-
Interaksi Kromatin berasaskan Hi-C
Hi-C ialah kaedah yang direka untuk menangkap konfigurasi genomik dengan menggabungkan interaksi berasaskan jarak yang menyelidik dan penjujukan daya pemprosesan tinggi. Kaedah ini berdasarkan penghubung silang kromatin dengan formaldehid, diikuti dengan pencernaan dan ligasi semula dengan cara yang hanya serpihan yang dikaitkan secara kovalen akan membentuk produk ligasi. Dengan menjujukan produk ligasi ini, adalah mungkin untuk mengkaji organisasi 3D genom. Hi-C membolehkan kajian taburan bahagian genom yang padat (petak A, eukromatin) dan lebih cenderung aktif secara transkripsi, dan kawasan yang lebih padat (petak B, Heterokromatin). Hi-C juga boleh digunakan untuk menentukan Domain Berkaitan Topologi (TAD), kawasan genom yang mempunyai struktur terlipat dan mungkin mempunyai corak ekspresi yang serupa, dan untuk mengenal pasti gelung kromatin, kawasan DNA yang diikat bersama oleh protein dan yang sering diperkaya dengan elemen pengawalseliaan. Perkhidmatan penjujukan Hi-C BMKGene memperkasakan penyelidik untuk meneroka dimensi ruang genomik, membuka jalan baharu untuk memahami pengawalaturan genom dan implikasinya dalam kesihatan dan penyakit.
-
Penjujukan Imunopenyerapan Kromatin (ChIP-seq)
Imunopresipitasi Kromatin (CHIP) ialah teknik yang memanfaatkan antibodi untuk memperkayakan protein pengikat DNA dan sasaran genomik yang sepadan secara selektif. Integrasinya dengan NGS membolehkan profil seluruh genom bagi sasaran DNA yang berkaitan dengan pengubahsuaian histon, faktor transkripsi dan protein pengikat DNA yang lain. Pendekatan dinamik ini membolehkan perbandingan tapak pengikatan merentasi pelbagai jenis sel, tisu atau keadaan. Aplikasi ChIP-Seq merangkumi kajian pengawalaturan transkripsi dan laluan perkembangan hinggalah penjelasan mekanisme penyakit, menjadikannya alat yang sangat diperlukan untuk memahami landskap pengawalaturan genomik dan memajukan pandangan terapeutik.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Penjujukan bisulfit genom keseluruhan (WGBS)
Teknik ini, berdasarkan rawatan bisulfit DNA untuk mendorong penukaran sitosin yang tidak termetilasi kepada urasil (C kepada U), sambil membiarkan sitosin termetilasi tidak berubah, berdiri sebagai metodologi standard emas untuk penerokaan mendalam metilasi DNA, khususnya kedudukan kelima dalam sitosin (5-mC), pengawal selia penting bagi ekspresi gen dan aktiviti selular.
Teknik ini menawarkan resolusi asas tunggal, yang membolehkan para penyelidik menyiasat metilom secara komprehensif dan mendedahkan corak metilasi yang tidak normal dalam sampel. Dengan menggunakan WGBS, para saintis boleh memperoleh pandangan yang tiada tandingan tentang landskap metilasi seluruh genom, memberikan pemahaman yang bernuansa tentang mekanisme epigenetik yang mendasari pelbagai proses dan penyakit biologi.
-
Pengujian untuk Kromatin Boleh Diakses Transposase dengan Penjujukan Daya Proses Tinggi (ATAC-seq)
ATAC-seq ialah teknik penjujukan daya pemprosesan tinggi yang digunakan untuk analisis kebolehcapaian kromatin seluruh genom. Penggunaannya memberikan pemahaman yang lebih mendalam tentang mekanisme kompleks kawalan epigenetik global ke atas ekspresi gen. Kaedah ini menggunakan transposase Tn5 hiperaktif untuk memecah dan menanda kawasan kromatin terbuka secara serentak dengan memasukkan penyesuai penjujukan. Penguatan PCR seterusnya menghasilkan penciptaan perpustakaan penjujukan, yang membolehkan pengenalpastian komprehensif kawasan kromatin terbuka di bawah keadaan ruang-masa tertentu. ATAC-seq menyediakan pandangan holistik landskap kromatin yang boleh diakses, tidak seperti kaedah yang hanya tertumpu pada tapak pengikatan faktor transkripsi atau kawasan yang diubah suai histon tertentu. Dengan menjujukan kawasan kromatin terbuka ini, ATAC-seq mendedahkan kawasan yang lebih cenderung kepada urutan pengawalseliaan aktif dan tapak pengikatan faktor transkripsi yang berpotensi, menawarkan pandangan berharga tentang modulasi dinamik ekspresi gen merentasi genom.
-
Penjujukan Bisulfit Perwakilan Terkurang (RRBS)
Penjujukan bisulfit perwakilan berkurangan (RRBS) bergantung pada pengayaan kawasan yang kaya dengan pulau CpG melalui pembelahan MspI diikuti dengan pemilihan saiz serpihan 200-500/600 bps. Akibatnya, hanya kawasan proksimal dengan pulau CpG yang dijujukan, manakala kawasan yang mempunyai pulau CpG yang jauh dikecualikan daripada analisis. Proses ini, digabungkan dengan penjujukan bisulfit, membolehkan pengesanan metilasi DNA beresolusi tinggi, dan pendekatan penjujukan, PE150, memberi tumpuan khusus pada hujung sisipan dan bukannya bahagian tengah, meningkatkan kecekapan pemprofilan metilasi.
Teknik ini telah muncul sebagai alternatif yang kos efektif dan cekap kepada Penjujukan Bisulfit Genom Keseluruhan (WGBS) dalam penyelidikan metilasi DNA. Walaupun WGBS memberikan pandangan yang komprehensif dengan mengkaji keseluruhan genom pada resolusi asas tunggal, kosnya yang tinggi boleh menjadi faktor pengehad, yang mana RRBS secara strategik mengurangkan cabaran ini dengan menganalisis secara selektif bahagian genom yang mewakili. Metodologi ini merupakan alat yang tidak ternilai yang membolehkan penyelidikan metilasi DNA yang kos efektif dan memajukan pengetahuan tentang mekanisme epigenetik.
