Teljes genom biszulfit szekvenálás (WGBS)
Ez a technika, amely a DNS biszulfitkezelésén alapul, hogy a metilálatlan citozinok uracillá (C-ből U-vá) történő átalakulását indukálja, miközben a metilált citozinokat változatlanul hagyja, a DNS-metiláció, különösen a citozin ötödik pozíciójának (5-mC), a génexpresszió és a sejtes aktivitás központi szabályozójának mélyreható vizsgálatának aranystandard módszertana.
Ez a technika egybázisú felbontást kínál, lehetővé téve a kutatók számára, hogy átfogóan vizsgálják a metilomot, és feltárják a mintákban található rendellenes metilációs mintázatokat. A WGBS alkalmazásával a tudósok páratlan betekintést nyerhetnek a genomszintű metilációs tájképekbe, árnyaltabb megértést nyújtva a különféle biológiai folyamatok és betegségek alapjául szolgáló epigenetikai mechanizmusokról.
Szolgáltatási jellemzők
● Szekvenálás Illumina NovaSeq készüléken.
● Referencia genomot igényel.
● Lambda DNS-t adnak hozzá a biszulfit-konverzió hatékonyságának monitorozására.
Szolgáltatás előnyei
●DNS-metilációs kutatás aranystandardjaEz az érett technológia nagy pontossággal és jó reprodukálhatósággal rendelkezik.
●Széles lefedettség és egybázisú felbontás:A metilációs helyek kimutatása genomszintű.
●Teljes platform:Teljes körű szolgáltatást nyújtunk a mintafeldolgozástól a könyvtárépítésen és a szekvenáláson át a bioinformatikai elemzésig.
●Kiterjedt szakértelemSzéles spektrumú projekteket valósítottunk meg, amelyek számos különböző fajt érintenek. A BMKGENE több mint egy évtizedes tapasztalattal, magasan képzett elemzőcsapattal, átfogó tartalommal és kiváló értékesítés utáni támogatással rendelkezik.
●Lehetőség a transzkriptomikai elemzéssel való csatlakozásraLehetővé teszi a WGBS integrált elemzését más omikai adatokkal, például RNS-szekvenálással.
Minta specifikációk
| Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatkimenet | Minőségellenőrzés |
| Biszulfittal kezelt | Illumina PE150 | 30-szoros mélység | Q30 ≥ 85% Biszulfit konverzió > 99% |
Mintakövetelmények
| Koncentráció (ng/µL) | Teljes mennyiség (µg) | További követelmények | |
| Genomikus DNS | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Korlátozott lebomlás vagy szennyeződés |
Szolgáltatási munkafolyamat
Mintaszállítás
DNS-kivonás
Könyvtárépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Adatszolgáltatás
A szolgáltatás a következő elemzéseket tartalmazza:
● Nyers szekvenálás minőségellenőrzése;
● Referencia genomhoz való hozzárendelés;
● 5mC metilezett bázisok kimutatása;
● A metilációs eloszlás elemzése és annotációja;
● Differenciálisan metilált régiók (DMR) elemzése;
● A DMR-ekhez kapcsolódó gének funkcionális annotációja.
5 mC metilációs detektálás: a metilezett helyek típusai
Metilációs térkép. 5mC metiláció genomszintű eloszlása
A magasan metilált régiók annotációja
Differenciálisan metilált régiók: asszociált gének
Differenciálisan metilált régiók: a kapcsolódó gének annotációja (Gén ontológia)
Fedezze fel a BMKGene teljes genom biszulfit szekvenálási szolgáltatásai által elősegített kutatási eredményeket egy válogatott publikációgyűjteményen keresztül.
Fan, Y. és munkatársai (2020) „DNS-metilációs profilok elemzése juh vázizomzatának fejlődése során teljes genomú biszulfit-szekvenálással”,BMC Genomics, 21. (1), 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. és munkatársai (2022) „Új dezoxiribonukleinsav-metilációs zavarok vinil-kloridnak kitett munkavállalóknál”,Toxikológia és ipari egészségügy, 38(7), 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) „Összefüggések a genom metilációja, a nem kódoló RNS-ek szintje, az mRNS-ek és a metabolitok között az érő paradicsomtermésben”,A Növénynapló, 103. (3), 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
