Metagenomik (NGS)

Metagenomik senapang patah dengan Illumina ialah alat yang popular untuk mengkaji mikrobiom dengan menjujukan DNA secara langsung daripada sampel kompleks, membolehkan kajian kepelbagaian taksonomi dan fungsian. Saluran paip metagenomik (NGS) BMKCloud bermula dengan kawalan kualiti dan pemasangan metagenom, yang mana gen diramalkan dan dikelompokkan ke dalam set data bukan lewah yang dianotasi untuk fungsi dan taksonomi menggunakan berbilang pangkalan data. Maklumat ini digunakan untuk menganalisis kepelbagaian taksonomi dalam sampel (kepelbagaian alfa) dan kepelbagaian antara sampel (kepelbagaian beta). Analisis pembezaan antara kumpulan menemui OTU dan fungsi biologi yang berbeza antara kedua-dua kumpulan menggunakan ujian parametrik dan bukan parametrik, manakala analisis korelasi mengaitkan perbezaan ini dengan faktor persekitaran.