Penjujukan Metagenomik -NGS
Metagenom ialah koleksi jumlah bahan genetik komuniti campuran organisma, seperti metagenom alam sekitar dan manusia. Ia mengandungi genom mikroorganisma yang boleh ditanam dan tidak boleh ditanam. Penjujukan metagenomik senapang patah dengan NGS membolehkan kajian landskap genomik rumit ini tertanam dalam sampel persekitaran dengan menyediakan lebih daripada pemprofilan taksonomi, memberikan juga cerapan terperinci tentang kepelbagaian spesies, dinamik kelimpahan dan struktur populasi yang kompleks. Di luar kajian taksonomi, metagenomik senapang patah juga menawarkan perspektif genomik berfungsi, membolehkan penerokaan gen yang dikodkan dan peranannya dalam proses ekologi. Akhirnya, penubuhan rangkaian korelasi antara unsur genetik dan faktor persekitaran menyumbang kepada pemahaman holistik tentang interaksi rumit antara komuniti mikrob dan latar belakang ekologi mereka. Kesimpulannya, penjujukan metagenomik berdiri sebagai instrumen penting untuk membongkar selok-belok genomik komuniti mikrob yang pelbagai, menerangi hubungan pelbagai rupa antara genetik dan ekologi dalam ekosistem kompleks ini.
Platform: Illumina NovaSeq dan DNBSEQ-T7
Kelebihan Perkhidmatan
●Kaedah Pengasingan dan Tanpa Penanaman untuk Pemprofilan Komuniti Mikrob: Membolehkan penjujukan bahan genetik daripada organisma yang tidak boleh ditanam.
●Resolusi Tinggi: Mengesan spesies kelimpahan rendah dalam sampel persekitaran.
●Analisis Bioinformatik Komprehensif:Memberi tumpuan bukan sahaja kepada kepelbagaian taksonomi tetapi juga kepada kepelbagaian fungsi masyarakat.
●Pengalaman yang luas:Dengan rekod prestasi berjaya menutup pelbagai projek metagenomik dalam pelbagai domain penyelidikan dan memproses lebih 200,000 sampel, pasukan kami membawa banyak pengalaman kepada setiap projek.
Spesifikasi Perkhidmatan
| Platform penjujukan | Strategi Penjujukan | Data disyorkan | Kawalan kualiti |
| Illumina NovaSeq atau DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | S30≥85% |
Keperluan Perkhidmatan
| Kepekatan (ng/µL) | Jumlah amaun (ng) | Isipadu (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Tanah/enapcemar: 2-3g
● Kandungan usus-haiwan: 0.5-2g
● Kandungan usus-serangga: 0.1-0.25g
● Permukaan tumbuhan (sedimen diperkaya): 0.5-1g
● Enapan diperkaya sup penapaian): 0.2-0.5g
● Najis (haiwan besar): 0.5-2g
● Najis (tikus): 3-5butir
● Cecair lavage alveolar pulmonari: kertas penapis
● Sapuan faraj: 5-6 sapuan
● Sapuan kulit/kemaluan/air liur/tisu lembut mulut/sapuan pharyngeal/sapu rektum: 2-3 sapuan
● Mikroorganisma permukaan: 5-6 sapuan
● Badan air/udara/biofilem: kertas penapis
● Endofit: 2-3g
● Plak Pergigian: 0.5-1g
Aliran Kerja Perkhidmatan
Contoh penghantaran
Pembinaan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
Termasuk analisis berikut:
● Menjujukan kawalan kualiti data
● Perhimpunan metagenom dan ramalan gen
● Anotasi gen
● Analisis kepelbagaian alfa taksonomi
● Analisis fungsi komuniti: fungsi biologi, metabolik, rintangan antibiotik
● Analisis tentang kepelbagaian fungsian dan taksonomi:
Analisis kepelbagaian beta
Analisis antara kumpulan
Analisis korelasi: antara faktor persekitaran dan komposisi dan kepelbagaian OUT
Analisis fungsian: CARD rintangan antibiotik
Analisis pembezaan laluan metabolik KEGG: peta haba laluan penting
Kepelbagaian alfa taburan taksonomi: indeks ACE
Kepelbagaian beta taburan taksonomi: PCoA
Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan penjujukan metagenom BMKGene dengan Illumina melalui koleksi penerbitan yang dipilih susun.
Hai, Q. et al. (2023) 'Analisis metagenomik dan metabolomik perubahan dalam kandungan usus trout pelangi (Oncorhynchus mykiss) yang dijangkiti virus nekrosis hematopoietik berjangkit pada suhu air kultur yang berbeza',Sempadan dalam Mikrobiologi, 14, hlm. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Komuniti mikrob, gen rintangan, dan risiko rintangan di tasik bandar dengan keadaan trofik yang berbeza: Pautan dalaman dan pengaruh luaran',Jurnal Pendahuluan Bahan Berbahaya, 9, hlm. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Analisis Metagenomik Mendedahkan Perbezaan dalam Komposisi dan Fungsi Antara Mikroorganisma Berkaitan Cecair dan Pepejal Rumen Bebiri',Sempadan dalam Mikrobiologi, 13, hlm. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Mikrobiota yang berasal dari babi Ningxiang yang obes mendawai semula metabolisme karnitin untuk menggalakkan pemendapan asid lemak otot dalam babi DLY tanpa lemak',Inovasi, 4(5), hlm. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Pandangan metagenomik ke dalam potensi risiko serpihan bio/plastik tidak boleh terurai dan bukan plastik di bahagian atas dan bawah muara Haihe, China',Sains Persekitaran Menyeluruh, 887, hlm. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
