-
Analisis Persatuan seluruh genom
Kajian persatuan seluruh genom (GWAS) bertujuan untuk mengenal pasti varian genetik (genotip) yang dikaitkan dengan ciri tertentu (fenotip).Kajian GWAS menyiasat penanda genetik merentas keseluruhan genom sejumlah besar individu dan meramalkan persatuan genotip-fenotip melalui analisis statistik pada peringkat populasi.Ia telah digunakan secara meluas dalam penyelidikan mengenai penyakit manusia dan perlombongan gen berfungsi pada sifat kompleks haiwan atau tumbuhan.
-
Penjujukan RNA nukleus tunggal
Kemajuan dalam penangkapan sel tunggal dan teknik pembinaan perpustakaan individu yang digabungkan dengan penjujukan pemprosesan tinggi membolehkan kajian ekspresi gen berdasarkan sel demi sel.Ia membolehkan analisis sistem yang lebih mendalam dan lengkap pada populasi sel yang kompleks, di mana ia sebahagian besarnya mengelakkan penyamaran heterogen mereka dengan mengambil purata semua sel.
Walau bagaimanapun, sesetengah sel tidak sesuai untuk dijadikan ampaian sel tunggal, jadi kaedah penyediaan sampel lain – pengekstrakan nukleus daripada tisu diperlukan, iaitu nukleus diekstrak terus daripada tisu atau sel dan disediakan menjadi ampaian nukleus tunggal untuk satu- penjujukan sel.
BMK menyediakan perkhidmatan penjujukan RNA sel tunggal berasaskan 10× Genomics ChromiumTM.Perkhidmatan ini telah digunakan secara meluas dalam kajian tentang kajian berkaitan penyakit, seperti pembezaan sel imun, heterogeniti tumor, perkembangan tisu, dsb.
Cip transkrip spatial: 10× Genomik
Platform: Platform Illumina NovaSeq
-
Penjujukan Keseluruhan Genom Tumbuhan/Haiwan
Penjujukan semula genom keseluruhan, juga dikenali sebagai WGS, membolehkan pendedahan mutasi biasa dan jarang berlaku pada keseluruhan genom termasuk Polimorfisme Nukleotida Tunggal (SNP), Pemadaman Sisipan (InDel), variasi Struktur (SV), dan Variasi Nombor Salin (CNV). ).SV membentuk bahagian yang lebih besar daripada asas variasi daripada SNP dan mempunyai kesan yang lebih besar pada genom, yang mempunyai kesan ketara ke atas organisma hidup.Penyusunan semula bacaan panjang membolehkan pengecaman lebih tepat bagi serpihan besar dan variasi rumit kerana bacaan panjang menjadikannya lebih mudah untuk menyeberang kromosom ke kawasan rumit seperti ulangan tandem, kawasan kaya GC/AT dan kawasan hiper-pembolehubah.
Platform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Transkriptom Spatial BMKMANU S1000
Organisasi spatial sel memainkan peranan penting dalam pelbagai proses biologi, seperti penyusupan imun, perkembangan embrio, dan lain-lain. Penjujukan transkrip spatial, yang menunjukkan pemprofilan ekspresi gen sambil mengekalkan maklumat kedudukan ruang, telah memberikan pandangan yang hebat tentang seni bina tisu peringkat transkrip.Dengan perkembangan teknologi, morfologi tisu ultra-jelas dan perbezaan struktur sebenar ekspresi molekul spatial perlu dikaji dengan resolusi yang lebih tinggi.BMKGENE menyediakan perkhidmatan penjujukan transkrip spatial sehenti yang komprehensif daripada sampel kepada cerapan biologi.
Teknologi transkriptomi spatial memperkasakan perspektif baru dalam arena penyelidikan yang pelbagai dengan menyelesaikan profil ekspresi gen dengan kandungan spatial dalam sampel heterogen.
Cip transkrip spatial: BMKMANU S1000
Platform: Platform Illumina NovaSeq
-
10x Transkriptom Spatial Visium Genomics
Ekspresi Gen Spatial Visium ialah teknologi penjujukan transkrip spatial arus perdana untuk mengelaskan tisu berdasarkan jumlah mRNA.Petakan keseluruhan transkrip dengan konteks morfologi untuk menemui cerapan baru tentang perkembangan normal, patologi penyakit dan penyelidikan translasi klinikal.BMKGENE menyediakan perkhidmatan penjujukan transkrip spatial sehenti yang komprehensif daripada sampel kepada cerapan biologi.
Teknologi transkriptomi spatial memperkasakan perspektif baru dalam arena penyelidikan yang pelbagai dengan menyelesaikan profil ekspresi gen dengan kandungan spatial dalam sampel heterogen.
Cip transkrip spatial: 10x Genomics Visium
Platform:Platform Illumina NovaSeq
-
Penjujukan mRNA Penuh-Nanopore
Penjujukan RNA telah menjadi alat yang tidak ternilai untuk analisis transkrip yang komprehensif.Tidak dinafikan, penjujukan bacaan pendek tradisional mencapai banyak perkembangan penting di sini.Walau bagaimanapun, ia sering menghadapi batasan dalam pengenalan isoform penuh, kuantifikasi, bias PCR.
Penjujukan nanopori membezakan dirinya daripada platform penjujukan yang lain, kerana nukleotida dibaca terus tanpa sintesis DNA dan menghasilkan bacaan panjang pada puluhan kilobase.Ini memperkasakan transkrip bersilang bacaan langsung dan menangani cabaran dalam kajian peringkat isoform.
Platform：PromethION Nanopore
Perpustakaan:cDNA-PCR
-
Penjujukan mRNA penuh -PacBio
De novopenjujukan transkriptom penuh, juga dikenali sebagaiDe novoIso-Seq mengambil kelebihan penjujukan PacBio dalam panjang bacaan, yang membolehkan penjujukan molekul cDNA penuh panjang tanpa sebarang patah.Ini benar-benar mengelakkan sebarang ralat yang dijana dalam langkah pemasangan transkrip dan membina set unigene dengan resolusi tahap isoform.Set unigene ini menyediakan maklumat genetik yang berkuasa sebagai "genom rujukan" pada peringkat transkriptom.Selain itu, menggabungkan dengan data penjujukan generasi akan datang, perkhidmatan ini memperkasakan kuantifikasi yang tepat bagi ekspresi peringkat isoform.
Platform： PacBio Sequel IIPerpustakaan: perpustakaan loceng SMRT -
Penjujukan mRNA Eukariotik-Illumina
Penjujukan mRNA membolehkan pemprofilan semua mRNA yang ditranskrip daripada sel di bawah keadaan tertentu.Ia adalah teknologi berkuasa untuk mendedahkan profil ekspresi gen, struktur gen dan mekanisme molekul proses biologi tertentu.Sehingga kini, penjujukan mRNA telah digunakan secara meluas dalam penyelidikan asas, diagnostik klinikal, pembangunan ubat, dll.
Platform: Platform Illumina NovaSeq
-
Penjujukan mRNA berasaskan bukan Rujukan-Illumina
Penjujukan mRNA mengguna pakai teknik penjujukan generasi akan datang (NGS) untuk menangkap RNA(mRNA) utusan Eukariota pada tempoh tertentu yang diaktifkan oleh beberapa fungsi khas.Transkrip terpanjang yang disambungkan dipanggil 'Unigene' dan digunakan sebagai urutan rujukan untuk analisis seterusnya, yang merupakan cara yang berkesan untuk mengkaji mekanisme molekul dan rangkaian pengawalseliaan spesies tanpa rujukan.
Selepas pemasangan data transkrip dan anotasi fungsi unigene
(1)Analisis SSR, ramalan CDS dan struktur gen akan dibentuk terlebih dahulu.
(2) Kuantifikasi ekspresi unigen dalam setiap sampel akan dilakukan.
(3) Unigen yang dinyatakan secara berbeza antara sampel (atau kumpulan) akan ditemui berdasarkan ekspresi unigen
(4) Pengelompokan, anotasi berfungsi dan analisis pengayaan bagi unigen yang dinyatakan secara berbeza akan dilakukan
-
Penjujukan bukan pengekodan panjang-Illumina
RNA bukan pengekodan panjang (lncRNAs) ialah sejenis molekul RNA dengan panjang melebihi 200 nt, yang dicirikan oleh potensi pengekodan yang sangat rendah.LncRNA, sebagai ahli utama dalam RNA bukan pengekodan, terutamanya terdapat dalam nukleus dan plasma.Perkembangan dalam teknologi penjujukan dan bioinformtik membolehkan pengenalpastian pelbagai lncRNA novel dan mengaitkan mereka yang mempunyai fungsi biologi.Bukti terkumpul menunjukkan bahawa lncRNA terlibat secara meluas dalam peraturan epigenetik, peraturan transkripsi dan peraturan pasca transkripsi.
-
Penjujukan RNA kecil-Illumina
RNA kecil merujuk kepada kelas molekul RNA bukan pengekodan yang biasanya panjangnya kurang daripada 200nt, termasuk RNA mikro (miRNA), RNA gangguan kecil (siRNA), dan RNA berinteraksi piwi (piRNA).
MicroRNA (miRNA) ialah kelas RNA kecil endogen dengan panjang kira-kira 20-24nt, yang memainkan pelbagai peranan pengawalseliaan penting dalam sel.miRNA terlibat dalam banyak proses kehidupan yang mendedahkan tisu - khusus dan peringkat - ekspresi khusus dan sangat terpelihara dalam spesies yang berbeza.
-
penjujukan circRNA-Illumina
CircRNAs (RNA Circular) ialah satu kelas molekul RNA bukan pengekodan yang pendek daripada penutup hujung 5′ dan ekor poli(A) hujung 3′.CircRNAs melakukan struktur bulat oleh ikatan kovalen yang berstatus terhadap pencernaan RNA exonuclease.circRNA memainkan peranan penting dalam pertumbuhan dan perkembangan organisma dan rintangannya terhadap persekitaran luaran.
CircRNA mempunyai banyak fungsi, yang boleh mengikat miRNA secara kompetitif, melaksanakan fungsi pengawalseliaan ceRNA, untuk mengawal ekspresi gen.Dalam beberapa tahun kebelakangan ini, ia juga telah didapati bahawa ia berkait rapat dengan kejadian dan perkembangan penyakit, dan mempunyai prospek aplikasi yang hebat ke arah penanda diagnosis penyakit dan sebagainya.
