključnu ulogu u epigenetskoj, transkripcijskoj i posttranskripcijskoj regulaciji, naglašavajući njihovu važnost u oblikovanju staničnih i molekularnih procesa.LncRNA sekvenciranje je moćan alat u diferencijaciji stanica, ontogenezi i ljudskim bolestima.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Sekvenciranje male RNA-Illumina
Male molekule RNA (sRNA), obično ispod 200 nukleotida u duljinu, uključuju mikroRNA (miRNA), male interferirajuće RNA (siRNA) i piwi-interagirajuće RNA (piRNA).Među njima, miRNA, duge oko 20-24 nukleotida, posebno su vrijedne pažnje zbog svoje ključne regulatorne uloge u raznim staničnim procesima.S uzorcima ekspresije specifičnim za tkivo i stadij, miRNA pokazuju visoku očuvanost među različitim vrstama.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
circRNA sekvenciranje-Illumina
Kružno RNA sekvenciranje (circRNA-seq) profilira i analizira kružne RNA, klasu RNA molekula koje tvore zatvorene petlje zbog nekanonskih događaja spajanja, pružajući ovoj RNA povećanu stabilnost.Dok se pokazalo da neke circRNA djeluju kao spužve mikroRNA, sekvestrirajući mikroRNA i sprječavajući ih da reguliraju svoje ciljne mRNA, druge circRNA mogu komunicirati s proteinima, modulirati ekspresiju gena ili imati ulogu u staničnim procesima.analiza ekspresije circRNA pruža uvid u regulatorne uloge ovih molekula i njihovo značenje u različitim staničnim procesima, razvojnim stadijima i stanjima bolesti, pridonoseći dubljem razumijevanju složenosti regulacije RNA u kontekstu ekspresije gena.
-
Sekvenciranje cijelog transkriptoma – Illumina
Sekvenciranje cjelokupnog transkriptoma nudi sveobuhvatan pristup profiliranju različitih molekula RNA, obuhvaćajući i kodirajuće (mRNA) i nekodirajuće RNA (lncRNA, circRNA i miRNA).Ova tehnika bilježi puni transkriptom specifičnih stanica u određenom trenutku, omogućujući holističko razumijevanje staničnih procesa.Poznato i kao "totalno sekvenciranje RNA", ima za cilj otkriti zamršene regulatorne mreže na razini transkriptoma, omogućujući dubinsku analizu kao što je kompetitivna endogena RNA (ceRNA) i analiza zajedničkih RNA.Ovo označava početni korak prema funkcionalnoj karakterizaciji, posebno u razotkrivanju regulatornih mreža koje uključuju ceRNA interakcije temeljene na circRNA-miRNA-mRNA.
