Penjujukan Metagenomik-Nanopori
Kelebihan Perkhidmatan
● Pemasangan berkualiti tinggi-Meningkatkan ketepatan pengecaman spesies dan ramalan gen berfungsi
● Pengasingan genom bakteria tertutup
● Aplikasi yang lebih berkuasa dan boleh dipercayai dalam pelbagai kawasan, cth pengesanan mikroorganisma patogen atau gen berkaitan rintangan antibiotik
● Analisis metagenom perbandingan
Spesifikasi Perkhidmatan
| Platform | Urutan | Data yang disyorkan | Masa Pemulihan |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 hari bekerja |
Analisis bioinformatik
● Kawalan kualiti data mentah
● Pemasangan metagenom
● Set dan anotasi gen tidak berlebihan
● Analisis kepelbagaian spesies
● Analisis kepelbagaian fungsi genetik
● Analisis antara kumpulan
● Analisis persatuan terhadap faktor eksperimen
Keperluan Sampel dan Penghantaran
Keperluan sampel dan penghantaran
Keperluan Sampel:
Untukekstrak DNA:
| Jenis Sampel | Jumlah | penumpuan | Kesucian |
| ekstrak DNA | 1-1.5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Untuk sampel persekitaran:
| Jenis sampel | Prosedur persampelan yang disyorkan |
| tanah | Jumlah pensampelan: lebih kurang.5 g;Baki bahan layu perlu dikeluarkan dari permukaan;Kisar kepingan besar dan lalui penapis 2 mm;Sampel Aliquot dalam tiub EP steril atau cyrotube untuk tempahan. |
| najis | Jumlah pensampelan: lebih kurang.5 g;Kumpul dan aliquot sampel dalam tiub EP steril atau tiub krio untuk tempahan. |
| kandungan usus | Sampel perlu diproses di bawah keadaan aseptik.Basuh tisu yang dikumpul dengan PBS;Sentrifuge PBS dan kumpulkan pemendakan dalam tiub-EP. |
| Enapcemar | Jumlah pensampelan: lebih kurang.5 g;Kumpul dan aliquot sampel enap cemar dalam tiub EP steril atau tiub krio untuk tempahan |
| Badan air | Untuk sampel dengan jumlah mikrob yang terhad, seperti air paip, air perigi, dsb., Kumpul sekurang-kurangnya 1 L air dan lalui penapis 0.22 μm untuk memperkayakan mikrob pada membran.Simpan membran dalam tiub steril. |
| kulit | Berhati-hati mengikis permukaan kulit dengan kapas steril atau bilah pembedahan dan letakkan dalam tiub steril. |
Penghantaran Sampel yang Disyorkan
Bekukan sampel dalam nitrogen cecair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cecair atau -80 darjah untuk tempahan jangka panjang.Sampel penghantaran dengan ais kering diperlukan.
Aliran Kerja Perkhidmatan
Contoh penghantaran
Pembinaan perpustakaan
Urutan
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
1.Peta haba: Pengelompokan kekayaan spesies
2. Gen berfungsi dijelaskan pada laluan metabolik KEGG
3. Rangkaian korelasi spesies
4.Circos gen rintangan antibiotik CARD
Kes BMK
Metagenomik nanopore membolehkan diagnosis klinikal pantas jangkitan pernafasan bawah bakteria
Diterbitkan:Bioteknologi Alam Semula Jadi, 2019
Sorotan Teknikal
Penjujukan: Nanopore Minion
Bioinformatik metagenomik klinikal: pengurangan DNA hos, analisis WIMP dan ARMA
Pengesanan pantas: 6 jam
Kepekaan tinggi: 96.6%
Keputusan utama
Pada tahun 2006, jangkitan pernafasan bawah (LR) menyebabkan 3 juta kematian manusia di seluruh dunia.Kaedah biasa untuk pengesanan patogen LR1 ialah penanaman, yang mempunyai kepekaan yang lemah, masa pusingan yang panjang dan kekurangan panduan dalam terapi antibiotik awal.Diagnosis mikrob yang cepat dan tepat telah lama menjadi keperluan mendesak.Dr. Justin dari University of East Anglia dan rakan kongsinya berjaya membangunkan kaedah metagenomik berasaskan Nanopore untuk pengesanan patogen.Mengikut aliran kerja mereka, 99.99% DNA perumah boleh habis.Pengesanan dalam patogen dan gen tahan antibiotik boleh diselesaikan dalam masa 6 jam.
Rujukan
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Metagenomik nanopore membolehkan diagnosis klinikal pantas jangkitan pernafasan bawah bakteria.Bioteknologi Alam Semula Jadi, 37(7), 1.
