Penjujukan RNA kecil-Illumina
Kelebihan Perkhidmatan
● pangkalan pertama di hujung 5 mempunyai keutamaan yang kuat untuk U mendapatkan RNA tertentu
● ramalan gen sasaran miRNA
● Data digunakan untuk melakukan analisis bersama dengan mRNA
● ekspresi pembezaan miRNA
● ramalan gen sasaran miRNA
● Penghantaran hasil berasaskan BMKCloud: Perlombongan data tersuai tersedia pada platform
● Perkhidmatan selepas jualan sah selama 3 bulan selepas projek siap
Keperluan Sampel dan Penghantaran
| Perpustakaan | Platform | Data yang disyorkan | QC Data |
| sRNA | Illumina SE50 | Bacaan 10M/20M | S30≥85% |
Keperluan Sampel:
Nukleotida:
| Conc.(ng/μl) | Jumlah (μg) | Kesucian | Integriti |
| ≥ 80 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Pencemaran protein atau DNA terhad atau tiada ditunjukkan pada gel. | Untuk tumbuhan: RIN≥7.5; Untuk haiwan: RIN≥8.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; terhad atau tiada ketinggian garis dasar |
*Untuk tisu yang lebih kecil daripada 5 mg, kami mengesyorkan untuk menghantar sampel tisu beku kilat (dalam nitrogen cecair).
Penggantungan sel: Kiraan sel = 3×107
*Kami mengesyorkan untuk menghantar lisat sel beku.Sekiranya bilangan sel itu lebih kecil daripada 5×105, kilat beku dalam nitrogen cecair adalah disyorkan.
Sampel darah:
PA×genBloodRNATube;
6mLTRIzol dan 2mL darah(TRIzol:Blood=3:1)
Penghantaran Sampel yang Disyorkan
Bekas:
2 ml tiub empar (Kerajang timah tidak disyorkan)
Pelabelan sampel: Kumpulan+replikasi cth A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Penghantaran:
1.Ais kering: Sampel perlu dibungkus dalam beg dan dikebumikan dalam ais kering.
2.Tiub RNAstable: Sampel RNA boleh dikeringkan dalam tiub penstabilan RNA(cth RNAstable®) dan dihantar dalam suhu bilik.
Aliran Kerja Perkhidmatan
Reka bentuk eksperimen
Contoh penghantaran
Pengekstrakan RNA
Pembinaan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
Bioinformatik
1.Pengenalan miRNA
Setiap calon pendahulu miRNA novel yang diramalkan oleh miRDeep2 mempunyai angka pdf yang menunjukkan struktur dan kedalaman penjujukannya.
struktur prekursor miRNA dan kedalaman penjujukan
2.KEGG Pengayaan Gen Sasaran DE-miRNA
Dalam sesi ini, Biomarker mula-mula memeriksa sama ada laluan tersebut terlalu dibentangkan dengan gen sasaran DE-miRNA.Faktor pengayaan dan ujian fisher digunakan dalam penentuan tahap pengayaan dan kepentingan laluan.Persamaan pengiraan pengayaan ditunjukkan di bawah.
Pengayaan laluan KEGG pada gen sasaran DE-miRNA
3. Analisis Pengayaan GO pada Gen Sasaran DE-miRNA
clusterProfiler digunakan dalam analisis pengayaan GO pada gen sasaran DE-miRNA.Graf asiklik terarah bagi istilah yang diperkaya telah dijana untuk menunjukkan struktur hierarki istilah tersebut.Dalam rajah, arah anak panah mewakili hubungan kemasukan antara istilah, iaitu nod lebih spesifik daripada nod atasnya.Graf acylic terarah bagi gen sasaran DE-miRNA ditunjukkan dalam rajah di bawah.
TopGO mengarahkan graf asiklik gen sasaran DE-miRNA
Kes BMK
Analisis Bersepadu MiRNA dan Gen Berkaitan dengan Kualiti Daging Mendedahkan bahawa Gga-MiR-140-5p Mempengaruhi Pemendapan Lemak Intramuskular dalam Ayam
Diterbitkan:Fisiologi Selular dan Biokimia，2018
Keputusan utama
Ayam tempoh bertelur lewat mempamerkan tahap ekspresi global miRNA yang lebih rendah daripada ayam juvana.
Rangkaian pengawalseliaan mirNA-mrna yang mungkin menjejaskan kualiti daging telah dibina
gga-miR-140-5p menggalakkan pembezaan adiposit dengan mengawal selia RXRG.
 gga-miR-140-5p menggalakkan pembezaan preadiposit instramuskular ayam dengan menyasarkan 3'UTR RXRG |
Rujukan
Zhang M , Li DH , Li F , et al.Analisis Bersepadu MiRNA dan Gen Berkaitan dengan Kualiti Daging Mendedahkan bahawa Gga-MiR-140-5p Mempengaruhi Pemendapan Lemak Intramuskular dalam Ayam[J].Fisiologi Selular dan Biokimia, 2018:2421-2433.DOI： 10.1159/000489649
