Peta haba
Alat Peta Haba menerima fail data matriks sebagai input dan membolehkan pengguna menapis, menormalkan dan mengelompokkan data. Kes penggunaan utama untuk peta haba ialah analisis kluster tahap ekspresi gen antara sampel yang berbeza.
Anotasi Gen
Alat Anotasi Gen melakukan anotasi gen berdasarkan penjajaran jujukan fail FASTA input terhadap pelbagai pangkalan data.
Alat Carian Penjajaran Tempatan Asas (BLAST)
Alat BLAST ialah versi bersepadu BMKCloud bagi NCBI BLAST dan boleh digunakan untuk melaksanakan fungsi yang sama menggunakan data yang dimuat naik ke akaun BMKCloud.
Ramalan CDS_UTR
Alat Ramalan CDS_UTR direka bentuk untuk meramalkan kawasan pengekodan (CDS) dan kawasan bukan pengekodan (UTR) dalam jujukan transkrip yang diberikan berdasarkan keputusan BLAST terhadap pangkalan data protein yang diketahui dan hasil ramalan ORF.
Plot Manhattan
Alat Plot Manhattan membolehkan paparan eksperimen sampel yang tinggi dan biasanya digunakan dalam kajian perkaitan seluruh genom (GWAS).
Gambarajah Sirkos
Alat Gambarajah CIRCOS menyediakan visualisasi yang cekap tentang bagaimana ciri genomik diagihkan merentasi genom. Ciri-ciri umum termasuk lokus kuantitatif, SNP, InDels, varian struktur dan nombor salinan.
Pengayaan Ontologi Gen (GO)
Alat Pengayaan GO menyediakan analisis pengayaan fungsian. Perisian utama dalam alat ini ialah pakej TopGO-Bioconductor, yang merangkumi analisis ekspresi pembezaan, analisis pengayaan GO dan visualisasi keputusan.
Analisis Rangkaian Ekspresi Bersama Gen Berwajaran (WGCNA)
WGCNA ialah kaedah perlombongan data yang digunakan secara meluas untuk menemui modul ekspresi bersama gen. Ia boleh digunakan untuk pelbagai set data ekspresi termasuk microarray dan data ekspresi gen NGS.
InterProScan
Alat InterProScan menyediakan analisis dan pengelasan jujukan protein InterPro.
Pengayaan GO KEGG
Alat Pengayaan GO KEGG direka bentuk untuk menghasilkan histogram pengayaan GO, histogram pengayaan KEGG dan laluan pengayaan KEGG berdasarkan set gen yang disediakan dan anotasi yang sepadan.
