Penjujukan Metagenomik -NGS
Kelebihan Perkhidmatan
● Pengasingan dan bebas penanaman untuk pemprofilan komuniti mikrob
● Resolusi tinggi dalam mengesan spesies kelimpahan rendah dalam sampel persekitaran
● Idea "meta-" menyepadukan semua ciri biologi pada peringkat fungsi, peringkat spesies dan peringkat gen, yang mencerminkan pandangan dinamik yang lebih hampir kepada realiti.
● BMK mengumpul pengalaman besar dalam pelbagai jenis sampel dengan lebih 10,000 sampel diproses.
Spesifikasi Perkhidmatan
| Platform | Urutan | Data yang disyorkan | Masa pusing ganti |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 hari bekerja |
Analisis bioinformatik
● Kawalan kualiti data mentah
● Pemasangan metagenom
● Set dan anotasi gen tidak berlebihan
● Analisis kepelbagaian spesies
● Analisis kepelbagaian fungsi genetik
● Analisis antara kumpulan
● Analisis persatuan terhadap faktor eksperimen
Keperluan Sampel dan Penghantaran
Keperluan Sampel:
Untukekstrak DNA:
| Jenis Sampel | Jumlah | penumpuan | Kesucian |
| ekstrak DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Untuk sampel persekitaran:
| Jenis sampel | Prosedur persampelan yang disyorkan |
| tanah | Jumlah pensampelan: lebih kurang.5 g;Baki bahan layu perlu dikeluarkan dari permukaan;Kisar kepingan besar dan lalui penapis 2 mm;Sampel Aliquot dalam tiub EP steril atau cyrotube untuk tempahan. |
| najis | Jumlah pensampelan: lebih kurang.5 g;Kumpul dan aliquot sampel dalam tiub EP steril atau tiub krio untuk tempahan. |
| kandungan usus | Sampel perlu diproses di bawah keadaan aseptik.Basuh tisu yang dikumpul dengan PBS;Sentrifuge PBS dan kumpulkan pemendakan dalam tiub-EP. |
| Enapcemar | Jumlah pensampelan: lebih kurang.5 g;Kumpul dan aliquot sampel enap cemar dalam tiub EP steril atau tiub krio untuk tempahan |
| Badan air | Untuk sampel dengan jumlah mikrob yang terhad, seperti air paip, air perigi, dsb., Kumpul sekurang-kurangnya 1 L air dan lalui penapis 0.22 μm untuk memperkayakan mikrob pada membran.Simpan membran dalam tiub steril. |
| kulit | Berhati-hati mengikis permukaan kulit dengan kapas steril atau bilah pembedahan dan letakkan dalam tiub steril. |
Penghantaran Sampel yang Disyorkan
Bekukan sampel dalam nitrogen cecair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cecair atau -80 darjah untuk tempahan jangka panjang.Sampel penghantaran dengan ais kering diperlukan.
Aliran Kerja Perkhidmatan
Contoh penghantaran
Pembinaan perpustakaan
Urutan
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
1.Histogram: Taburan spesies
2. Gen berfungsi dijelaskan pada laluan metabolik KEGG
3.Peta haba: Fungsi pembezaan berdasarkan kelimpahan gen relatif
4.Circos gen rintangan antibiotik CARD
Kes BMK
Kelaziman gen rintangan antibiotik dan patogen bakteria di sepanjang kontinum akar tanah-bakau
Diterbitkan:Jurnal Bahan Berbahaya, 2021
Strategi urutan:
Bahan: Ekstrak DNA daripada empat serpihan sampel berkaitan akar bakau: tanah yang tidak ditanam, rizosfera, episfera dan petak endosfera
Platform: Illumina HiSeq 2500
Sasaran: Metagenome
Rantau V3-V4 gen 16S rRNA
Keputusan utama
Penjujukan metagenomik dan pemprofilan metabarkod pada kontinum akar-tanah anak pokok bakau telah diproses untuk mengkaji penyebaran gen rintangan antibiotik (ARG) daripada tanah ke dalam tumbuhan.Data metagenomik mendedahkan bahawa 91.4% gen rintangan antibiotik lazimnya dikenal pasti dalam keempat-empat petak tanah yang disebutkan di atas, yang menunjukkan fesyen yang berterusan.Penjujukan amplikon rRNA 16S menghasilkan 29,285 jujukan, mewakili 346 spesies.Menggabungkan dengan pemprofilan spesies melalui penjujukan amplikon, penyebaran ini didapati bebas daripada mikrobiota yang dikaitkan dengan akar, namun, ia boleh difasilitasi oleh mudah alih unsur genetik.Kajian ini mengenal pasti aliran ARG dan patogen dari tanah ke dalam tumbuhan melalui kontinum tanah-akar yang saling berkaitan.
Rujukan
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Kelaziman gen rintangan antibiotik dan patogen bakteria di sepanjang kontinum akar tanah-bakau.Jurnal Bahan Berbahaya, 408, 124985.
