Genomik Perbandingan

Genomik perbandingan secara literal bermaksud membandingkan jujukan genom lengkap dan struktur spesies yang berbeza.Disiplin ini bertujuan untuk mendedahkan evolusi spesies, fungsi gen, mekanisme pengawalseliaan gen pada peringkat genom dengan mengenal pasti struktur jujukan dan unsur-unsur yang dipelihara atau dibezakan merentas spesies yang berbeza.Kajian genomik perbandingan biasa termasuk analisis dalam keluarga gen, perkembangan evolusi, penduaan keseluruhan genom, tekanan terpilih, dsb.

Hubungi Kami

Butiran Perkhidmatan

Keputusan Demo

Kajian kes

Kelebihan Perkhidmatan

● Pakej analisis komprehensif, mengandungi lapan analisis yang paling biasa diperlukan

● Kebolehpercayaan yang tinggi dalam analisis dengan tafsiran yang terperinci dan mudah difahami pada hasil

● Angka sedia untuk diterbitkan yang direka dengan baik

● Pasukan bioinformatik berkemahiran tinggi memenuhi permintaan analisis peribadi yang pelbagai

● Masa pusingan yang lebih pendek dengan ketepatan analisis yang lebih tinggi

● Pengalaman yang melimpah dengan lebih 90 kes yang berjaya dengan faktor impak terbitan terkumpul melebihi 900

Spesifikasi Perkhidmatan

Anggaran masa pusing balik

Bilangan spesies

Menganalisis

30 hari bekerja

6 - 12

Kelompok keluarga gen

Pengembangan dan pengecutan keluarga gen

Pembinaan pokok filogenetik

Anggaran masa perbezaan (Penentukuran fosil diperlukan)

Masa pemasukan LTR (Untuk tumbuhan)

Penduaan genom keseluruhan (Untuk tumbuhan)

Tekanan terpilih

Analisis sintetik

Analisis bioinformatik

● Keluarga gen

● Filogenetik

● Masa perbezaan

● Tekanan terpilih

● Analisis sintetik

Keperluan Sampel dan Penghantaran

Keperluan Sampel:

Tisu atau DNA untuk penjujukan dan pemasangan genom

Untuk Tisu

Spesies	Tisu	Tinjauan	PacBio CCS
Haiwan	Tisu viseral	0.5 ~ 1g	≥ 3.5g
	Tisu otot		≥ 3.5g
			≥ 5.0g
			≥ 5.0mL
	Darah mamalia		≥ 5.0mL
	Darah mamalia		≥ 0.5mL
	Darah ayam/ikan		≥ 0.5mL
Tumbuhan	Daun Segar	1 ~ 2g	≥ 5.0g
	Kelopak/Batang	1 ~ 2g	≥ 10.0g
	Akar/Biji	1 ~ 2g	≥ 20.0g
sel	Sel berbudaya	-	≥ 1 x 10⁸

Data

Fail jujukan genom(.fasta) dan fail anotasi (.gff3) spesies yang berkait rapat

Aliran Kerja Perkhidmatan

Reka bentuk eksperimen

Contoh penghantaran

Pembinaan perpustakaan

Sequencing

Analisis data

Perkhidmatan selepas jualan

Sebelumnya: Genetik Evolusi

Seterusnya: Analisis Segregant Pukal

*Keputusan demo yang ditunjukkan di sini semuanya daripada genom yang diterbitkan dengan Biomarker Technologies

1. Anggaran masa sisipan LTR: Angka menunjukkan taburan bimodal unik dalam masa sisipan LTR-RT dalam genom rai Weining, berbanding spesies lain.Puncak terkini muncul sekitar 0.5 juta tahun yang lalu.

3LTR-anggaran-masa-masuk-dalam-Weining-rye

Li Guang et al.,Genetik Alam Semula Jadi, 2021

2. Analisis filogeni dan keluarga gen pada labu siam (Sechium edule) : Dengan menganalisis labu siam dan 13 spesies lain yang berkaitan dalam keluarga gen, Labu siam didapati paling berkait rapat dengan labu ular (Trichosanthes anguina).Chayote yang diperoleh daripada labu ular dalam kira-kira 27-45 Mya dan penduaan genom keseluruhan (WGD) diperhatikan dalam chayote dalam 25±4 Mya, yang merupakan peristiwa WGD ketiga dalam cucuibitaceae.

4Phylogenetic-of-chayote

Fu A et al.,Penyelidikan Hortikultur, 2021

3.Analisis Synteny: Beberapa gen yang berkaitan dengan fitohormon dalam perkembangan buah ditemui dalam labu siam, labu ular dan labu.Korelasi antara labu siam dan labu adalah lebih tinggi sedikit berbanding antara labu siam dan labu ular.

4Phylogenetic-of-chayote

Fu A et al.,Penyelidikan Hortikultur, 2021

4.Analisis keluarga gen: Pengayaan KEGG pada pengembangan dan pengecutan keluarga gen dalam genom G.thurberi dan G.davidsonii menunjukkan bahawa biosintesis steroid dan gen berkaitan biosintesis brassinosteroid telah diperluaskan.

4Phylogenetic-of-chayote

Yang Z et al.,Biologi BMC, 2021

5. Analisis penduaan genom keseluruhan: Analisis taburan 4DTV dan Ks menunjukkan peristiwa penduaan genom keseluruhan.Puncak intraspesies menunjukkan peristiwa pendua.Puncak interspesies menunjukkan peristiwa spesiasi.Analisis menunjukkan bahawa membandingkan dengan tiga spesies lain yang berkait rapat, O. europaea telah melalui pertindihan gen skala besar baru-baru ini.

4Phylogenetic-of-chayote

Rao G et al.,Penyelidikan Hortikultur, 2021

Kes BMK

Mawar tanpa duri: cerapan genomik yang dikaitkan dengan penyesuaian lembapan

Diterbitkan: Kajian Sains Negara, 2021

Strategi urutan:

'Basye'sTanpa duri' (R.Wichurainan) genom:
lebih kurang93 X PacBio + lebih kurang.90 X Nanopore + 267 X Illumina

Keputusan utama

1. Genom R.wichuraiana berkualiti tinggi telah dibina menggunakan teknik penjujukan yang dibaca lama, yang menghasilkan himpunan 530.07 Mb (Anggaran saiz genom adalah lebih kurang 525.9 Mb oleh sitometri aliran dan 525.5 melalui tinjauan genom; Heterozigositi adalah sekitar 1.03%).Skor anggaran BUSCO ialah 93.9%.Berbanding dengan "Pemerah pipi lama" (haploOB), kualiti dan kesempurnaan genom ini disahkan oleh ketepatan asas tunggal asas dan indeks pemasangan LTR (LAI=20.03).Genom R.wichuraiana mengandungi 32,674 gen pengekodan protein.

2.Analisis bersama multi-omik, yang terdiri daripada genomik perbandingan, transkriptomi, analisis QTL populasi genetik, mendedahkan spesiasi penting antara R. wichuraiana dan Rosa chinensis.Juga, variasi ekspresi gen berkaitan dalam QTL mungkin dikaitkan dengan corak prickle batang.

7KEGG-pengayaan-pada-gen-keluarga-pengembangan-dan-penguncupan

Anasis genomik perbandingan antara Basye;s Thornless dan Rosa chinensis termasuk analisis sintetik, kelompok keluarga gen, analisis pengembangan dan pengecutan, mendedahkan sejumlah besar variasi, yang berkaitan dengan ciri penting dalam bunga mawar.Pengembangan unik dalam keluarga gen NAC dan FAR1/FRS berkemungkinan besar dikaitkan dengan ketahanan terhadap bintik hitam.

81Analisis-genomik-perbandingan-antara-BT-dan-OB 82Analisis-genomik-perbandingan-antara-BT-dan-OB 83Analisis-genomik-perbandingan-antara-BT-dan-OB