Analisis Persatuan Seluruh Genom
Aliran kerja
Kelebihan Perkhidmatan
●Rekod kepakaran dan penerbitan yang meluasDengan pengalaman terkumpul dalam GWAS, BMKGene telah menyelesaikan ratusan projek spesies dalam penyelidikan GWAS populasi, membantu penyelidik menerbitkan lebih daripada 100 artikel, dan faktor impak kumulatif mencapai 500.
● Analisis bioinformatik yang komprehensif: aliran kerja merangkumi analisis perkaitan sifat SNP, yang memberikan satu set gen calon dan anotasi fungsi yang sepadan.
●Pasukan bioinformatik yang berkemahiran tinggi dan kitaran analisis yang singkatDengan pengalaman hebat dalam analisis genomik lanjutan, pasukan BMKGene dapat memberikan analisis komprehensif dengan masa pemulihan yang pantas.
●Sokongan Pasca Jualan:Komitmen kami melangkaui penyiapan projek dengan tempoh perkhidmatan selepas jualan selama 3 bulan. Dalam tempoh ini, kami menawarkan susulan projek, bantuan penyelesaian masalah dan sesi Soal Jawab untuk menjawab sebarang pertanyaan berkaitan keputusan.
Spesifikasi dan keperluan perkhidmatan
| Jenis penjujukan | Skala populasi yang disyorkan | Strategi penjujukan | Keperluan nukleotida |
| Penjujukan Seluruh Genom | 200 sampel | 10x | Kepekatan: ≥ 1 ng/µL Jumlah keseluruhan ≥ 30ng Degradasi atau pencemaran terhad atau tiada |
| Fragmen Amplifikasi Lokus Khusus (SLAF) | Kedalaman tag: 10x Bilangan tag: < 400 Mb: WGS disyorkan < 1Gb: 100K tag 1Gb > 2Gb: 300K tag Tag maksimum 500k | Kepekatan ≥ 5 ng/µL Jumlah keseluruhan ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Gel agarose: tiada atau degradasi atau pencemaran terhad
|
Pemilihan Bahan
Pelbagai varieti, subspesies, landras/bank gen/famili campuran/sumber liar
Pelbagai jenis, subspesies, landrace
Keluarga seadik kandung/keluarga seibu kandung/sumber liar
Aliran Kerja Perkhidmatan
Reka bentuk eksperimen
Penghantaran sampel
Pengekstrakan RNA
Pembinaan perpustakaan
Penjujukan
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
Merangkumi analisis berikut:
- Analisis perkaitan seluruh genom: model LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Anotasi fungsi gen calon
Analisis perkaitan sifat SNP – plot Manhattan
Analisis perkaitan sifat SNP – plot QQ
Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan de GWAS BMKGene melalui koleksi penerbitan yang disusun rapi:
Lv, L. et al. (2023) 'Wawasan tentang asas genetik toleransi ammonia dalam kerang pisau cukur Sinonovacula constricta melalui kajian perkaitan seluruh genom',Akuakultur, 569, hlm. 739351. doi: 10.1016/J.AKUAKULTUR.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Analisis multi-omics bagi 398 aksesi sekoi ekor rubah mendedahkan kawasan genomik yang berkaitan dengan penjinakan, sifat metabolit dan kesan anti-radang',Loji Molekul, 15(8), ms 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Pemetaan Persatuan Seluruh Genom bagi Fenotip Hulless Barely dalam Persekitaran Kemarau',Sempadan dalam Sains Tumbuhan, 13, hlm. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, yang mengekod sulfotransferase, memberikan rintangan kepada strain virus mozek kacang soya G2 dan G3',Tumbuhan, Sel & Alam Sekitar, 44(8), ms 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
